Con la llegada de los incas a la región, el origen del nombre del lugar provendría del quechua "sonco", que significa "corazón", lo que subraya la importancia histórica del pueblo. Después de la Revolución de 1809, Pedro Domingo Murillo se refugió en Zongo durante varios días antes de ser capturado y llevado a La Paz. En enero de 1810, Murillo fue ahorcado junto con otros líderes proindependencia, convirtiéndose en un símbolo de la lucha por la independencia de Bolivia.