Con la conquista de Ceuta por los portugueses (1415) y de Melilla por los españoles (1497), los musulmanes fueron expulsados de ambas ciudades y se hizo imposible su vuelta ya que, en seguida, se instauran relaciones conflictivas entre los cristianos atrincherados en el interior de las ciudades y los musulmanes que intentan desalojarlos.
Durante el largo período de ocupación ibérica, la poblacion de las dos ciudades se caracteriza primero por su componente militar al que se añaden ciertos civiles (profesiones liberales, funcionarios de la administración, sacerdotes e incluso prostitutas). Por fin un último grupo, el de los presos, completa los dos primeros, cuando Ceuta y Melilla se tranforman en presidios. De aquí el nombre de presidios que viene a definir las posesiones españolas sobre la costa de Marruecos. Así se puede afirmar que hasta principios del siglo XIX, Ceuta y Melilla no pueden ser consideradas como ciudades en el sentido estricto de la palabra porque no tienen una población estable sino más bien una población que fluctúa según los acontecimientos militares. A modo de ejemplo, citemos las cifras de la población de Ceuta en 1847 : sobre un total de 6 896 habitantes, 2 555 son militares, 2 131 son presidiarios y sólo 2 210 son civiles. En Melilla, en el mismo año, la población civil se eleva a unos 198 personas contra 1 500 militares y 400 presos. Si es evidente que el sitio ocupado por los militares en ambas ciudades siempre fue preponderante ya que ocupaban todos los puestos claves, la tendencia militarista que nace durante la escalada miltar de principios del siglo XX refuerza el papel de los militares.
Sin embargo después de 1863, la composición de la población se verá profundamente modificada : Ceuta y Melilla se vuelven puertos francos con el objetivo de darles un nuevo impulso basado sobre el comercio. Las dos ciudades se abren entonces a la población judía de Marruecos a pesar de quedar todavía prohibida la instalación de musulmanes a fines del siglo XIX. En cuanto a la población civil de origen peninsular, conoce un desarrollo prodigioso en los años que siguen : a lo largo del decenio 1900-1910, la población de Melilla crece por un 445 % mientras la de Ceuta aumenta de un 110 %. Este crecimiento demográfico está relacionado con el desarrollo comercial e industrial de las dos ciudades españolas que se transforman en verdaderas "puertas" del recién creado Protectorado (1912). También en aquella época se instalan los miembros de la comunidad hindú procedentes de Gibraltar para dedicarse al comercio y que forman hasta hoy una de los componentes originales de la población de Ceuta y Melilla.
Pero sin duda alguna es el crecimiento de la población musulmana procedente del vecino Marruecos, lo que constituye la mayor particularidad de la población de Ceuta y Melilla. En Melilla por ejemplo, la población musulmana pasa de 118 personas en 1897 a 6 277 en 1950 ; en 1995, se estiman a 26 000 musulmanes los que viven en ella, lo que representa casi un 30 % de la población total. Los decenios 1940-1950, durante el Protectorado, son los años de mayor instalación musulmana. Esta población se caracteriza hoy por su juventud, y por su fuerte tasa de analfabetismo y de paro.
Sin duda alguna su integración representa hoy el mayor reto que tendrá que resolver la democracia española en las dos ciudades.