CHAPITRE 5

... Mais tous les  micro-organismes ne sont pas pathogènes. On appelle microbiote, l’ensemble des micro-organismes qui vivent sur et dans le corps d’un hôte. On va distinguer le microbiote de la peau, le microbiote digestif (microbiote buccodentaire et microbiote du tractus digestif) ainsi que le microbiote vaginal

Le microbiote humain est l'ensemble des micro-organismes qui vit sur et dans le corps humain. Le microbiote est présent à l'interface entre l'organisme et le milieu extérieur : sur la peau (microbiote cutané), dans l'intestin (microbiote intestinal), au niveau des muqueuses (tissus tapissant les cavités de l'organisme) buccale, nasale, vaginale chez les femmes… Le microbiote est composé pour sa plus grande partie de bactéries, mais aussi de champignons, d'acariens et de virus parasites des bactéries. Dans le corps humain, il y a environ 10 fois plus de cellules appartenant au microbiote que de cellules humaines. Chaque individu possède un microbiote unique et chaque partie du corps possède ses propres associations microbiennes.

Les interactions entre hôte et microbiote jouent un rôle essentiel pour le maintien de la santé et du bien-être de l’hôte. 

Les travaux sur le microbiote établissent des corrélations entre des compositions du microbiote et des pathologies comme l'obésité ou le diabète de type 2. La modulation du microbiote ouvre des pistes de traitement dans certains cas de maladies.

Le microbiote se met en place dès la naissance et évolue en fonction de différents facteurs comme l’alimentation (présence de fibres) ou les traitements antibiotiques.

• Le microbiote intestinal représente la plus grande partie de notre microbiote, il pèse 2 kg. Il a un rôle indispensable dans l’immunité en stimulant la formation du système immunitaire, en contrôlant les réactions inflammatoires (certaines bactéries du microbiote intestinal sécrètent des molécules anti-inflammatoires, c'est-à-dire limitant la réaction inflammatoire qui peut être néfaste pour l'organisme lorsqu'elle devient chronique), mais aussi en empêchant des microorganismes pathogènes de s'installer ...

...et dans la digestion, le microbiote intestinal permet de transformer des aliments que l'appareil digestif humain n'est pas capable de transformer seul. Ce microbiote contribue à une meilleure assimilation des nutriments. Il permet en particulier la digestion des glucides complexes et un apport accru de l'organisme en vitamines et acides gras). Cependant ce microbiote peut être modifié et engendrer des perturbations. Il peut favoriser l’absorption des graisses à l’origine d’une obésité ou encore, déclencher des lésions intestinales sources d’inflammation et de stress influençant le cerveau alors à l’origine de changements de comportements alimentaires engendrant une obésité. Aujourd’hui, il est envisagé de transplanter des microbiotes pour soigner certaines pathologies dont l’obésité (prélever du microbiote fécal chez un donneur sain pour récupérer ses bactéries, puis les transférer à un individu receveur malade (c’est une greffe fécale) 

• Au niveau vaginal, les bactéries sont pour la plupart des lactobacilles. Ces dernières tapissent la muqueuse vaginale et forment la flore de Döderlein. Elles jouent le rôle d’une barrière protectrice vis-à-vis des bactéries pathogènes en maintenant un pH faible dans le vagin, il est donc indispensable d’avoir une hygiène spécifique en utilisant un savon de pH 5.  On retrouve, par ex., au niveau du microbiote vaginal des champignons comme Candida albicans qui, s’ils se développent de manière trop importante, peuvent provoquer des pathologies.

• Dans la bouche, le microbiote est composé de 10 milliards (1010) de microorganismes représentant plus de 700 espèces différentes. Candida albicans, Helicobacter pylori, Porphyromonas gingivalis en sont des exemples. Le rôle du microbiote buccal est de protéger les dents, les gencives ainsi que les muqueuses des attaques de pathogènes provenant du milieu extérieur. Des produits comme la cigarette ou l’alcool altèrent le microbiote buccal. Des recherches ont notamment mis en évidence qu’un fumeur avait une probabilité quatre fois plus élevée d’être atteint d’une parodontite qu’un non-fumeur.

• Le microbiote nasal s’étudie au sens large en prenant en compte les bactéries présentes dans les alvéoles pulmonaires, dans les muqueuses de l’arbre respiratoire et dans le nez. Des études ont permis de mettre en évidence que l’absence de bactéries dans la muqueuse nasale a une influence sur l’épithélium olfactif : son renouvellement est ralenti et les neurones olfactifs, servant à la reconnaissance des odeurs, subissent des modifications. Au-delà du lien entre microbiote et odeurs, le microbiote joue un rôle très important dans la protection de l’appareil respiratoire. Le microbiote respiratoire est moins important que le microbiote intestinal, mais il présente une grande diversité. Les scientifiques ont pu mettre en évidence que cette diversité était diminuée chez les fumeurs ou chez les patients souffrant d’une pathologie pulmonaire. De plus, il existe un lien fort entre le microbiote nasal et l’immunité. Le microbiote permet en effet de tolérer la présence d’allergènes et ainsi de limiter le déclenchement des allergies.

• Le microbiote de la peau permet de protéger notre peau des attaques extérieures. Les bactéries composant le microbiote cutané ont une action bactéricide et entrent en compétition dans l’utilisation des nutriments nécessaires à leur développement. Ces deux mécanismes permettent de détruire les bactéries potentiellement pathogènes et invasives. De ce fait, si le microbiote cutané est atteint de dysbiose, des maladies dermatologiques peuvent apparaître. Ce microbiote agit également sur notre odeur corporelle. Le microbiote cutané est très présent sur les mains, le dos, les jambes et les bras, mais il est absent derrière nos oreilles. Les paramètres physico-chimiques de chacune de ces zones ne sont pas identiques, le microbiote cutané est donc différent d’une zone à l’autre.

Si les pratiques hygiéniques actuelles ont permis d'augmenter l'espérance de vie en limitant la propagation de certains microorganismes infectieux, des pratiques trop agressives peuvent fragiliser notre microbiote et favoriser l'apparition de maladies auto-immunes ou de maladies dues à des microorganismes normalement bénins devenus pathogènes pour l’organisme, notamment en cas d’affaiblissement du système immunitaire. 

Il est donc essentiel de préserver notre microbiote avec des pratiques hygiéniques au plus juste, pour se protéger des agents infectieux sans endommager les microorganismes naturellement présents.

Ainsi, le microbiote humain et son hôte, l'organisme humain, vivent en symbiose. Cette relation est bénéfique pour les deux partenaires : le microbiote trouve un milieu de vie favorable au sein du corps humain et il joue un rôle essentiel pour la santé et le bien-être de son hôte. La composition en microorganismes et la diversité du microbiote sont des indicateurs de santé de l'être humain. L'équilibre du microbiote constitue donc une composante essentielle de la santé humaine.