Al acabar de trabajar con las notas de referencia, las almacenaba en unas cajas de cartón duro que tenía encima del mueble archivador. Esto es lo que conformaba su aparato bibliográfico, su fichero de referencias.
Las notas se almacenaban alfabéticamente, usando el apellido del autor y, en caso de ser necesario, la fecha de publicación como base.
En una representación esquemática, la parte del proceso explicada hasta ahora quedaría de la siguiente manera: