Plot permanen di hutan bermanfaat untuk banyak riset. Program pembangunan plot permanen dibuat berdasarkan tipe hutan.
Suksesi primer muda
CA Batu Angus
CA Tangkoko
HL Gn Mahawu
Suksesi primer medium
HL Gn Mahawu
CA Gn Lokon dan Tatawiran
Suksesi Primer Tua
TN Bogani Nani Wartabone
Hutan Sekunder
HL Gn Masarang
CA Gn Manembonembo
HL Iparuntu
Ultrabasic origin
HL Gn Tompotika
HL Gn Balantak
Riparian Hutan Alam
SM Nantu
HL Gn Balantak
Gn Matayangan
Mangrove
HM Blonko
TN Bunaken
HM Serawet
Lahan Basah
HL Sahendaruman-Tamako
Hutan Tanaman
Stasiun Penelitian BRON
HL Gn Wiau
Expansi ke Kawasan Wallacea lainnya