サンプルリストファイルの準備

サンプルリストファイルはPAMで取り扱うカセットの中のサンプル情報を記述したcsv(comma-separated values)形式のファイルで、PAMを使用する前に準備して、UGUISに読み込ませる必要があります。

サンプルリストファイルの仕様

 サンプルリストファイルの例

簡易版 (必須項目のみ、残りのパラメータはビームラインのデフォルト値が補完)

完全版 (自動測定などで予め測定のパラメータを指定しておきたい場合)

• • csv形式(カンマ区切り)であり、拡張子は.csvとします。

  • 1行目は必ず列名にしてください。

  • 必須の列と省略可能な列があります。

省略可能な列について、列自体が存在しない、もしくは列が空白の場合には、測定時に各ビームラインのデフォルト値で補完されます。

• • 各レコードをダブルクォーテーションで囲む(” ”)ことが出来ます。この場合、各レコード内にもカンマ(,)を文字として使用することが出来ます。反対に、各レコード内でダブルクォーテーションを使用することは出来ません。

  • 全自動測定はサンプルリストファイルの記述順に行われます。Portが1,2,...というように連続して並んでいる必要はありません。また、Portに同一のものが連続して入力されていても構いません。ファイル名が重複した場合には、測定の段階でエラーが発生し測定が停止してしまうので、Run番号を変えるなどして重複を避けてください。

サンプルリストファイル作成時の注意点

• 各ビームラインの仕様を確認してパラメータの指定をしてください。

• Wavelength, Max_resolution, Hwidth, Vwidthはビームラインにより指定出来る範囲が異なります。

  • Wavelengthにより指定出来る最小のMax_resolutionは変わります。こちらのエクセルファイルを使って計算することが出来ます。

• 特にWavelengthに関して、各ビームラインで最適な波長が異なります。異常散乱を用いた測定など特定の波長を指定する必要がない場合(ネイティブデータ測定など)には、Wavelengthの列は削除ないし空白としておくことをおすすめします。

 サンプルリストファイル作成用エクセルファイルマクロ 

     ダウンロード（2025年7月版）

• マクロファイルをダウンロードし保存してから使用してください。

サンプルリストファイルの各パラメータ

必須の列

• ContainerID

カセットID。必ずUni-puckやSSRLカセットの刻印を含む文字列としてください。

• Port

ポート番号。Unipuckの場合には1~16の数字、SSRLカセットの場合にはA1~L8までの文字列。

• CrystalID

結晶のID

• Protein

タンパク質の名前

• Directory

データ保存のサプディレクトリ

必須でない列

• Comment

• Screening

全自動測定時のモード。

0: スキップ

1: スナップショット測定

2: データ測定

• Run

Run番号。ファイル名に反映される。

• Start

開始番号。ファイル名に反映される。

• Total_frame

データ測定時の総フレーム数。

• Start_omega

データ測定時の開始角度(deg.)。

• Snap_omega

Screening=1でスナップショット測定を行う際の角度(deg.)。スペース区切りで複数の角度を指定出来る。

• Osc_width

1フレームあたりの振動角(deg.)

• Exp_time

1フレームあたりの露光時間(sec.)

• Wavelength

入射X線の波長(ang.)。ネイティブデータの測定時は各BLで波長が異なる。

• Max_resolution

最大分解能(ang.)。測定時のカメラ距離がこの値とWavelength、Camera_heightを元に算出される。

• Camera_height

カメラの高さ(mm)。ダイレクトビームに対するカメラの鉛直方向のオフセット量。

• Hwidth

水平方向のビームサイズ(mm)。

• Vwidth

鉛直方向のビームサイズ(mm)。

• Transmittance

X線の透過率(%)。

• Points

多点測定時の点数。

• Target_resolution

結晶評価時の分解能の閾値。この値よりも悪い場合に測定がスキップされる。

• SG_N, A_N, B_N, C_N, Alpha_N, Beta_N, Gamma_N (Nは1〜3)

PReMoの自動処理パイプラインにおける空間群、格子定数指定。3つまで指定が可能。

各ビームラインでの測定条件のデフォルト値