La dominazione austriaca
Alla fine del 1600 nel Ducato di Milano si notarono i primi segni del decadimento spagnolo. Alla sua morte re Carlo II aveva lasciato per testamento la corona di Spagna al nipote di Luigi XIV di Francia.
Luigi XIV
Intorno al 1707, grazie all’appoggio del Principe Eugenio di Savoia, i reali d’Austria erano riusciti a valicare il confine del Ticino e ad entrare nel milanese.
Gli Spagnoli furono costretti a lasciare i territori del ducato di Milano che erano in grande decadenza. Carlo VI, per ristabilire le finanze dello Stato, eliminò tutti i privilegi concessi dagli Spagnoli e avviò la riforma del catasto, perfezionata dalla figlia Maria Teresa. Tale catasto è conosciuto come "catasto teresiano".
Carlo VI d'Asburgo
Nel 1733 il re di Sardegna, Carlo Emanuele III di Savoia, si impadronì del Ducato di Milano e si alleò con gli Austriaci; ottenne così nuove terre portando le sue frontiere al Lago Maggiore e al Ticino, fino al Po.
Boffalora si trovava pertanto ad assumere le funzioni di Confine di Stato con un ruolo strategico di grande importanza commerciale: dogana e dazio.
Carlo Emanuele III di Savoia
L’impulso del governo austriaco incentivò l’agricoltura, una delle principali fonti dell’economia locale di Boffalora.
Solo una minima parte del vasto territorio boffalorese era di proprietà del Comune o dei Certosini; il resto apparteneva a ricchi proprietari che davano lavoro a molte persone e contribuivano all’economia locale, alle esportazioni e ai contatti con la città di Milano.
Già nel 1660 nel Ducato di Milano erano presenti 16 cartiere; due di queste, con attrezzature di prim'ordine, erano in funzione a Boffalora (via XXV Aprile, 15 e Via Folletta, Località Magnana). La produzione di fogli di carta era destinata in parte ai monaci Certosini, titolari di una cartiera, e in parte venduta per usi commerciali e notarili, nel Ducato di Milano .
Verso la fine del 1700 l’Imperatore austriaco Giuseppe II emanò una legge con la quale sopprimeva conventi e monasteri, tra cui la Certosa di Pavia, e si impossessò di tutti i loro beni.
A Boffalora i monaci Certosini possedevano terreni, due osterie con relative camere adibite a Stazione di Posta, la casa di propria abitazione (ospizio), un forno, due case con quattro botteghe ciascuna, una cartiera, un mulino e un opificio per la pulitura del riso.
L' ARRIVO DI NAPOLEONE
Dopo l’occupazione della Lombardia da parte delle truppe napoleoniche, il 10 maggio 1796, Milano venne eletta capitale della Repubblica Cisalpina.
La cacciata degli Austriaci non fu indolore e la ritirata coinvolse molti paesi vicini alla linea di confine tra cui anche Boffalora. Qui gli Austriaci tentarono di appropriarsi dei punti dominanti del paese, in particolare della Villa del Conte Giulini.
L’aristocratica villa Giulini venne adibita a guarnigione austriaca e, all'arrivo dei Franco-Piemontesi, fu saccheggiata e abbandonata dagli Austriaci in ritirata e fu ridotta a un mucchio di rovine.
Nonostante lo sfacelo venne occupata dai Franco- Piemontesi.
All’inizio del 1800 scoppiò la febbre contagiosa che colpì tutto il circondario. Il Regio Ufficio di Sanità con sede a Milano decise di erigere un ospedale provvisorio a Boffalora. Venne chiesta la collaborazione del parroco e del Sig. Calderari in qualità di proprietario degli immobili necessari allo scopo. Furono mandati a Boffalora un infermiere, un' inserviente di ospedale e tutte le suppellettili necessarie, protraendo l’attività per oltre tre mesi.
Nel 1807 ci fu un censimento voluto da Napoleone Bonaparte nel quale si chiedeva al Sindaco di Boffalora di dare informazioni sulla situazione del Comune. Risultò così che i 940 abitanti praticavano principalmente le attività agricole, ma si dedicavano anche ad altri mestieri e commerci. L’agricoltura utilizzava tutto il terreno coltivabile; si producevano frumento, segale, riso, viti e gelsi (muron).
Al capitolo "Arti e mestieri e principali rami d’industria", risultava che vi erano due fabbriche di carta, un filatoio e una filanda.
Una delle prime preoccupazioni del governo francese in Lombardia fu quella di collegare tra loro i maggiori centri dell’Impero Francese, tra cui Milano, Novara e Torino. Tra le prime opere vi fu quella di ristrutturare la Regia Strada Postale e di costruire un nuovo ponte sul Ticino.
I lavori iniziarono nel 1809 e terminarono nel 1828 con 10 anni di interruzione a causa di nuove guerre tra Francia e Austria; quest'ultima, alla fine, riuscì a riprendersi il controllo dei territori.
La costruzione del nuovo ponte facilitò le vie di comunicazione, ma andò a discapito di Boffalora che da quel momento diventò solo una via di passaggio secondaria. Anche la dogana cadde in disuso e ne venne costruita una nuova a Pontenuovo.