大賞として、全部門を通しての金賞、銀賞、銅賞の（原則として各一作品）を告知します。
また、大賞となったものを除き、部門賞として各部門ごとに金賞、銀賞、銅賞の（原則として各一作品）を発表します。
いずれの場合も賞の決定は、「◎SciFi杯評価基準」に示す方法によって行ないます。
SciFi杯1609における掌編から長編部門の評価項目は次のとおりとします。また、各々の評価項目は1、2、3、4、5のいずれかの評点を得ます。いずれの評価項目も3点をニュートラルとして評価します。
上記の2、3、4はいずれも1の「SciFiらしさ」と類似の評価内容が含まれます。作品のSciFiらしさにより重きを置くために、1の「SciFiらしさ」を設けています。
論考部門については、このようになります。
掌編から長編は５項目ですので、大賞の検討の際には、適宜換算をするなどして比べることとします。
SciFi杯1609では、各評価項目の評点の審査員間での平均を取り、その合計をその作品の評点として結果を求めます。その評点により上から大賞および部門賞となります。
ただし、審査員が複数になった場合、審査員全員が全ての作品の全ての項目を評価するとは限りません。その場合、項目を評価した審査員がつけた評点の平均値を、その作品のその項目の評点として扱います。例えば、三人の審査員がいて、ある作品のある項目には二人しか評点を与えなかったとします。その場合、その評点を3で割るのではなく、2で割るように扱います。