สมัยอยุธยาตอนกลาง (การปฏิรูปครั้งสำคัญ พ.ศ. 1991-2031)
เริ่มตั้งแต่สมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ (พ.ศ.1991-2031) เป็นต้นมาจนถึงสมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 2 พ.ศ.2034-2072 นับเป็นช่วงที่มีการปฏิรูปการปกครองราชอาณาจักรให้มีความเป็นระเบียบเรียบร้อยมากขึ้น
ทั้งนี้เพื่อให้สอดคล้องกับสภาพของอาณาจักรอยุธยาที่ขยายกว้างออกไป โดยเฉพาะอย่างยิ่งภายหลังที่อาณาจักรสุโขทัยถูกผนวกเข้าเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรอยุธยาเมื่อพ.ศ.2006
ในการปรับปรุงการปกครองครั้งแรกที่เกิดขึ้นในสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ พระองค์ทรงปรับปรุงการปกครองให้เป็นระเบียบแบบแผนดังนี้
1) การบริหารราชการแผ่นดินส่วนกลาง
ในการบริหารราชการแผ่นดินส่วนกลางนั้น สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถโปรดให้มีการแบ่งส่วนราชการที่มีหน้าที่บริหารราชการแผ่นดินและควบคุมกำลังคนออกเป็น 2 ฝ่าย ได้แก่ ฝ่ายทหารและฝ่ายพลเรือน โดยมีอัครมหาเสนาบดีเป็นผู้ดูแลรับผิดชอบดังนี้
สมุหพระกลาโหม มีอำนาจหน้าที่บังคับบัญชาและตรวจราชการในส่วนที่เกี่ยวข้องกับกิจการฝ่ายทหารทั่วราชอาณาจักร เช่น มีหน้าที่วางแผนการรบในยามสงคราม ฝึกซ้อมกำลังพล ในยามปกติและจัดหาอาวุธกำลังคนสำหรับการทำสงคราม เป็นต้น
สำหรับสมุหพระกลาโหมมียศและราชทินนามว่าเจ้าพระยามหาเสนาบดี
สมุหนายก มีอำนาจหน้าที่บังคับบัญชาและตรวจราชการในส่วนที่เกี่ยวข้องกับฝ่ายพลเรือนทั่วราชอาณาจักร รวมทั้งควบคุมดูแลจตุสดมภ์ทั้ง 4
ในสมัยนี้ยังคงมีหน้าที่และความรับผิดชอบเช่นเดิม แต่มีการเปลี่ยนยศและราชทินนามของเสนาบดีจตุสดมภ์ต่างไปจากเดิม ดังนี้
กรมเวียง (เมือง) เปลี่ยนเป็น พระนครบาล
กรมวัง เปลี่ยนเป็น พระธรรมาธิกรณ์
กรมคลัง เปลี่ยนเป็น พระโกษาธิบดี
กรมนา เปลี่ยนเป็น พระเกษตราธิบดี
2) การบริหารราชการแผ่นดินส่วนหัวเมือง
ในการบริหารราชการแผ่นดินส่วนหัวเมืองนั้น สืบเนื่องมาจากในสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถอาณาจักรสุโขทัยได้ถูกผนวกรวมเข้ากับอาณาจักรอยุธยาในพ.ศ.2006
ดังนั้นอาณาจักรอยุธยาจึงมีหัวเมืองต่างๆ เพิ่มขึ้นมากกว่าเดิม มีจำนวนพลเมืองมากขึ้นจึงจำเป็นต้องจัดระบบการบริหารราชการแผ่นดินหัวเมืองใหม่ เพื่อให้เกิดความสำคัญทัดเทียมกันระหว่างบรรดาหัวเมืองในอาณาจักรอยุธยาแต่เดิมกับหัวเมืองในอาณาจักรสุโขทัย ที่รวมเข้ามาภายหลังโดยมีการแบ่งเป็นลักษณะต่างๆ ดังนี้
