Baptisan berasal dari baha Yunani, βάπτω (baptō) yang berarti mencelup atau membenamkan. Kata yang lebih spesifik adalah βαπτίζω (baptizō) yang secara umum berarti mencelupkan secara menyeluruh ke dalam air, membenamkan, atau membasuh. GMIM sebagai gereja reformasi memahami bahwa kata baptizo berarti “ memercik atau mencurah dengan air”.
Baptisan adalah tanda inisiasi yakni ritus atau upacara dimana seseorang dimasukkan dalam komunitas masyarakat. Ketika seorang dibaptis, maka ia menjadi anggota tubuh Kristus yang esa serta bertumbuh dan hidup dalam iman yang ia akui. Dalam pelayanannya, baptisan memiliki dua fungsi,
Melayani iman kita di hadapan Tuhan di mana kita melayani Dia.
Memperkenalkan pengakuan iman Gereja di hadapan umat manusia dengan baptisan iman orang yang dibaptis diteguhkan, di hadapan orang banyak.
Baptisan dalam hal ini menjadi alat dan bukti pembersihan yang diterima dengan iman serta materai bagi kita bahwa dosa kita telah dihapus (Matius 28:19, Kisah Para Rasul 2:28). Di dalam itu, Baptisan menjadi tanda atau lencana, sama seperti seorang prajurit membawa insignia (lencana) kepada komandannya sebagai tanda profesi ketentaraan, maka bahwa baptisan merupakan semangat militansi dan loyalitas iman. Dan orang yang dibaptis percaya bahwa ia akan diselamatkan (Markus 16:16).
Baptisan adalah tanda kelihatan yang mendorong hati kita terarah pada Kristus dan hanya dilakukan sekali untuk seluruh hidup kita sebab,
Baptisan memberi kepastian akan Pengampunan Dosa karena dalam baptisan kita mengaku demikian (Kisah Para Rasul 2:38).
Kemurnian Kristus ada (hadir) dalam baptisan dan kesucian baptisan tetap berlaku dan tak dapat terkurangi oleh satu noda sekalipun. Karena itu baptisan tidak memberi keleluasaan bagi orang percaya untuk berbuat dosa.
Jika berbuat dosa maka baptisan dan nilai iman di dalamnya memberi pegangan, memulihkan dan menghibur orang percaya untuk tetap hidup di dalam iman kepada Yesus Kristus. Hal ini dilakukan supaya di dalam keseharian hidup tidak diarahkan oleh kebingungan nilai hidup bahkan keputusasaan. Keadaan ini berimplikasi jika seorang menyangkal iman, kemurnian baptisan tetap berlaku, sehingga tidak perlu orang dibaptis ulang.
Dalam baptisan ada proses pemurnian, regenerasi dan pembaharuan. Kematian dalam Kristus sifatnya imperatif dalam baptisan, yaitu membunuh keinginan duniawi. Melalui kebangkitan Kristus manusia diberi kekuatan dalam berjuang di mana kebangkitan-Nya adalah kekuatan dan pengharapan. Maka dari itu, semua ini hanya dapat dirasakan oleh bantuan kuasa Roh Kudus.
Berkaitan dengan fungsi air baptisan jangan kita melihat pada pelayanan baptisan secara eksternal seperti air, cara percik, tetapi arti teologis arti iman dari baptisan itu yaitu janji Allah. Alkitab mengatakan baptisan menunjuk pada pencucian, penyucian dari dosa-dosa kita dan pembersihan itu diperoleh dari darah Kristus (Kisah Para Rasul 2:38). Yang perlu diperhatikan adalah nilai-nilai iman yang terkandung dari tanda baptisan itu. Bukan pada air semata tetapi pada apa yang ditandakan dan apa yang ditunjukkan oleh tanda itu serta pengertian dan tekad melakukan perintah itu lah yang penting. Air baptisan menunjuk pada arti iman, arti pengakuan iman serta harapan yang terkandung dalam baptisan itu. Artinya adalah penyucian dosa yang tersedia dalam pengorbanan Kristus.
