На території України період німецької окупації і період знищення євреїв були відносно короткочасними (від одного до трьох років). Винищення євреїв проходило без підготовчих етапів і почалася одразу з окупацією України. Більшість євреїв загинули в перші півтора роки окупації, а в багатьох місцях - вже в перші тижні і місяці війни. Так, розстріл в Києві в Бабиному Яру було здійснено на десятий день окупації міста. Тут не було створено гетто, євреям не встигли повісити відмітні знаки. Їх зігнали до місця розстрілу і знищили. В інших місцях спочатку був масовий розстріл, після чого заганяли залишившихся євреїв в гетто, а після цього - знову розстріли. Були випадки, коли всі етапи дотримувалися, але при цьому вони не були розтягнуті в часі, а все відбувалося за дуже короткий проміжок часу.
Особлива жорстокість, безжальність і тотальність у знищенні євреїв на окупованій території СРСР полягала в тому, що нацисти ідеологічно і майже відкрито обгрунтували необхідність такого знищення. Подібного не було при вторгненні німецьких військ в інші країни Європи. Згідно з нацистською ідеологією радянські євреї були не тільки втіленням "світового зла", а впершу чергу, провідниками так званої "жидо-комуни", опорою існуючого в СРСР та радянській Україні більшовицького режиму. Нацисти декларували прагнення "спинити поступ" Радянського Союзу до "світової революції", який нібито опинився під контролем "світового єврейства". Тож, на думку вермахту, в цій війні дотримання правил міжнародного військового права було необов'язковим: негайне тотальне і безжальне знищення українського єврейства проголошувалося як вирішальний фактор руйнування більшовизму.
Історія погромів в Російській імперії, радянський тоталітарний режим, досить широко поширений побутовий антисемітизм - породили особливе пасивне, пристосовницьке ставлення населення до будь-яких репресій, тим більше проти євреїв. Саме тому, нацисти застосовували антиєврейські заходи на радянській території в таких масштабах і такими жорстокими методами. В інших країнах (не рахуючи Польщі) вони на це не наважувалися.
У всіх країнах Європи, куди увійшли німецькі війська, збереглася місцева муніципальна влада і місцева поліція. На окупованій території СРСР місцева влада була евакуйована. Тому нова місцева влада і поліція, що формувались з місцевого населення на добровільній основі, брала активну участь у знищенні євреїв. Подекуди, євреїв знищувала місцева поліція без будь-якої участі німців або їх було дуже мало. Це унікальне явище. В інших країнах місцева поліція охороняла гетто, допомагала під час депортації євреїв до таборів смерті, але ніколи не брала безпосередньої участі в їх знищенні.
Нацисти широко використовували принцип "колективної відповідальності", покладаючи саме на євреїв відповідальність за сталінські репресії. Найбільшого ефекту їм вдалося домогтися на територіях Прибалтики, Західної Білорусії та Західної України, що відійшли до СРСР в результаті пакту Моло-това-Ріббентропа. І хоча серед репресованих напередодні війни місцевих жителів було чимало євреїв, в очах основної маси населення радянська влада асоціювалася з різким поліпшенням правового становища саме євреїв.
Євреїв України, як правило, не депортували до таборів смерті, далеко не скрізь в Україні німці створювали гетто. Гетто створювалися перед знищенням євреїв на території Східної Галичини, Волині, Поділля, Закарпаття, почасти - Східній і Південній Україні. Гетто південно-східної України суттєво відрізнялись від гетто, які німці влаштували в Польщі і на західних радянських територіях. Перш за все, більшість з них існували зовсім недовго, оскільки нацисти, створюючи гетто в цих областях, переслідували тільки одну мету: зібрати всіх євреїв міста для масового розстрілу в одному місці. Зокрема, гетто в Херсоні проіснувало менше 3 тижнів - з 7 по 25 вересня 1941 року. По-друге, вони не намагалися створювати скільки-небудь стерпні умови для життя в'язнів.
На решті українських земель гетто не створювалися, оскільки євреїв знищували на місці, майже відразу після початку окупації, максимум за декілька місяців на очах місцевого населення і доля євреїв ні для кого не була секретом.
Геноцид євреїв на українських теренах відбувався на тлі особливо жорстокого ставлення нацистського окупаційного режиму до місцевого слов’янського населення, що його чинили як підрозділи СС, так і вермахту. Расистський характер нацистської ідеології визначив практику гітлерівського геноциду на окупованій території України, де українці та інші слов’яни були визначені "нижчою расою" і відповідно до плану "Ост" передбачалося "переселення" до 65% мешканців України, а євреї підлягали повному винищенню. Кінцевою метою окупації мало стати "очищення" України від її мешканців шляхом часткового знищення, депортації та асиміляції.
Унікальним був спосіб знищення радянських євреїв. Головною формою "вирішення єврейського питання" на території України стали масові розстріли: так званий "Голокост від куль", тобто, коли людей не депортували до таборів смерті, як в інших країнах Європи, а розстрілювали фактично біля своїх домівок, на околицях населених пунктів або в рівчаках. Найвідоміший злочин нацистів на теренах України - трагедія Бабиного Яру. Євреїв знищували в душогубках, кидали в шахти в степових краях України, в глибокі колодязі, замуровували у великих підвалах, дітей та поранених засипали живими в могилах разом з убитими. Лише частина українського єврейства з Західної України в 1942 році потрапила до таборів смерті, передусім до Белжеця.
