2.ソフトウェアが立ち上がり初期化が行われ、メイン画面上のステータス表示が全て青色に切り替わります。

    [SCREEN]：結晶交換用ロボットを用いた実験を行う。

    PAMを用いた実験の手順をご覧ください。

    [CENTER]：手動での結晶のマウントやセンタリング、スナップショット測定を行う。

    サンプルのセンタリング、スナップショット測定をご覧ください。

    [XAFS]： MCA、XAFS測定を行う。

    MCA/XAFS測定をご覧ください。

    [COLLECT]：回折データの連続測定を行う。

    連続データセット測定をご覧ください。

    [CONTROL]：UGUISにトラブルが発生した時に制御プログラムの再起動を行う。    

    [File]

    =>[Exit]：UGUISの終了

    [Configure]

    =>[stars]：UGUISの使用権限を変更（通常は使いません）

        =>[Get Master]：使用権限の取得 (Stars Masterがnoneの場合に使用)

        =>[Give Up Master]：使用権限の破棄

    [Viewer]

    =>[refresh viewer]：最新の回折画像を表示させる

    =>[stand alone viewer]：回折画像をファイル名を指定して(別窓で)表示させる

    [Special]

    =>[Gap]：アンジュレーターのセット(入射後にBL-1A、BL-17Aにて使用)

    =>[Files/Directories name]：WorkingDirectory下に作成されるうサブディレクトリ名やファイルprefixの既定値の設定

    =>[CD/CN/Initial Positions]：Manual Exchangeモードにおけるクライオノズルと検出器の距離を設定

    各ビームラインで下限値が決まっており、それ未満の値を設定した場合モード切替時にエラーで停止します。

    また、Initial Position の [Here] を押すことで、CenterタブのInitial Positionの位置が変更する

    =>[Robot Exchange Parameters]：結晶交換用ロボットでマウント毎にバーコードを読む、Pre-Wash機能についての設定

    =>[Gonio speed]：ゴニオの回転速度の設定

    =>[UGUI Mode]：クライオの気流の温度を低温、室温、クライオノズルを近づけたまま任意の値に変更可能なモードにする

    =>[Flux]：ビームフラックス情報をイメージヘッダに記入

    [Screening]

    =>[Automated]：全自動スクリーニングのモードの選択

    =>[Manual screening]：マニュアルスクリーニングのモードの選択

    =>[Auto Centering]：結晶交換用ロボットでの自動センタリングのモードの選択

    [Help]

    =>[FAQ]：Webマニュアルの表示   

Working Directoryの設定

 結晶のキャプチャ画像、XAFS測定結果、回折イメージ等のデータは表示されているWorking Directoryの下に保存されます。 UGUI、UGUISを立ち上げた時のWorking Directoryは/lustre1/mxdata/(ユーザー名)となっています。

Working Directoryの設定方法

1. Working Directory設定画面 

>Working Directory<の右にある[select ...]をクリックし、設定画面を開く。

2.ディレクトリの作成 (ディレクトリが存在しない場合)

•  [Create New Directory]ボタンをクリックする。

• ディレクトリ名を入力する。

• 複数の階層のディレクトリを作成したい場合、ディレクトリをスラッシュ"/"で区切って指定します。

• 例： /lustre1/mxdata/(yourID)/(yymmdd_Beamline)/(your sample)

[OK]ボタンをクリックするとツリーに新しいディレクトリが追加される。

3.ディレクトリを選択 (方法は以下の二通りあります)

• ディレクトリツリーからマウスで選択する。

• Select Directory フィールドに直接入力し、[Go]ボタンをクリックする。

4.ディレクトリ名の確認

• Select Directoryフィールドに表示されているディレクトリを確認し、[OK]ボタンをクリックする。

UGUIメイン画面上の>Working Directory<が正しく変更されたことを確認してください。

Sub Directory、File Prefixの設定

データの種類に応じて、Working Directoryの下にサブディレクトリが自動で作成されます。 画像イメージおよびMCA/XAFSデータは、以下のプレフィクス（接頭辞）を用いて保存されます。 回折データファイル名には以下のプレフィクスが既定値として使われます。 また>Sub directory<の項目を空欄にすると、データ はWorking Directoryの直下に保存されます。