Dalam Perjanjian Lama, upacara penyucian sering dilakukan dengan cara dipercikkan. Karena demikian, maka sangat beralasan bahwa baptisan untuk pertobatan dan penyucian sebelum kedatangan Mesias yang dilakukan oleh Yohanes Pembaptis dalam Matius 3:1-12, adalah pembaptisan yang dilakukan dengan cara membersihkan/penyiraman. Tetapi, hal paling utama yang harus diperhatikan bahwa baptisan haruslah dilakukan dalam nama Allah Bapa, Anak dan Roh Kudus. Nama itulah yang menyelamatkan, bukan air sebagai simbol penyucian. Yang menyelamatkan adalah TUHAN, Allah, yang dinyatakan dalam Bapa, Putra dan Roh Kudus, dan iman percaya kita kepada Tuhan (Sola fide).
Amanat Agung Tuhan Yesus dalam Matius 28: 19,
Karena itu, pergi jadikanlah semua bangsa muridku dan baptislah mereka dalam nama Bapa, Anak dan Roh Kudus.
Pengertian bangsa bukan hanya orang dewasa saja tetapi juga anak-anak. Hal ini berati bahwa baptisan dapat dilayankan kepada setiap orang dan sah menurut kesaksian Alkitab (Matius 28:19-20). Kebanyakan berita Alkitab tentang pelayanan baptisan menyaksikan baptisan keluarga atau baptisan seisi rumah (Kisah Para Rasul 16:33; I Korintus 1:16). Maka dari itu, pelayanan baptisan yang ditujukan kepada segala bangsa, berlaku bagi keluarga dan seisi rumah (meliputi anak-anak dan orang dewasa).
Perintah baptisan terutama diberikan supaya dilakukan dalam nama Allah Bapa, Anak, dan Roh Kudus. Justru itu pemberlakuan pelayanan baptisan yang dilakukan Gereja Reformasi termasuk GMIM diimani dalam kehadiran TUHAN, Allah Tritunggal. Kemudian, orang tua, orang tua baptisan, orang dewasa, jemaat dan orang dewasa dalam menerima pelayanan baptisan, berikrar melayankan baptisan di dalam nama TUHAN, Allah Bapa, Anak, dan Roh Kudus. Oleh karena itu, dalam iman percaya ini, kita melakukan pelayanan baptisan sekali seumur hidup.
Dibaptiskan dalam nama Bapa, menyatakan dan memeteraikan kepada kita, bahwa Allah Bapa Pencipta mengadakan suatu perjanjian anugerah yang kekal dengan anak-anak maupun orang dewasa dan mengakui kita sebagai anak-anak-Nya.
Dibaptiskan dalam nama Anak, menyatakan dan memeteraikan kepada kita, bahwa Yesus Kristus menyucikan anak-anak maupun orang dewasa oleh darah-Nya dari segala dosa, dan memasukkan kita ke dalam persekutuan kematian dan kebangkitan-Nya.
Dan dibaptiskan dalam nama Roh Kudus, memeteraikan kepada kita, bahwa Roh Kudus hendak diam di dalam hati anak-anak dan orang dewasa, supaya berakar serta berdasarkan pada kasih.
Baptisan merupakan pengganti sunat dan menjadi tanda identitas dan hidup berlimpah-limpah dari orang percaya. Dalam Ulangan 10:16 disebutkan bahwa sunat adalah tanda morifikasi (pematian nafsu) atau regenerasi (lahir baru). Dalam Perjanjian Lama sunat adalah tanda identitas secara lahiriah. Materai adalah janji berkat pada umat Tuhan untuk banyak orang.
Istilah identitas Berkat (Kejadian 12, 17) dan Janji bagi keturunan (Kisah Para Rasul 2:39) diangkat dan dikuatkan dalam pelaksanaan baptisan anak-anak. Sebagaimana sunat yang adalah tanda perjanjian antara Tuhan Allah dengan umatnya (Kejadian 17:7) yang dilaksanakan sekali seumur hidup, maka baptisan pun dilakukan sekali seumur hidup.
Yesus mati dan bangkit demi keselamatan manusia hanya berlaku 1 kali dan untuk selama-lamanya (Roma 6:10). Pengorbanan-Nya hanya sekali untuk selama-lamanya (Ibrani 7:27; 10:10, I Petrus 3:18) karena pengorbanan, kematian dan kebangkitan-Nya hanya berlaku sekali untuk selama-lamanya, maka baptisan yang melambangkan-Nya, hanya berlaku sekali untuk selama-lamanya pula.