Thanh tra Bộ Quốc phòng là cơ quan của Bộ Quốc phòng, giúp Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quản lý nhà nước về công tác thanh tra, thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ Quốc phòng; quản lý, chỉ đạo các tổ chức thanh tra chuyên ngành thuộc Bộ Quốc phòng.
Văn phòng
Ban Hành chính
Ban Tài chính
Ban Chuyên viên phòng chống tham nhũng
Ban Khoa học Tổng kết
Phòng Thanh tra Xét khiếu tố
Phòng Thanh tra về Hậu cần
Phòng Thanh tra về Lục quân
Phòng Thanh tra về Quân chủng
Phòng Thanh tra về Bộ Tổng Tham mưu
Phòng Thanh tra về Tổng cục Chính trị
Phòng Thanh tra về Tổng cục Hậu cần
Phòng Thanh tra về Tổng cục Kỹ thuật
Phòng Thanh tra về Tổng cục Tình báo
Phòng Thanh tra về Tổng cục Công nghiệp Quốc phòng
Thanh tra Bộ Quốc phòng
Thanh tra thuộc các Quân khu, Quân đoàn, Quân chủng, Binh chủng, Tổng cục và tương đương.
Thanh tra thuộc Bộ CHQS tỉnh, thành phố trực thuộc TW, Bộ CHBP tỉnh, thành phố trực thuộc TW và tương đương.
Ngày truyền thống của lực lượng thanh tra Bộ Quốc phòng Việt Nam là ngày 25 tháng 1 năm 1948. Đây là ngày thành lập Cục Tổng Thanh tra Quân đội trên cơ sở Phòng Kiểm tra Bộ Tổng Chỉ huy. Cơ quan Thanh tra Quân đội đã đổi tên nhiều lần, có lần giải thể:
Năm 1948: Cục Tổng Thanh tra Quân đội
Năm 1950: Đoàn Thanh tra Bộ Quốc phòng
Năm 1956: Ban Thanh tra Quân đội
Năm 1971: Ủy ban Thanh tra Quân đội
Năm 1982: Cơ quan Tổng Thanh tra Quân đội
Từ năm 1992: Thanh tra Bộ Quốc phòng