Ang Mataas na Paaraling Pang-agham ng Lungsod ng San Jose del Monte ay nagsimula bilang isang panukala sa Kongreso.
Ang House Bill No. 4810 o “An Act Establishing a National Science High School in the City of San Jose del Monte, Province of Bulacan to be known as City of San Jose del Monte National Science High School and Appropriating Funds Therefor” ay isinulat ng tatlong kongresista: sila Kagalang-galang Arturo B. Robes, Del R. De Guzman, at Edcel C. Lagman. Isinumite ito sa Ikalabing-apat na Kongreso noong Hulyo 22, 2008. Kalaunan, sinuportahan ito nina Senador Mar Roxas at Senador Edgardo J. Angara. Naipasa ang panukala sa Mababang Kapulungan noong Setyembre 2, 2008 at sa Senado noong Abril 22, 2009. Nilagdaan ito bilang Republic Act No. 9662 ni dating Pangulong Gloria Macapagal-Arroyo noong Hulyo 17, 2009.
Simula 2011, isinama ng Department of Education (DepEd) at Department of Budget and Management (DBM) ang nasabing paaralan sa General Appropriations Act. Gayunman, nahadlangan ang pagsisimula ng paaralan dahil sa kakulangan ng lupang laan para sa mga gusaling pang-instruksyon, ancillary, at administratibo.
Noong Abril 1, 2013, pinangasiwaan ng Schools Division Superintendent na si Gng. Estelita G. Pineda, CESO V, ang dalawang pinuno ng paaralan—si Dr. Lilybeth Dasco at si Gng. Lourdes R. Robes—upang simulan ang pagbubukas ng science high school ng lungsod. Naglaan ng pansamantalang gusali si Dr. Dasco—isang dalawang palapag na may apat na silid-aralan malapit sa emergency gate ng Bagong Buhay H (BBH) Elementary School. Pinangasiwaan naman nina Dr. Maria Carmen Cuenco, Assistant Schools Division Superintendent, at mga Education Program Supervisors si Gng. Robes sa paghahanda bilang unang punong-guro ng City of San Jose del Monte National Science High School (CSJDMNSHS). Tumulong din sina Gng. Ma. Fatima Felicia, Gng. Marina Villegas, at Gng. Maria Digna Parcon sa paggawa ng mapping para sa mga posibleng mag-exam. Ngunit nahirapan silang hikayatin ang mga magulang at mag-aaral na magpatala sapagkat hindi pa lubos na naitatatag ang science high school sa lungsod.
Upang madagdagan ang bilang ng mga mag-aaral, isang Irish Carmelite missionary-priest na si Father Edward Alban M. Kelly at ang kanyang asawa na si Minda Santiago-Kelly ay nagbigay kay Gng. Robes ng listahan ng kanilang mga iskolar na maaaring kumuha ng pagsusulit. Siya rin ay nagbigay ng basbas kay Gng. Robes bilang pampalakas ng loob.
Noong Abril 25, 2013, isinagawa ang unang pagsusulit pang-admisyon sa San Rafael (BBH) Elementary School kung saan 19 estudyante ang pumasa. Sinundan ito ng ikalawang pagsusulit noong Abril 30, 2013, ayon na rin sa kahilingan ng mga magulang ng incoming Grade 7 mula sa karatig na paaralan. Ang unang batch ng mga pumasa ay mula sa APPES fast learner group ng San Rafael Elementary School; isa mula sa Colegio De San Gabriel Arcanghel; tatlo mula sa pribadong paaralan sa Sta. Maria, Bulacan; isang estudyanteng may karangalang banggit mula sa San Jose Del Monte Elementary School (West Central); isang salutatorian mula sa Muzon Pabahay Elementary School; isa mula sa Sapang Palay Proper Elementary School; at isa pa mula sa Minuyan Elementary School.