• メニューバーの[Special] - [Files/Directories ...]を選択する。

• Crystal　　センタリング画面上に表示されている画像データ保存先

• XAFS　　　MCA、XAFS測定データおよびCHOOCHによる解析結果データ保存先　　　

• Snap　　　スナップショットによる回折データ保存先

• OSC　　　 連続測定を行った時の回折データ保存先

• MAD　　　MAD/SAD を選択して連続測定を行ったときの回折データの保存先(各波長ごとにディレクトリを指定できる)

1. Centerタブ内の下側がSnapshotモードになっていることを確認する。初期状態ではSnapshotになっています。

2. 測定条件を入力する。

3. [Start]ボタンをクリックする。スナップショットを撮る前に[Advanced ...]ボタンをクリックすることで、更に詳細な条件を設定できます。

1. Centerタブ内の下側Diffraction scanタブをクリックし、Diffraction scanモードに切り替える。

2. センタリング画面で測定位置を登録し、測定条件を入力する。

3. [Start]ボタンをクリックする。スナップショットを撮る前に[Advanced ...]ボタンをクリックすることで、更に詳細な条件を設定できます。

1. 測定位置を任意で登録する

Freeにチェックを入れ、センタリング画面上を右クリックし、Addをクリックします。 

2. 測定位置を直線状に登録する

Lineにチェックを入れ、センタリング画面上を右ドラッグし(緑色の線が表示される)、はなした時に表示されるAddをクリックします。 直線に沿って測定位置が登録されます。 

3. 測定位置を格子状に登録する

Gridにチェックを入れ、センタリング画面上を右ドラッグし（緑色の枠が表示される）、はなした時に表示されるAddをクリックします。 格子状に測定位置が登録されます。縦長の格子とすると、測定番号は縦に割り振られます。

・測定位置を消去する

次のサンプルの測定前や、格子状に位置登録後、特定の位置にビームを当てずに測定する場合、以下の手順で測定位置の消去を行ってください。

ひとつだけ消去する：Position Editorセクション内のプルダウンメニューから消去したい測定位置を選び、[Delete selected]ボタンをクリックする。

全て消去する：[Delete all]ボタンをクリックしてください。

>Osc. width (deg.)<：振動角 (0°は指定不可)

>Exposure Time (sec.)<：露光時間

>Max. resolution(Å)<：測定可能な最大分解能

現在の入射X線エネルギーとカメラのHeight(オフセット)からカメラ距離が調整されます。

> Wavelength<：入射X線の波長

>Beam Size<：サンプル直前のスリットの幅(BL-1A変更不可)

スクロールバーを動かす、プルダウンメニューから選択する、テキスト欄へ直接入力するなど、いずれかの動作で変更できます。

ビームサイズはほぼスリットのサイズに等しいので、センタリング画面上の紫色の四角形がビームサイズとなります。

>Transmittance<：入射X線の透過率

波長から最適なアテネータ（Al）の厚みを計算し、入力された透過率に最も近くなるアテネータがセットされます。 また、使用されるアテネータの厚みが表示されます。

※[Default]ボタンを押すことで、Osc. width、Exposure Time、Beam Sizeの値をデフォルト値に戻します。 それぞれのデフォルト値はビームラインによって異なりますのでご注意ください。 

参考：Snapshot And Collect Advanceについて

CENTERタブやCOLLECTタブ内にある[Advanced ...]ボタンを押すと、さらに詳細な設定が可能となります。

データの保存

MCA、SCAN測定およびCHOOCHの結果は、メニューバーの[Special]-[Files/Directories name]で指定した場所に自動的に保存されます(デフォルトはxafsdata)。 保存されるファイルすべてテキスト形式で、MCAの結果は.mca, Scanの結果は.raw, CHOOCHの結果は.efsという拡張子になります。 

3. Runs表を見て測定条件のリストを確認する。

    PAMを利用した実験では用意したcsvファイルがそのままRuns表に反映されますが、UGUISからでも編集可能です。

4. [Start]ボタンを押すと連続データセット測定が始まる。

    測定中は露光中のファイル名や現在のデータセットの予想残り時間が表示されます。

    >File prefix<：ファイル名のPrefix(接頭辞)

