Ban Cơ yếu Chính phủ trực thuộc Bộ Quốc phòng Việt Nam, do bộ trưởng Bộ quốc phòng trực tiếp quản lý, đây là cơ quan mật mã quốc gia, đảm bảo bí mật thông tin lãnh đạo chỉ huy của Đảng và Nhà nước, đồng thời quản lý chuyên ngành về cơ yếu (cơ mật, trọng yếu), có trách nhiệm giúp Bộ trưởng Bộ Quốc phòng thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về cơ yếu.
Ban Cơ yếu Chính phủ có chức năng tham mưu cho Đảng, Nhà nước về công tác cơ yếu, thực hiện hoạt động cơ yếu; góp phần bảo đảm tuyệt đối bí mật, an toàn, chính xác, kịp thời thông tin phục vụ sự lãnh đạo của Đảng, quản lý của Nhà nước, chỉ đạo, chỉ huy của lực lượng vũ trang nhân dân trong mọi tình huống; chủ động phòng ngừa, tham gia đấu tranh với các hoạt động thám mã gây phương hại đến an ninh quốc gia, lợi ích của Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của cơ quan, tổ chức, cá nhân.
Tham mưu, đề xuất để Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ban hành hoặc trình cơ quan có thẩm quyền ban hành chiến lược, chính sách, văn bản quy phạm pháp luật về cơ yếu.
Tổ chức xây dựng và thống nhất quản lý hệ thống mạng liên lạc cơ yếu; quản lý, kiểm soát việc sử dụng các loại sản phẩm mật mã trong cả nước. Tổ chức, chỉ đạo công tác đào tạo, bồi dưỡng về chuyên môn, nghiệp vụ, kỹ thuật mật mã trong toàn ngành cơ yếu.
Tổ chức nghiên cứu và thống nhất quản lý nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ mật mã để bảo vệ thông tin bí mật nhà nước; phối hợp với cơ quan, tổ chức có liên quan quản lý việc nhập khẩu trang thiết bị, công nghệ phục vụ hoạt động nghiên cứu, sản xuất sản phẩm mật mã.
Thống nhất quản lý và bảo đảm chuyên môn, nghiệp vụ, kỹ thuật mật mã cho hoạt động cơ yếu trong phạm vi cả nước; sản xuất, cung cấp sản phẩm mật mã để bảo vệ thông tin bí mật nhà nước và xây dựng cơ sở vật chất, kỹ thuật đáp ứng yêu cầu phát triển lực lượng cơ yếu chính quy, hiện đại. Bảo đảm tính sẵn sàng của hệ thống mạng liên lạc cơ yếu và lực lượng dự bị, nguồn dự trữ sản phẩm mật mã để ứng phó có hiệu quả trong mọi tình huống. Thực hiện nhiệm vụ của đơn vị đầu mối kế hoạch đầu tư và ngân sách trực thuộc trung ương; trực tiếp quản lý cơ sở vật chất, trang thiết bị kỹ thuật của Ban Cơ yếu Chính phủ. Phối hợp với cơ quan, tổ chức có liên quan tổ chức thực hiện và kiểm tra việc mã hoá thông tin bí mật nhà nước.
Tổ chức bảo vệ bí mật sản phẩm mật mã và các thông tin bí mật nhà nước khác trong hoạt động cơ yếu. Phối hợp với cơ quan, tổ chức liên quan thực hiện công tác quản lý hoạt động nghiên cứu, sản xuất, kinh doanh và sử dụng mật mã phục vụ phát triển kinh tế - xã hội; cung cấp dịch vụ bảo mật và an toàn thông tin cho các cơ quan, tổ chức, cá nhân theo quy định của pháp luật. Thanh tra, kiểm tra, giải quyết khiếu nại, tố cáo và xử lý vi phạm pháp luật trong lĩnh vực cơ yếu theo quy định của pháp luật.
Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội. Tổ chức Đảng bộ trong Ban Cơ yếu Chính phủ theo phân cấp như sau:
Đảng bộ Ban Cơ yếu Chính phủ là cao nhất.
Đảng bộ các Cục, Vụ, Công ty trực thuộc Ban Cơ yếu Chính phủ.
Đảng bộ các đơn vị cơ sở trực thuộc Cục, Vụ, Công ty.
Chi bộ các Phòng, ban cơ quan đơn vị trực thuộc các đơn vị cơ sở.
Về thành phần của Đảng ủy Ban Cơ yếu Chính phủ thường bao gồm như sau:
Bí thư: Phó Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ
Phó Bí thư: Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ
Ban Thường vụ
Ủy viên Thường vụ: Phó Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ
Ủy viên Thường vụ: Phó Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ
Ủy viên Thường vụ: Phó Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ
Ban Chấp hành Đảng bộ
Đảng ủy viên: Chánh Văn phòng
Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Chính trị-Tổ chức
Đảng ủy viên: Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính
Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Chứng thực Số và Bảo mật Thông tin
Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Cơ yếu 893
Đảng ủy viên: Giám đốc Học viện Kỹ thuật Mật mã
Đảng ủy viên: Viện trưởng Viện Khoa học Công nghệ Mật mã
Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Quản lý Kỹ thuật nghiệp vụ Mật mã
Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Quản lý Mật mã Dân sự và Kiểm định Sản phẩm Mật mã
Đảng ủy viên: Vụ trưởng Vụ Khoa học Công nghệ
Văn phòng
Thanh tra
Phòng Pháp chế
Vụ Kế hoạch Tài chính
Cục Chính trị-Tổ chức
Vụ Khoa học Công nghệ
Cục Chứng thực Số và Bảo mật Thông tin
Cục Cơ yếu 893
Cục Quản lý Kỹ thuật nghiệp vụ Mật mã
Học viện Kỹ thuật Mật mã
Viện Khoa học Công nghệ Mật mã
Cục Quản lý Mật mã Dân sự và Kiểm định Sản phẩm Mật mã
Trung tâm Công nghệ Thông tin và Giám sát An ninh mạng
Công ty TNHH một thành viên 129
Nhá máy M2
Nhá máy 951
Tạp chí An toàn thông tin
Ban nghiên cứu tổng kết lịch sử Ngành
Ban Cơ yếu Chính phủ
Hệ thống tổ chức cơ yếu Quân đội nhân dân
Hệ thống tổ chức cơ yếu Công an nhân dân
Hệ thống tổ chức cơ yếu Ngoại giao
Hệ thống tổ chức cơ yếu trong cơ quan của Đảng, cơ quan khác của Nhà nước ở trung ương và địa phương