サンプルリストファイル
サンプルリストファイルの準備
サンプルリストファイルはPAMで取り扱うカセットの中のサンプル情報を記述したcsv(comma-separated values)形式のファイルで、PAMを使用する前に準備して、UGUISに読み込ませる必要があります。
サンプルリストファイルの仕様
サンプルリストファイルの例
簡易版 (必須項目のみ、残りのパラメータはビームラインのデフォルト値が補完)
完全版 (自動測定などで予め測定のパラメータを指定しておきたい場合)
csv形式(カンマ区切り)であり、拡張子は.csvとします。
1行目は必ず列名にしてください。
必須の列と省略可能な列があります。
省略可能な列について、列自体が存在しない、もしくは列が空白の場合には、測定時に各ビームラインのデフォルト値で補完されます。
各レコードをダブルクォーテーションで囲む(” ”)ことが出来ます。この場合、各レコード内にもカンマ(,)を文字として使用することが出来ます。反対に、各レコード内でダブルクォーテーションを使用することは出来ません。
全自動測定はサンプルリストファイルの記述順に行われます。Portが1,2,...というように連続して並んでいる必要はありません。また、Portに同一のものが連続して入力されていても構いません。ファイル名が重複した場合には、測定の段階でエラーが発生し測定が停止してしまうので、Run番号を変えるなどして重複を避けてください。
サンプルリストファイル作成時の注意点
各ビームラインの仕様を確認してパラメータの指定をしてください。
Wavelength, Max_resolution, Hwidth, Vwidthはビームラインにより指定出来る範囲が異なります。
Wavelengthにより指定出来る最小のMax_resolutionは変わります。こちらのエクセルファイルを使って計算することが出来ます。
特にWavelengthに関して、各ビームラインで最適な波長が異なります。異常散乱を用いた測定など特定の波長を指定する必要がない場合(ネイティブデータ測定など)には、Wavelengthの列は削除ないし空白としておくことをおすすめします。
サンプルリストファイルの各パラメータ
必須の列
ContainerID
カセットID。必ずUni-puckやSSRLカセットの刻印を含む文字列としてください。
Port
ポート番号。Unipuckの場合には1~16の数字、SSRLカセットの場合にはA1~L8までの文字列。
CrystalID
結晶のID
Protein
タンパク質の名前
Directory
データ保存のサプディレクトリ
必須でない列
Comment
Screening
全自動測定時のモード。
0: スキップ
1: スナップショット測定
2: データ測定
Run
Run番号。ファイル名に反映される。
Start
開始番号。ファイル名に反映される。
Total_frame
データ測定時の総フレーム数。
Start_omega
データ測定時の開始角度(deg.)。
Snap_omega
Screening=1でスナップショット測定を行う際の角度(deg.)。スペース区切りで複数の角度を指定出来る。
Osc_width
1フレームあたりの振動角(deg.)
Exp_time
1フレームあたりの露光時間(sec.)
Wavelength
入射X線の波長(ang.)。ネイティブデータの測定時は各BLで波長が異なる。
Max_resolution
最大分解能(ang.)。測定時のカメラ距離がこの値とWavelength、Camera_heightを元に算出される。
Camera_height
カメラの高さ(mm)。ダイレクトビームに対するカメラの鉛直方向のオフセット量。
Hwidth
水平方向のビームサイズ(mm)。
Vwidth
鉛直方向のビームサイズ(mm)。
Transmittance
X線の透過率(%)。
Points
多点測定時の点数。
Target_resolution
結晶評価時の分解能の閾値。この値よりも悪い場合に測定がスキップされる。
SG_N, A_N, B_N, C_N, Alpha_N, Beta_N, Gamma_N (Nは1〜3)
PReMoの自動処理パイプラインにおける空間群、格子定数指定。3つまで指定が可能。