Ще однією відмінною рисою Голокосту на теренах України стала публічність знищення євреїв. Нацисти не приховували факти знищення євреїв, все це відбувалося публічно, відкрито і, що найстрашніше, часто при досить великому скупченні людей. В Європі знищення євреїв робилося таємно, жертви вивозилися далеко, в табори смерті. Депортацію євреїв оголошували перевезенням на нове місце проживання, обманювали і євреїв, і місцеве населення, оскільки змушені були рахуватись з думкою місцевого населення.
Особливість знищення євреїв на окупованій території СРСР полягає в безпосередній участі вермахту в геноциді. В окупованих країнах Європи, майже всюди знищення євреїв почалося після того, як німецька військова влада передавала управління окупованою територією в руки своєї цивільної адміністрації. На окупованій території СРСР акції знищення євреїв проводилися відразу після захоплення того чи іншого населеного пункту. Відповідальність військової влади полягає, також і в тому, що вони видавали накази про створення гетто і про депортацію євреїв в них, про "переселення євреїв до іншої місцевості", що в дійсності означало доставку євреїв до місця розстрілу. Непоодинокими були випадки, коли німецькі військові частини самі брали участь у розстрілах євреїв, виконували різні допоміжні функції: оточували гетто напередодні розстрілу і місця знищення, брали участь в облавах.
Безпосереднім знищенням євреїв на теренах СРСР займалися айнзацгрупи, які діяли лише на теренах СРСР, зокрема в Україні (айнзацгрупи C (Північ) та D (Чорноморське узбережжя)). Їх головним завданням було тотальне знищення євреїв.
Територія України була розчленована німецькими окупантами на кілька регіонів (дистрикт Галичина - підпорядковувався так званому Польському (Варшавському) генерал-губернаторству, губернаторство Трансністрія - передана союзникові Німеччини - Румунії, Закарпаття входило до Угорщині, райхскомісаріат Україна і зона німецького військового командування - підпорядковувались Німеччині), тому "остаточне розв’язання єврейського питання" у кожному з них відрізнялося часом і способами знищення, однак залишитися живими не мав шансу жоден єврей, незалежно від віку, статі, політичних уподобань, релігійних переконань.
На думку істориків Р.Брендона і В.Лауера термін "Голокост в Україні" застосовується насамперед до територій, контрольованих вермахтом, і до райхскомісаріату Україна: "Формально Голокост у Галичині є складовою Голокосту в Польщі, Голокост у Трансністрії - складовою Голокосту в Румунії, а Голокост у Закарпатті – складовою Голокосту в Угорщині".
Політика щодо знищення євреїв в Україні мала свої особливості в залежності від регіону. На західноукраїнських землях єврейське населення знищувалося не відразу. За словами д-ра І. Щупака, причини такої "поблажливості" були меркантильними: "Оскільки 90% усіх ремісників Галичини були євреями, - ішлося у звіті місцевого начальника СС і поліції, - негайне виселення євреїв зашкодило б військовому господарству". У місцевостях, де євреї становили значну частку населення, окупанти створювали єврейські гетто. Окрім цього, для економічного визиску євреїв, перед їх знищенням створювалися так звані "трудові табори" ("Judenlager", або "Julag" - табори для євреїв). Ізраїльський історик А.Вайс підкреслював, що багато гетто ставали робочими таборами перед тим, як їх ліквідовували, наприклад у Львові. Значна частина євреїв Західної України втратила життя в гетто й таборах. Місцем масової загибелі західноукраїнських євреїв став табір смерті Белжець.
На відміну від Західної Європи, де за допомогу євреям загрожувало ув’язнення в концентраційному таборі, на теренах Східної Європі та СРСР окупаційний режим був значно жорстокішим у покаранні тих, хто був звинувачений у наданні допомоги євреям. За переховування єврея нацисти загрожували розстрілом не лише рятівникові, але подекуди й усій його родині.
У цілому слід підкреслити, що на захист євреїв під час Голокосту на теренах України не виступила жодна українська політична сила чи військова організація. Радянський уряд, який володів інформацією про винищення євреїв нацистами, не довів її до відома єврейського населення. Не було декларацій, заяв, закликів до українців надати допомогу євреям ані з боку українського підпілля, ані з боку радянського уряду та підпорядкованих йому партизанських загонів і підпілля.
На відміну від Данії, Нідерландів, Франції, де рух Опору однією з основних цілей ставив порятунок євреїв, в СРСР партизанський рух не ставив перед собою подібних цілей, і не було жодної подібної партизанської операції, за винятком дій єврейських партизанських загонів.
Українське єврейство, яке на початок війни було найчисельнішим в Європі (до 2,8 млн осіб), зазнало найбільших втрат. Унаслідок Голокосту на теренах України було знищено, за різними оцінками, від 1,5 млн до 1,9 млн євреїв (приблизно 36% світового єврейства і 75 % від усіх євреїв, знищених на окупованій території СРСР). Це становить приблизно чверть від усіх загиблих євреїв Європи.