Cục Quân y trực thuộc Bộ Quốc phòng Việt Nam được thành lập vào ngày 16 tháng 4 năm 1946 với nhiệm vụ bảo vệ, chăm sóc sức khỏe bộ đội, cứu chữa thương binh, bệnh binh, tham gia bảo vệ, chăm sóc sức khỏe cho nhân dân.
Ngày 02/9/1945, Chủ tịch Hồ Chí Minh tuyên bố nước Việt Nam độc lập. Chính phủ Việt Nam mới thành lập sau nạn đói làm 2 triệu người chết, nạn lụt mất cả một vụ lúa, với 85% dân số mù chữ và ngân khố vỏn vẹn có 1 triệu đồng bạc Đông Dương rách nát, đã phải đương đầu ngay với giặc đói, giặc dốt và giặc ngoại xâm. Quân và dân kháng chiến phải rời các đô thị về tổ chức chiến đấu ở các vùng nông thôn và rừng núi. Thiếu vũ khí, đạn dược, trang bị, thiếu lương thực, thuốc men, nhưng nghiêm trọng hơn là thiếu cán bộ, thiếu kiến thức, thiếu hiểu biết, thiếu kinh nghiệm về mọi mặt. Trong khi cả nước chỉ có hơn 100 bác sĩ, có tỉnh chỉ có 1 y sĩ.
Sau khi thành lập Chính phủ liên hiệp, ngày 25/3/1946 Hồ Chủ tịch ký sắc lệnh số 34/SL tổ chức lại Bộ Quốc phòng, trong đó có Cục Quân y và cử bác sĩ Vũ Văn Cẩn làm Cục trưởng.
Ngày 16/4/1946, Bộ Quốc phòng ban hành Nghị định số 12/NĐ quy định nhiệm vụ và tổ chức Cục Quân y và các Cục trong Bộ Quốc phòng. Chỉ sau 2 tháng, tháng 6/1946 Cục Quân y tổ chức Hội nghị quân y lần thứ nhất; và đến ngày 09/3/1948 đã tổ chức Hội nghị quân y lần thứ VI. Hội nghị quân y VI là một hội nghị lớn, có đại biểu từ Liên khu IV trở ra; Hội nghị vinh dự được Hồ Chủ tịch gửi thư động viên, đồng chí Võ Nguyên Giáp đến dự và hướng dẫn về tình hình và nhiệm vụ mới, trong đó có nhiệm vụ coi trọng hoạt động của quân y ở cơ sở. Hội nghị quân y VI đề ra khẩu hiệu "Phòng bệnh hơn chữa bệnh". Trong 20 ngày cuối tháng 6 và đầu tháng 7/1949, Cục Quân y triệu tập hội nghị y tá đại đội, đề cập đến một số vấn đề cơ bản, như: "Người quân y phải nêu cao tinh thần vì bộ đội, vì người binh nhì, vì nhân dân".
Ngày 3-10-2011, Thường vụ Quân ủy Trung ương đã quyết nghị điều chuyển Cơ quan Cục Quân y cùng 7 đơn vị cơ sở trực thuộc về trực thuộc Bộ Quốc phòng.
Cục trưởng:
Chính ủy
Phó Cục trưởng
Phó Cục trưởng
Phó Cục trưởng
Văn thư
Phòng Kế hoạch
Phòng Chính trị
Phòng Hậu cần
Phòng VSPD
Phòng Dược
Phòng Trang bị
Phòng Điều trị
Phòng YHDT
Ban Tài chính
Viện Pháp Y Quân đội
Viện Y học Dự phòng Quân đội
Viện Ung bướu Quân đội
Viện Kiểm nghiệm Nghiên cứu Dược, Trang bị Quân đội
Trung tâm Y tế Dự phòng phía Nam
Kho 706
Kho 708
Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội. Tổ chức Đảng bộ trong Cục Quân y theo phân cấp như sau:
Đảng bộ Cục Quân y là cao nhất.
Đảng bộ các Viện, Kho, Bệnh viện trực thuộc Cục Quân y
Chi bộ các Phòng, ban cơ quan đơn vị trực thuộc Bộ Tư lệnh Bảo vệ Lăng Chủ tịch Hồ Chí Minh
Về thành phần của Đảng ủy Cục Quân y thường bao gồm như sau:
Bí thư: Chính ủy Cục Quân y
Phó Bí thư: Cục trưởng Cục Quân y
Ban Thường vụ
Ủy viên Thường vụ: Phó Cục trưởng Cục Quân y
Ủy viên Thường vụ: Phó Cục trưởng Cục Quân y
Ủy viên Thường vụ: Phó Cục trưởng Cục Quân y
Ban Chấp hành Đảng bộ
Đảng ủy viên: Chánh Văn phòng
Đảng ủy viên: Trưởng phòng Kế hoạch
Đảng ủy viên: Trưởng phòng Chính trị
Đảng ủy viên: Trưởng phòng Hậu cần hoặc Kỹ thuật
Đảng ủy viên: Trưởng ban Tài chính
Đảng ủy viên: Viện trưởng Viện Pháp y Quân đội
Đảng ủy viên: Viện trưởng Viện Y học Dự phòng Quân đội
Đảng uỷ viên: Viện trưởng Viện Ung bướu Quân đội
Đảng ủy viên: Chủ nhiệm Kho 706
Đảng ủy viên: Chủ nhiệm Kho 708
02 Huân chương Sao vàng;
04 Huân chương Hồ Chí Minh;
02 Huân chương Độc lập;
42 Huân chương Quân công;
82 lượt đơn vị và 58 cá nhân được phong tặng danh hiệu Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân và Anh hùng Lao động;
76 cán bộ được phong tặng danh hiệu Thầy thuốc Nhân dân,
14 cán bộ được phong tặng danh hiệu Nhà giáo Nhân dân