全民健保採強制納保，然難免有部分繳不起保險費的低收入戶及經濟邊緣人口。由此，健保亦有多項協助措施，照顧經濟困難弱勢民眾的就醫權益，以落實醫療平等的基本人權，其中包括：

據健保法第 43 條暨施行細則第 60 條，經公告之醫療資源缺乏地區就醫之門診、急診與居家照護服務，得以減免 20％ 部分負擔。此外， 健保署亦實施下列計畫以提升山地離島地區、偏鄉及醫療資源缺乏地區之醫療照護服務： 

1. 全民健康保險山地離島地區醫療給付效益提昇計畫 

山地離島地區因地理環境及交通不便導致醫療資源不足。因此，健保署規劃由有能力、意願之醫療院以較充足的醫療人力送至山地離島地區，自 1999 年 11 月起，陸續在山地離島地區實施「全民健康保險山地離島地區醫療給付效益提升計畫（Integrated Delivery System, IDS計 畫）」，鼓勵大型醫院至該地區提供專科診療、 急診、夜診等定點或巡迴醫療服務。

2. 醫療資源不足地區改善方案 

健保署持續投入資金，辦理醫療資源不足地區改善方案，以「在地服務」的精神鼓勵中、西、牙醫醫師至醫療資源不足地區執業，或以巡迴方式提供該地區醫療服務。

3. 醫療資源不足地區之醫療服務提升計畫 

為加強提供離島地區、山地鄉及健保醫療資源不足地區民眾的在地醫療服務及社區預防 保健，並增進民眾就醫的可近性，健保署於 2012 年起實施「全民健康保險醫療資源不足地區之醫療服務提升計畫」，以專款預算、點值保障等方式，鼓勵區域或鄰近區域的醫院，提供24小時急診服務，及內科、外科、婦產科及小兒科門診及住院醫療服務，強化民眾就醫在地化。