Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội được thành lập theo sắc lệnh số 16 của Chủ tịch nước Việt Nam ngày 16 tháng 7 năm 2008 về việc tổ chức lại Quân khu Thủ đô Hà Nội thành Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội. Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội trực thuộc Bộ Quốc phòng Việt Nam có "chức năng tham mưu cho Ðảng bộ Đảng Cộng sản Việt Nam và chính quyền thành phố Hà Nội thực hiện nhiệm vụ quốc phòng toàn dân và công tác quân sự địa phương; giúp Bộ trưởng Bộ Quốc phòng và Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội thực hiện quản lý nhà nước về lĩnh vực quân sự, quốc phòng tại địa phương; tổ chức thực hiện xây dựng, quản lý, chỉ huy các đơn vị lực lượng thường trực và lực lượng dự bị động viên, dân quân tự vệ thuộc quyền..."
Trụ sở Bộ Tư lệnh hiện đặt tại thành phố Hà Nội.
Tháng 10 năm 1945, thành lập Khu đặc biệt Hà Nội.
Tháng 11 năm 1946, cả nước được tổ chức lại thành 12 chiến khu. Hà Nội được tổ chức lại thành Chiến khu 11, còn gọi là Mặt trận Hà Nội.
Ngày 19 tháng 12 năm 1946, Mặt trận Hà Nội được sáp nhập vào Khu 2.
Ngày 1 tháng 11 năm 1948, Khu 2 đặt quyền trực thuộc của Liên Khu 3.
Tháng 5 năm 1949 thì khu Hà Nội lại được tách ra để thành lập Mặt trận Hà Nội độc lập, trực thuộc Bộ Tổng Tư lệnh Quân đội nhân dân Việt Nam. Tình trạng này được duy trì cho đến sau năm 1954, khi đấy gọi là Khu Hà Nội.
Năm 1957, Bộ Tổng tư lệnh thành lập Thành đội Hà Nội trực thuộc Bộ Tổng tư lệnh. Ngày 1/8/1964, lại trực thuộc Quân khu 3.
Tháng 9 năm 1964 lại được chức độc lập thành Bộ tư lệnh Thủ đô.
Ngày 5 tháng 3 năm 1979, theo sắc lệnh 28-LCT, Quân khu Thủ đô được thành lập trên cơ sở Bộ tư lệnh Thủ đô, quản lý về mặt quân sự địa bàn thành phố Hà Nội.
Năm 1999, địa bàn của Quân khu Thủ đô bổ sung bao gồm cả tỉnh Hà Tây, nay đã sáp nhập vào thành phố Hà Nội
Ngày 16 tháng 7 năm 2008, tổ chức lại Quân khu Thủ đô trên cơ sở sáp nhập Quân khu Thủ đô với Bộ Chỉ huy quân sự thành phố Hà Nội và Bộ chỉ huy quân sự tỉnh Hà Tây lại và đổi tên là Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội.
Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội.[3] Tổ chức Đảng bộ trong Bộ Tư lệnh Thủ đô theo phân cấp như sau:
Đảng bộ Bộ Tư lệnh Thủ đô là cao nhất.
Đảng bộ Bộ Tham mưu, Cục Chính trị, Cục Hậu cần, Cục Kỹ thuật, các Sư đoàn (tương đương cấp Sư đoàn)
Đảng bộ các đơn vị cơ sở trực thuộc các Cục, Sư đoàn (tương đương cấp Tiểu đoàn và Trung đoàn)
Chi bộ các cơ quan đơn vị trực thuộc các đơn vị cơ sở (tương đương cấp Đại đội)
Về thành phần của Đảng ủy Bộ Tư lệnh Thủ đô thường bao gồm như sau:
Bí thư: Bí thư Thành ủy Hà Nội[4]
Phó Bí thư thường trực: Chính ủy Bộ tư lệnh Thủ đô
Phó Bí thư: Tư lệnh Bộ tư lệnh Thủ đô
Ủy viên Thường vụ: Phó Tư lệnh kiêm Tham mưu trưởng
Ủy viên Thường vụ: Phó Tư lệnh về động viên
Ủy viên Thường vụ: Phó Tư lệnh về quân sự, chính sách
Ủy viên Thường vụ: Phó Chính ủy
Đảng ủy viên: Phó Tư lệnh
Đảng ủy viên: Phó Tư lệnh
Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Chính trị
Đảng ủy viên: Phó Tham mưu trưởng
Đảng ủy viên: Phó Tham mưu trưởng
Đảng ủy viên: Sư đoàn trưởng Sư đoàn 301
Đảng ủy viên: Trung đoàn trưởng Trung đoàn 452
Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Hậu cần
Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Kỹ thuật
Đảng ủy viên: Chỉ huy trưởng Ban chỉ huy quân sự quận
Đảng ủy viên: Chỉ huy trưởng Ban chỉ huy quân sự quận
Cơ quan trực thuộc
Văn phòng
Thanh tra
Phòng Tài chính
Phòng Khoa học Quân sự
Phòng Thông tin Khoa học Quân sự
Phòng Điều Tra Hình Sự
Toà án Quân sự Thủ đô Hà Nội
Viện kiểm sát Quân sự Thủ đô Hà Nội
Bộ Tham mưu
Cục Chính trị
Cục Kỹ thuật
Sư đoàn Bộ binh 301
Trung đoàn Pháo binh 452
Tiểu đoàn Tăng - Thiết giáp 47
Tiểu đoàn Thông tin 610
Tiểu đoàn Kiểm soát quân sự 103
Tiểu đoàn Công binh 544
Tiểu đoàn Đặc công 18
Trường Quân sự Bộ tư lệnh
Trường Trung cấp nghề số 10
Ban chỉ huy quân sự các quận, huyện, thị xã
03 Danh hiệu Anh hùng Lực lượng Vũ trang Nhân dân (1978, 2002, 2005).
01 Huân chương Sao vàng (2011)
03 Huân chương Hồ Chí Minh (1984, 1985, 2002)
04 Huân chương Quân công (hạng Nhất: 1984; hạng Nhì: 2006; 02 hạng Ba: 2004)
04 Huân chương Chiến công (02 hạng Nhất, năm 1983 và 2000; 02 hạng Ba, năm 2004 và 2006)
01 Huân chương Bảo vệ Tổ quốc hạng Nhất (2005)
02 Huân chương Itxala do Nhà nước Cộng hòa dân chủ nhân dân Lào tặng (01 hạng Nhì cho tập thể; 01 hạng Ba cho cá nhân năm 2010)