Nel 1242 l’Imperatore Federico II fece circondare di mura la città di Gualdo, in essa si aprivano quattro porte e ognuna delle quali portava il nome delle chiese più vicine: San Facondino, San Benedetto, San Donato, San Martino. Quindi, possiamo dire che quest’ultima chiesa esisteva già nel XIII secolo. Tuttavia nel 1913(questa zona era già luogo di culto nel 200), mentre si stavano facendo degli sterri, nel terreno tra la chiesa e la casa colonica esistente (del 1700) si portarono alla luce centinaia di tombe e venne rilevata un tipo di sepoltura usata anche nei riti Pagani, riti conservati dai primi cristiani. In uno scritto pubblico del 1315 venne nominata per la prima volta la chiesa di San Martino, nel 1468 furono ricordati alcuni vocaboli inclusi nella parrocchia di tale chiesa. Nel XV secolo venne annessa all’Abbazia di San Donato, che doveva provvedere a mantenerla e a farvi celebrare messa l’11 novembre, in occasione della festa di San Martino.
In quella ricorrenza venivano offerti anche dei panetti alle persone più povere convenute in chiesa.
Nel 1860 quando venne varata la legge per la quale i beni ecclesiastici dovevano passare allo stato, la chiesa di San Martino venne chiusa al culto. Poco dopo un gualdese, Marco Gherardi, acquistò il podere e anche la chiesa, usandola come magazzino. La proprietà passò in seguito a Vincenzo Guerrieri.
Nel 1913 venne ereditata dal figlio di Vincenzo Guerrieri che restaurò la chiesa e la riaprì al culto per la festa di San Martino. Oggi sopra l’altare si nota ancora un affresco del 1605, raffigurante San Martino al centro e ai lati San Francesco e San Facondino. Lateralmente delle scrostature lasciano intravedere un altro affresco del XIV-XV secolo, probabilmente la chiesa risale proprio a quel periodo.