I gradini di fronte al presbiterio conducono alla cripta della Chiesa originale. Entrare in essa equivale ad avviarsi in un percorso che riporta agli albori della città di Foligno che nasce proprio intorno alla Cattedrale, edificata in onore di San Feliciano martire.

Questi resti suggeriscono che la Chiesa e la sua cripta furono costruite intorno all'XI secolo.

La cripta fu sottoposta ad importanti lavori di ristrutturazione nel XVII e XIX secolo. Ad oggi ospita le tombe di alcuni degli ultimi Vescovi di Foligno.

Il cranio di San Marone, il fondatore della Chiesa maronita, fu venerato in un monastero in Libano dal 686 d.C. Secondo Ludovico Jacobilli, il Conte Michele degli Atti, Conte di Uppello, ne riportà dei frammenti in Italia al suo ritorno da un pellegrinaggio nel 1130 e lo diede all'Abbazia di Sassovivo: la cripta dell'abbazia è ancora conosciuta come "la Cripta di San Marone". La Chiesa, dedicata anche a San Mauro, fu costruita su un terreno di proprietà dell'abbazia di Volperino di Foligno (16 km a est di Sassovivo) intorno all'anno 1135. Probabilmente ospitò la reliquia dal 1138, quando Papa Innocenzo II concesse le indulgenze. La festa di San Marone è ancora celebrata lì il 17 agosto, data in cui è stata consacrata la Chiesa. Il Vescovo Luca Cibo ha tradotto la reliquia nella Cattedrale di S. Feliciano nel 1490. Successivamente è stata racchiusa in questo reliquiario, che rappresenta un giovane diacono martirizzato dal capo ferito (ovviamente non riferibile alla figura di San Marone). Questo reliquiario fu tradotto poi dal Duomo di Foligno a Sassovivo nel 2000, in seguito alla riapertura della Cripta di San Marone dopo il terremoto del 1997. Fu poi rubata nel 2005, successivamente recuperata e collocata nella cripta del Duomo di Foligno.

Attualmente, a seguito del sisma del 2016, è ubicata presso la sacrestia del "Santuario della Madonna del Pianto e Chiesa di Sant'Agostino ", in p.zza Garibaldi a Foligno, elevata al rango di pro-Cattedrale, in attesa del ripristino del Duomo.

Nella cripta sono visitabili le colonne della struttura originale della Chiesa.

Sono inoltre presenti iscrizioni romane del primo secolo, Iscrizioni psleocristiane del IV - V secolo ed interessanti frammenti di sarcofagi ed elementi sculturali dei secoli successivi.

Per approfondire:

P. Guerrini and F. Latini, “Foligno: Dal Municipium Romano alla Civitas Medievale: Archeologia e Storia di una Città Umbra”, (2012) Spoleto

L. Sensi, “La Raccolta Archeologica della Cattedrale di Foligno”, Bollettino Storico della Città di Foligno, 9 (1985) 305-26

G. Binazzi, “Inscriptiones Christianae Italiae: Regio VI; Umbria”, (1989) Bari

F. Lanzoni, “Le Diocesi d' Italia dalle Origini al Principio del Secolo VII”, Faenza (1927)