Il “Sistema di Linneo” è anche il settore più antico dell’Orto. Fu impiantato dal botanico francescano Bernardino d’Ucria tra il 1789 e il 1791 secondo il sistema di classificazione descritto dal naturalista svedese e rappresenta un esempio pressoché unico tra gli orti botanici europei se si esclude il “giardino di Linneo” di Uppsala (Svezia) che per dimensioni e concezione è alquanto differente.

Organizzato in quattro “quartini”, ripartiti in 23 aiuole rettangolari, ospita piante raggruppate per numero di stami e pistilli in una sequenza crescente dal primo al quarto. Oggi al suo interno si contano circa 600 piante divise in 86 famiglie, 248 generi e 489 specie diverse.

Risale alla fine dell'800 il primo vero censimento dei quartini con annessa planimetria dei quartini. Le specie censite allora erano 1548 e 468 i diversi generi. Nel corso degli anni, si è infatti assistito a un depauperamento del numero delle specie per via dello sviluppo assunto da alcune di esse a danno di altre che via via sono state sopraffatte e sostituite, a volte, accidentalmente da elementi non coerenti nel tempo divenuti monumentali.