ログインしたらmxdataをクリックします。Size列にはファイルやディレクトリ内のデータ容量が記されますが、初回ログイン時等では表示されないこともあります。
(emdataがクライオ電子顕微鏡用のディレクトリで表示されるユーザーとされないユーザーがいます。)

ダウンロードしたいデータを探します。

日付で始まるフォルダにはそのビームタイムの全てのデータが入っています。premo_pipelineなどのフォルダには自動処理パイプラインの結果のみがパイプライン、ビームタイム毎にまとめられて入っています。

ダウンロードしたいファイルの左側のチェックボックスにチェックを入れて、「アクション」メニューのダウンロードを選択するとダウンロードが始まります。