Noong Hunyo 3, 2013, nagsimula ang CSJDMNSHS sa pilot class na binubuo ng 8 lalaki at 22 babae, kabuuang 30 mag-aaral. Anim na guro ang nagsilbing unang haligi ng paaralan:
Gng. Marites T. Hugo, guro sa Agham at mananaliksik;
Gng. Khristine G. Martinez, guro sa Ingles at manunulat ng tula at maikling kuwento;
Gng. Adoracion D. Matias, beteranong guro sa Matematika;
Gng. Marylou C. Barredo, guro sa Araling Panlipunan at dating Academic Coordinator sa pribadong paaralan;
G. Jansen Villafuerte, bihasang guro sa MAPEH;
Gng. Ariane Jane Secretario-Reyes, may hawak ng National Certificate sa Commercial Cooking at guro sa Computer.
Sa tulong ni Mayor Reynaldo S. San Pedro, isang bakanteng lote sa Muzon Ecopark ang naitatalaga bilang permanenteng tahanan ng paaralan. Pagkatapos ng isang taon, itinalaga si Gng. Myrna Sidamon bilang pangalawang school head ng CSanSci. Lumago ang bilang ng mga mag-aaral at nakilahok sila sa iba’t ibang paligsahan. Pagkaraan ng dalawang taon, si Gng. Joyce San Diego-Avecilla ang pumalit, at sa kanyang pamumuno ay nailipat ang paaralan mula sa BBH Elementary School patungo sa Muzon Ecopark at nadagdagan ng Senior High School (STEM track).
Ang mga orihinal na gusali ng paaralan ay binubuo ng tatlong palapag na pangunahing gusali na nagsisilbing tahanan ng mga laboratoryo sa agham, at isang tatlong palapag na annex na inilaan para sa Senior High School. Bilang isang science high school, ang tanging aprubadong Academic Track strand para sa Senior High School na iniaalok ng paaralan ay ang Science, Technology, Engineering, and Mathematics (STEM) program. Dahil ang mga sariling estudyante ng paaralan ay nasa Grade 10 pa lamang nang idagdag ang Senior High School, binuksan ng paaralan ang pinto nito para sa mga transferee na siyang magiging unang batch ng STEM class sa Grade 11. Dagdag pa rito, nagkaroon din ng mga bagong guro na naging bahagi ng Senior High School faculty.
Kasunod nito, si Gng. Ann Liza R. Lepasana ang naging pinuno ng CSanSci sa loob ng limang taon. Sa kanyang pamumuno, lumago ang paaralan, nadagdagan ang mga proyekto, at nakilala ang mga estudyante sa iba’t ibang patimpalak.
Ngunit noong Marso 10, 2020, nahinto ang lahat dahil sa pandemya ng COVID-19. Sa kabila nito, nagpatuloy si Gng. Lepasana at pinaigting ang online learning gamit ang Microsoft Office 365 at Google Workspace for Education. Nakumpleto rin ang ikatlong gusali at sinimulan ang covered court sa tulong ni Cong. Florida Robes.
Matapos ang pandemya, ipinasa kay Gng. Daisy DC. Ifurong ang pamumuno. Sa kanyang unang taon, ipinagdiwang ang ika-10 anibersaryo ng paaralan kasama ang mga dating punong-guro, na nasundan ng taunang soiree. Umangat at nakilala ang paaralan sa buong lungsod at maging sa pandaigdigang antas dahil sa mga parangal na naiuwi nito sa larangan ng pananaliksik, agham, matematika, at taekwondo.
At sa panimula ng Brigada Eskwela 2025, nanumpa sa tungkulin ang panibagong punungguro ng paaralan, si Dr. Arlon P. Cadiz, Public School Division 6 Supervisor. Tinanggap niya ang karagdagang tungkulin ng pamumuno sa paaralan sa kabila ng kanyang supervisory role sa buong distrito upang mapaunlad ang edukasyon partikular na sa agham, pananaliksik, at matematika. Sa kanyang pamumuno, mas pinahigpit ang mga patakaran at nasiayos ang mga laboratoryo. Sa kanyang pangunguna, nagkaroon ng benchmarking sa Mataas na Paaralang Pang-Agham n ng Quezon at paglunsad sa Project SPECTRA upang maging research-based ang pagtuturo ng mga guro.
Ang unang punungguro at tagapagtatag ng Pambansang Mataas na Paaralang Pang-agham ng Lungsod ng San Jose del Monte.
Si Bb. Mara Danica Ramos ay guro ng Araling Panlipunan sa Pambansang Mataas na Paaralang Pang-agham ng Lungsod ng San Jose del Monte.