    変更したい場合は直接書き換えてください。

    >Osc. width(deg.)<：振動角 （0°は指定不可）

    >Exposure Time (sec.)<：露光時間

    >Max. resolution(Å)<：測定可能な最大分解能

    現在の入射X線エネルギーとカメラのHeight(オフセット)からカメラ距離が調整されます。

    >Start (deg.)<：開始角度

    > Data range (deg.)<：角度範囲

    >From position<：開始位置

    現在の位置だけでなくCenterタブの[Position Registration]フレームで登録した位置を選ぶことができます。

    >Helix mode<：Helix modeでの連続データセット測定

    詳細はHelix modeについてをご覧ください。

    >Transmittance<：入射X線の透過率

    波長から最適なアテネータ（Al）の厚みを計算し、入力された透過率に最も近くなるアテネータがセットされます。 また、使用されるアテネータの厚みが表示されます。

    >Beam Size<：サンプル直前のスリットの幅(BL-1A変更不可)

    スクロールバーを動かす、プルダウンメニューから選択する、テキスト欄へ直接入力するなど、いずれかの動作で変更できます。 ビームサイズはほぼスリットのサイズに等しいので、センタリング画面上の紫色の四角形がビームサイズとなります。

Runs表について

COLLECTタブ内の[Submit]ボタンを押すことで自動的にRuns表が作成されます。 Screenタブ、Centerタブ、XAFSタブなどで設定した値もRuns表に反映されますが、測定前に編集することが可能です。 表の左端(第一列)の行番号をクリックすると行を選択することができ、選択行は緑色にハイライトされます。 PrefixはCOLLECTタブ内でも変更可能ですが、保存ディレクトリ名やWorking Directoryの変更は、メニュバーの[Special]-[Files/Directories name]より行ってください。 Working Directoryを変更しますと表の全内容がクリアされますのでご注意ください。

参考：Snapshot And Collect Advanceについて

CENTERタブやCOLLECTタブ内にある[Advanced ...]ボタンを押すと、さらに詳細な設定が可能となります。

Helix modeについて

BL-1AやBL-17Aのようなビームサイズが小さく、ビーム強度の強いビームラインで連続データセット測定を行うと、結晶の損傷により回折画像がだんだん悪くなる場合があります。 ビーム照射位置を少しずつずらしながら測定するHelix modeを使うことで、結晶の損傷を最小限に抑えながらデータを撮ることが可能です。 

6. 始点と終点を登録後、結晶を任意の角度に回転させ始点と終点が共に結晶上にあることを確認する。

Helix modeでの連続データセット測定

Helix modeでのパラメータの設定は、通常の連続データセット測定と同様COLLECTタブで行います。

1. 各パラメータを設定し、From positionのプルダウンメニューからAを選択する。

2. [Helix mode]チェックボックスにチェックを入れる。

3. To positionのプルダウンメニューからBを選択する。

4. Number of pointsに撮像位置の数を指定する。（デフォルト値：Shutterless）

　　 (Total Frame)÷(Number of points)＝割り切れる数となるようにNumber of pointsの値を指定することも可能です。

参考：Number of pointsの違いによる撮像位置と枚数の関係

Total Frameを180、Number of pointsを2と指定すると、1枚目から90枚目をAの位置を回転中心として撮像し、91枚目から180枚目までBの位置を回転中心として撮像します。 Total Frameを180、Number of pointsを6と指定すると、等間隔に区切られた位置を回転中心として30枚ずつ撮像します。

Number of pointsをShutterlessとすることで、1枚撮像する毎にゴニオが並進し、連続的な螺旋の動きとなります。

6. Runs表を確認し問題が無ければ[Start]ボタンを押し、連続データセット測定を開始する。

Helix modeにおける注意点

• 測定位置は何箇所も登録できますが、1つのデータセットで2箇所までしか選べません。

• 記憶した位置を利用してSnapshotを撮ることは出来ません。

"Diffraction scan"モードでスナップショット撮影を行ってください。

• Number of pointsの値はキーボードから直接入力可能です

値を大きくすることで、より連続的な螺旋の動きとなります。

• Number of pointsに割り切れない数を指定しても測定は可能ですが、指定したTotal Frameと撮像される枚数が異なってしまうので注意してください。

　　例：Total Frameを180、Number of pointsを7と指定

　　180÷7＝25.714…≒26

　　26×7＝182

　　したがって182枚撮像することになります。

• Helix modeによる連続データ測定が終了しましたら、CENTERタブ[Position Registration]セクションにある[Delete all]ボタンを押し、記憶したPositionを削除して下さい。