บ้านขุนพิทักษ์รายาตั้งอยู่ในย่านหัวตลาดหรือย่านตลาดจีน ถนนปัตตานีภิรมย์ จังหวัดปัตตานี ซึ่งมีความสำคัญทางประวัติศาสตร์การตั้งถิ่นฐานของชาวไทยเชื้อสายจีนในพื้นที่จังหวัดปัตตานีและเป็นภาพสะท้อนความเจริญรุ่งเรืองของย่านนี้ พื้นที่ชุมชนหัวตลาด เป็นพื้นที่ย่านการค้าและพักอาศัยของชุมชนชาวจีนกลุ่มแรกๆที่เข้ามายังปัตตานี มีถนนปัตตานีภิรมย์ตัดเลียบขนานกับแม่น้ำปัตตานี ถัดมาเป็นถนนอุดมวิถีและถนนนาเกลือ มีถนนที่ตัดตั้งฉากและเชื่อมถนนสามเส้นนี้คือ ถนนอาเนาะรู ถนนมายอ ถนนฤาดี ถนนปรีดาและถนนพิพิธ ซึ่งทั้งสองชุมชน พบบ้านเรือนและร้านค้าของชาวไทยเชื้อสายจีนอยู่เป็นจำนวนมาก โดยเฉพาะบริเวณถนนอาเนาะรูซึ่งเป็นสถานที่ตั้งของศาลเจ้าแม่ลิ้มกอเหนี่ยว ต่อมายังถนนปัตตานีภิรมย์ซึ่งวิ่งขนานกับแม่ปัตตานี ในอดีตแม่น้ำปัตตานีเป็นแม่น้ำสายสำคัญที่ใช้ในการคมนาคม อีกทั้งแม่น้ำปัตตานียังไหลเข้ามาในสู่แผ่นดิน แตกแขนงเป็นแม่น้ำลำคลองสายย่อยๆ หนึ่งในนั้นคือ คลองอาเนาะซูงา ซึ่งเป็นที่ตั้งของชุมชนอาเนาะซูงา มีสมาชิกในชุมชนส่วนใหญ่เป็นชาวมุสลิม

บ้านขุนพิทักษ์รายามีประวัติศาสตร์ร่วมกับเมืองคือ เป็นภาพสะท้อนความเจริญของเมืองในอดีตและการเข้ามาตั้งถิ่นฐานของชาวจีน ซึ่งได้มีการประยุกต์และปรับตัวให้เข้ากับการอยู่อาศัยในพื้นที่ชุมชนหัวตลาด อีกทั้งยังมีการบันทึกกล่าวถึงตำแหน่งของบ้านขุนพิทักษ์รายาในสมัยรัชกาลที่ 5 เสด็จประพาสปัตตานี  และมีภาพบ้านขุนพิทักษ์รายาปรากฏอยู่ในภาพถ่ายในช่วงปี พ.ศ.2484 ที่มี​เหตุการณ์​ยก​พล​ขึ้น​บก​ของกอง​ทัพ​ญี่ปุ่น