Zakrátko po vzniku OA v Komárne vyvstali aj problémy s lokalizáciou a sústredením rozsiahleho množstva archívneho materiálu pod jednou strechou vo vhodnej budove, spĺňajúcej elementárne kritériá. Obdobie od druhej polovice 60. rokov do roku 1972 sa nieslo v znamení častej dislokácie archívnych fondov. V rokoch 1966 a 1967 sa do Komárna presťahoval materiál zo zrušeného OA v Hurbanove, pričom bol sústredený v budove Dôstojníckeho pavilónu, kde sa v roku 1968 podarilo získať pre umiestnenie písomností ďalšie náhradné priestory. Archívny materiál, ktorý pozostával z fondov bývalého mestského archívu, uložený dlhodobo v budove Domu osvety, dnešného Podunajského múzea, musel byť začiatkom roku 1969 presunutý. V prvej polovici 70. rokov sa všetky fondy podarilo sústrediť na prízemí bývalého župného domu v Komárne, vo vtedajšej budove ONV. Časté sťahovanie sa do istej miery prejavilo na usporiadaní archívnych dokumentov.

Od 1. júla 2010 je hlavným sídlom archívu zrekonštruovaná účelová budova na Hradnej ulici č. 2 v Komárne, čomu predchádzalo náročné dvojročné sťahovanie nosných archívnych fondov z priestorov na Župnej ulici, kde zostala naďalej uložená časť písomností. Na odbornej príprave dislokácie archívnych fondov sa podieľali popri 20 frekventantoch absolventskej praxe, pracovníci archívu Magdaléna Bekeová, Gabriela Bešeová, Monika Táborová a Lukáš Paluga. Popri jarnom sťahovaní v roku 2010, bolo v priebehu niekoľkých nasledujúcich rokov nutné realizovať ďalšie presuny archívnych dokumentov komárňanského archívu. Na prelome rokov 2012 – 2013 sa uskutočnila dislokácia materiálu zo skladových priestorov Civilnej ochrany v Hurbanove do novozískanej budovy na Elektrárenskej ulici. Rozsiahly presun archívnych dokumentov pokračoval v rokoch 2015 a 2016. Archív vtedy nadobro opustil priestory na Župnej ulici a materiál bol premiestnený na tri ďalšie miesta v Komárne. Počas sledu uvedených dislokácií vstupovali do nich sporadicky aj nepriaznivé eventuality. V auguste 2012 došlo k vytopeniu štvrtiny budovy na Hradnej ulici a v roku 2013 sa na prelome jari a leta objavila hrozba povodne a k objektom archívu bolo nutné klásť vrecia s pieskom. Po kulminácii a opadnutí zvýšenej hladiny Dunaja ostali zatopené pivničné priestory na Elektrárenskej ulici. K ďalšiemu rozsiahlejšiemu zatopeniu došlo po intenzívnej prietrži mračien koncom júla 2016.

Kapacity hlavnej budovy na Hradnej ulici nie sú postačujúce pre úschovu všetkých fondov na jednom mieste, preto má archív v súčasnosti uložené archívne dokumenty v ďalších šiestich objektoch na území mesta, na ulici Elektrárenskej č. 1, Námestí generála Klapku č. 7, Pohraničnej č. 8 a Sennom trhu č. 4. Štátny archív v Nitre, pracovisko Archív Komárno v súčasnosti spravuje 512 archívnych fondov a zbierok v rozsahu 4 729,360 bm, z čoho je cca. 1000 bm archívneho materiálu z obdobia rokov 1277 – 1922.

Nem sokkal a Komáromi Állami Járási Levéltár megalakulása után problémák adódtak a nagy mennyiségű iratanyag elhelyezésével. Hiányzott egy erre a célra megfelelő épület. A 20. század 60-as éveinek második felétől egészen 1972-ig gyakran költöztették a levéltári fondokat. 1966 és 1967 között Komáromba, a Tiszti pavilon épületébe helyezték át a már megszűnt Ógyallai Járási Levéltár iratanyagát. Mivel itt a dokumentumok tömörítve voltak, szükségesnek bizonyult új helyiségek biztosítása, ami 1968-ban meg is történt. A volt Komáromi Városi Levéltár anyagát hosszú ideig a mai Dunamenti Múzeum épületében tárolták, 1969 elején azonban át kellet helyezni. A 70-es évek elején sikerült az összes iratanyagot egy helyre tömöríteni, mégpedig a néhai vármegyeház földszintjére (annak idején a Komáromi Nemzeti Járási Bizottság épülete). A gyakori költöztetések azonban nyomot hagytak az iratanyag elrendezésén.

2010. július 1-től a levéltár főépülete a Várút 2 (Hradná 2, Komárno) alatt található, az erre a célra felújított objektumban. Az épületben azonban csak az iratanyag egy része fért el, a többi az egykori főépületben a Vármegye utcán (Župná ulica) maradt. A levéltári iratok költöztetésének elkészítésen való szakszerű elkészítésén 20 abszolvensi gyakorlatot végző fiatal és a levéltár dolgozói – Beke Magdolna, Bese Gabriella, Táborová Monika és Paluga Lukáš – vett részt. A következő években többször is költöztetni kellett a levéltári dokumentumokat. A 2012/2013-as évek fordulóján Ógyalláról, a polgári védelem raktáraiból kerültek át a dokumentumok az újonnan megszerzett Villanytelepi úton (Elektrárenská ulica) található raktárba. Az iratanyag áthelyezésére ismételten 2015 és 2016 folyamán került sor, amikor is a Vármegye utcán található volt vármegyeház épületéből három különböző helyre költöztették Komárom területén. A költözéseken kívül néhány negatív tényezővel is meg kellett küzdeniük a levéltár dolgozóinak. 2012 augusztusában a főépületet csőtörés miatt elárasztotta a víz, illetve a 2013-as árvíz után a Villanytelepi úton található raktár pincéjébe is víz került. A homokzsákokat a biztonság kedvéért a városban lévő többi raktárban is használták. Egy másik nagyobb méretű beázással 2016. július végén egy felhőszakadás után kellett megküzdeniük a levéltárosoknak.

A Várúton található főépület raktárhelyiségei nem elegendőek az egész iratanyag állomány tárolására, ebből az okból kifolyólag a levéltár több raktárt is működtet a város területén Villanytelep út, Klapka György Tér (Námestie generála Klapku), Határőr utca (Pohraničná ulica), Széna Tér (Senný trh). A Komáromi Fióklevéltár megőrzésében jelenleg 512 levéltári fond és gyűjtemény található, ezek terjedelme 4 729, 36 ifm. Ebből kb. 1000 ifm. anyag az 1277 – 1922 időszakban keletkezett.