La Chiesa subì notevoli restauri, infatti esiste un documento del 25 Marzo del 1493, dal quale si apprende che il muratore maestro Francesco di Frumento, Lombardo aveva stipulato con le Monache di Santa Margherita un contratto per l’ampliamento e il rifacimento del tetto della Chiesa. Dopo di che si hanno notizie soltanto delle visite dei Vescovi Nocerini.
Già dal XVI secolo la chiesa aveva tre altari: sopra l’Altare Maggiore, dedicato a Santa Margherita, esiste fin dal 1600 una tela di stile Raffaellesco di Felice Damiani, artista eugubino, rappresentante la Vergine sulle nubi tra San Francesco, Sant’Antonio e in basso Santa Margherita, Sant’Orsola e Santa Maria Maddalena.
Il 25 settembre di quello stesso anno il sindaco di allora Ugo guerrieri concesse il monastero di Santa Margherita, ormai abbandonato, ai primi Salesiani che vi istituirono un oratorio. Grazie a Monsignor Roberto Calai Marioni, che andò personalmente a Torino a chiedere il permesso a don Michele Rua, successore di Don Bosco e che donò anche una somma di 4000 lire annue. Molti giovani vennero tolti così dalla strada e avviati all’istruzione e ad una formazione morale. Pochi anni dopo, sempre per beneficio di Monsignor Calai, venne costruito l’attuale Istituto Salesiano che ha contribuito all’istruzione e alla formazione di giovani provenienti da tutta Italia. Nel 1909 l’antico convento di Santa Margherita verrà concesso dal Comune ad una Cooperativa.
A sinistra della porta d’ingresso c’è l’Altare della Concezione e sopra un quadro rappresenta la Vergine con il Bambino incoronata da due angeli e in basso una monaca (forse la committente) e San Francesco; a destra vi è l’Altare del Rosario con una tela raffigurante la Madonna del Rosario con i suoi Misteri.
Nelle pareti vi sono delle grate lignee, dietro le quali le monache assistevano agli offici; sotto il pavimento vi è una grata destinata alla sepoltura delle Monache decedute nel Convento.
Recentemente, la Chiesa venne concessa ai Copti Ortodossi, residenti in zona, per celebrare le loro funzioni, ma a causa delle ristrettezze della Chiesa, questi si sono trasferiti altrove. La Chiesa venne chiusa al pubblico e spogliata di alcuni arredi.
Tuttavia per i suoi intarsi lignei e le sue dorature di pura impronta Barocca, resta pur sempre un importante scrigno da conservare.
Alcuni anni fa, dietro la Chiesa, dove anticamente esisteva il Convento e l’orto delle Monache, è stata ultimata un’area con la costruzione di un edificio residenziale e un parcheggio, purtroppo sacrificando la vista di un bellissimo albero secolare “Celtis Australis ”, comunemente detto “Bagolaro”, appartenente all’antico orto del Convento, risalente al XVII secolo e censito nelle mappe degli alberi più antichi d’Italia.