O Departamento de Geografia tem sua origem na Subseção de Geografia e História da antiga Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências (FFCL). Essa subseção deu origem a Cátedra* de Geografia, que foi primeiramente ocupada pelo Prof. Pierre Deffontaines, sendo substituído pelo Prof. Pierre Monbeig.
Em 1939, a Cátedra de Geografia foi desmembrada em duas: Geografia Física (ocupada pelo Prof. João Dias da Silveira) e Geografia Humana (ocupada pelos Profs. Pierre Monbeig e Ary França). Às duas foi somada a Cátedra de Geografia do Brasil, ocupada pelo Prof. Aroldo Edgar de Azevedo.
Em 1955, os cursos de Geografia e História foram desmembrados, passando ao Departamento de Geografia (criado em 1946) as atividades de formação de geógrafos. Em 1966, os professores Aroldo Edgar de Azevedo e Aziz Nacib Ab'Saber fundaram o Instituto de Geografia, que se instalaria ao lado da Academia de Polícia.
Em 1968 ocorre a Batalha da Maria Antônia, um confronto entre estudantes do Mackenzie (integrantes do Comando de Caça aos Comunistas) e da FFCL, resultando em um estudante morto e vários feridos. Com esse acontecimento, a Universidade de São Paulo acelerou a transferência dos cursos para a Cidade Universitária. Como muitas obras ainda estavam sendo realizadas, o Instituto de Geografia foi alocado no edifício didático do curso de história, de onde nunca saiu** pois, em 1980, foi incorporado ao Departamento de Geografia e tornou-se parte da (já renomeada) Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas.
* CÁTEDRA É O TERMO QUE REPRESENTAVA O CARGO DOCENTE NAS UNIVERSIDADES E INDICAVA QUE DETERMINADO DOCENTE ERA A REFERÊNCIA PARA A ÁREA QUE MINISTRAVA** O EDIFÍCIO ONDE INSTALARIA-SE O INSTITUTO DE GEOGRAFIA FOI PARCIALMENTE FINALIZADO PELA USP E DEU LUGAR AO PAÇO DAS ARTES. HOJE, O EDIFÍCIO É A SEDE ADMINISTRATIVA DO INSTITUTO BUTANTAN