È la chiesa, tra quelle esistenti, più antica di Gualdo. Costruita nell’XI secolo per opera di Rodolfo e di suo fratello Offredo, figli di Monaldo III dei Conti di Nocera. Sembra che contribuì alla sua realizzazione anche l’Imperatore tedesco Enrico II (lo Zoppo). Fin dai tempi più antichi, tale chiesa, ebbe un grandissimo culto. Nel 1248 Nocera venne presa d’assalto dai Ghibellini e, cacciati i Guelfi da Federico II, il vescovo di Nocera decise di trasferirsi nella parrocchia di San Facondino e vi rimase per vari anni. Anche una delle quattro porte che si aprivano sulle mura fatte costruire dall’Imperatore Federico II nel 1242, a difesa di Gualdo, portava il nome di San Facondino. A testimoniare l’importanza di questa chiesa vi fu un avvenimento accaduto nel 1461, quando in essa soggiornò la testa di Sant’Andrea. Il Cardinale Alessandro Oliva era andato a prendere questa importantissima reliquia del primo apostolo di Gesù che, dopo essere caduta nelle mani dei Turchi, era stata ritrovata e portata per mare da Patrasso. Il Cardinale, tornando da Ancona, decise di fermarsi con tale reliquia proprio nella chiesa di San Facondino e concesse 100 giorni di indulgenza a tutti coloro che, in occasione della festa di San Facondino e in quella di Sant’Andrea, venivano a visitare questa chiesa.
Gli altari esistenti non sono quelli originali. Nell’altare di sinistra, vicino all’ingresso, si trovano le spoglie del Santo. Il corpo subì ben quattro esumazioni e l’ultima è del 1907, e in quell’occasione le poche spoglie rimaste, vennero messe all’interno di un simulacro di legno, raffigurante il Santo e insieme, in una teca di vetro, vennero messe anche alcune ossa di San Gioventino.
Parte delle ossa del Santo durante queste esumazioni, vennero portate un po’ in tutta Italia e per questo il Santo è venerato in vari luoghi. La chiesa di San Facondino un tempo era ricca di affreschi, purtroppo quasi tutti sono andati perduti. Oggi si possono vedere solo tre residui di queste pitture, certamente di Matteo da Gualdo. Sul pavimento esistevano dei sepolcri due dei quali sono ancora visibili. Alla Chiesa apparteneva un interessante codice su pergamena del XIV secolo, contenente la vita di San Facondino, oggi alla Biblioteca Vaticana. A fianco della Chiesa s’innalza un campanile medievale, simile ad una torre, fornito di tre campane, una delle quali, che purtroppo si ruppe nel 1700, portava la data 1255. La casa parrocchiale a fianco alla Chiesa è invece del 1880.
Il Cammino degli Eremiti, riparte da qui e percorre, in parte, il sentiero della Via Crucis più lunga d’Europa, dedicata a San Facondino, vescovo-eremita dell’antica diocesi di Tadino.
La via Crucis oltre ad essere un cammino interessante e, a tratti impegnativo, segue l’antico sentiero detto “la strada dei Santi” che portava gli antichi eremiti dalla valle fino alla cima del monte Serrasanta. Percorrere il Cammino degli Eremiti, lungo il sentiero della via Crucis, è un modo per rivivere l’antico spirito degli eremiti che raggiungevano la cima anche grazie all’attività fisica in un ambiente in gran parte ancora selvaggio e incontaminato, godendo di incredibili panorami e rinfrescandosi all’ombra dei fitti boschi che si diradano lentamente salendo di quota.
La Chiesa prende il nome del Santo, le cui spoglie riposano all’interno. San Facondino visse tra il sesto e il settimo secolo. Da giovane condusse una vita eremitica di contemplazione e penitenza presso il Monte Serrasanta. La sua fama di uomo Santo arrivò ben presto anche alla Santa Sede. Dopo le invasioni barbariche molte sedi vescovili rimasero vacanti e molte chiese vennero distrutte, i fedeli abbandonati a se stessi iniziarono a perdere la fede. Il Papa Gregorio Magno inviò una lettera al vescovo di Gubbio, affinché visitasse la città di Taino, per individuare una persona degna di tale ministero. Una seconda lettera venne poi inviata al clero e alla popolazione gualdese, affinché individuasse e accettasse una persona degna come suo Vescovo. Vista la fama dell’eremita, quale uomo Santo, venne subito accettato da tutti ed eletto vescovo nel 599, coadiuvato da Gioventino, quale diacono. Durante il suo impegno come vescovo Facondino condusse una vita molto semplice. Istituì i canonici lateranensi di Sant’Agostino ed egli stesso ne seguì la regola, conducendo la stessa vita e osservando la stessa regola. Di giorno si impegnava per riformare il Clero e restaurare le chiese. Predicava, confortava i più deboli, aiutava le vedove, formava i fanciulli, soccorreva i poveri e spesso passava le notti in preghiera. Seguiva il popolo affinché non fosse attratto dalle Eresie e tutto ciò che predicava lo metteva in pratica nella sua vita. In alcune notti il suo desiderio di stare in solitudine e in contemplazione con Dio si faceva talmente intenso che si recava sul Monte Serrasanta dove era stato in eremitaggio e passava in preghiera tutta la notte poi, prima dell’alba, tornava e si coricava nel suo letto affinché il suo diacono Gioventino non si accorgesse e non peccasse di vanagloria. San Gioventino venne a sapere di questo, perché un giorno aveva trovato le scarpe di San Facondino sporche di fango, così non riusciva a capire come mai, poiché di giorno erano sempre insieme. Allora una notte, fingendo di dormire, quando vide che il suo maestro si alzava, lo seguì e vide che San Facondino si recava sul Monte Serrasanta per pregare. Al ritorno San Facondino vide il suo diacono che lo seguiva e lo rimproverò. San Gioventino chiese perdono e gli spiegò perché lo aveva fatto. Allora San Facondino lo perdonò e lo benedisse e , non potendo più nascondere le sue preghiere notturne, lo portava con sé a Serrasanta. Il Signore, giunta l’ora di farlo tornare a Lui, gli preannunciò la sua morte, così San Facondino si ritirò in un luogo solitario presso il villaggio Vaccara e lì morì il 28 agosto 607. Dio non permise che il corpo di quel Santo uomo restasse nascosto, così mandò un Angelo ad un uomo del posto, svelandogli dove era morto il Santo, affinché questi lo prendesse per portarlo a Gualdo. L’uomo attaccò così due buoi al carro e si recò nel luogo che gli aveva detto l’Angelo. Caricò il corpo e si avviò verso Gualdo. Giunto però poco lontano da dove oggi sorge la chiesa di San Facondino, i buoi si fermarono e non vollero andare avanti. Le persone che accorsero per verificare quello che stava accadendo, decisero che il corpo di San Facondino doveva restare lì, dove edificarono una chiesa e vi deposero il corpo del Santo. In seguito in questo luogo di preghiera si verificarono molti prodigi. Purtroppo dopo l’invasione dei Saraceni la chiesa venne distrutta e ricostruita nell’anno 1080 a circa 1 km dall’antica chiesa dove fu trasferito anche il corpo del Santo Facondino insieme alle ossa di San Gioventino suo diacono che, ad imitazione del Maestro, fu un Santo uomo seguendo anch’egli la regola di Sant’Agostino.