Samstarf 

Leikskóli 

Vatnsendaskóla hefur undafarin ár átt í samstarfi við leikskólann Aðalþing og Sólhvörf. Markmiðið er að brúa bil milli skólastiga og að tilvonandi nemendur fái að kynnast skólaumhverfinu áður en þau hefja skólagöngu. Nemendur á leikskóla koma í heimsókn í skólann og fá tækifæri til að vera þátttakendur í skólastarfi. Einnig eru mynduð tengsl milli leikskólanemenda og nemanda í 4. bekk. Nemendur í 4. bekk eru skólavinir tilvonandi nemandi.

Að auki hittast umsjónakennara, leikskólastarfsmenn og stjórnendur á fagfundi 2-3 yfir skólaárið til að útbúa dagskrá og ræða faglegt samstarf.

Framhaldsskóli 

Menntaskólinn í Kópavogi

Vatnsendaskóli hefur undanfarin ár átti í samstarfi við Menntaskólann í Kópavogi. 

Tækniskólinn

Samstarf við Tækniskólann hófst haustið 2018.