A temática da súa pintura é variada. Trata o xénero mitolóxico en obras como Orfeo e as bacantes, O rapto de Europa, A ninfa e o centauro e Fauno sorprendendo a unhas ninfas; o tema relixioso en obras como Santa Teresa de Jesús e San Juan da Cruz; a paisaxe galega en Pescantina do Berbés, Compostelá, Comida de voda, As oleiras de Buño, Moza betanceira, Mulleres de pescadores, O almorzo do cadaleito e Infortunio.

Hai que destacar ademais moitos retratos de Alfonso XIII, o da duquesa de Lerma e un de Franco, así como o da súa esposa e a súa propio autorretrato.

Ademais da medalla da Exposición Nacional de Belas Artes, conseguiu medallas na Exposición Internacional de Barcelona, Munich, Buenos Aires e Lieja. Así mesmo, Fernando Álvarez de Sotomayor obtivo numerosas condecoracións, entre as que destaca a Gran Cruz de Alfonso X o Sabio.

Debemos lembrar que a súa figura está unida á historia do Museo de Belas Artes da Coruña xa que como delegado de Belas Artes, as súas xestións desembocaron en 1937 na consecución da primeira sede que albergaría o Museo, o edificio do Real Consulado Marítimo. Sotomayor ocupou a dirección desta institución no ano 1938, establecendo ademais unha sólida amizade con José Seijo Rubio, pintor e gran impulsor da creación do museo.