啟蒙運動後的思想，多了解一些對科學與信仰之間關係會更加的深入。華神院長周功和寫的"基督教科學觀"一書值得閱覽。對於知識論&本體論，裡面就有一些基本的介紹。
面提到了"天真實在論"為啟蒙運動的產物。其思想精神認為人可以客觀、中性的詮釋自然現象、數據、或者是文本的內容。爾後有一些人反對了這種主張，認為該主張是一種不可能達到的理想。例如周功和就舉出近代物理的哥本哈根學派作為反例。這學派對於光的解讀，需要從波與粒子兩個理論去切入。而兩個理論又無法相容。另，周功和在2013華神院訊中，也作了更多的解釋。裡面提到，一名科學哲學家庫恩也反對這種看法。庫恩認為一個有份量的科學理論為"典範"。這也形成了該理論對於事物看法的世界觀。文章內有一段話很有意思："成功用新典範看世界，就是學會了某科學族群的語言遊戲。所謂的語言又系，包含社會性行為，不純粹是邏輯的運作"。
要說明"天真實在論"缺乏基礎的論點，還有其他的敘述。比較簡易明瞭的部分有。例如我們看到一幅獅子、老虎、貓、鳥幾張圖片時，大部分人認為鳥就是那個與眾不同的。但這也不是一個客觀的作法。因為，這是先入為主以國高中生物學分類眼光去觀察事物。其他的分類是有可能存在的。例如，使用物體大小、圖片的顏色等等。
要如何應用這個理論。很直觀的作法就是，我們在看事物中，知道自己在做結論中，大概受了什麼主義影響去看事情的，而非完全的客觀。解經亦是如此，就算完全不看注釋書去看聖經，也必然受到主觀的世界觀所影響。又或，基督徒所堅持的"客觀真理"，也是從聖經的主觀去詮釋下的結果。(這也是信仰很核心的部分，要接受這個"主觀"，並非人為工作，而是透過啟示，從上而下的引導。)
另一方面，數位人文學的思維，是嘗試使用大量文本量化分析，找出詞彙特性與思想的關係。這作法打破了以往以本位主義閱讀文本的框架，儘量以客觀的證據觀察思想。然而，這也無法避免主觀的介入，因為在非結構化轉成結構化的變數的過程，必然也會受到建立新變數的主觀介入，那些才算是詞彙特徵？什麼才叫重要？等等。這也是目前數位人文必須考慮的問題。真正的客觀是很難達到的。這也提醒數位人文學者，不要太過高舉資料分析出來的"客觀"，因那可能只是另一個"主觀"。我們打破了某些框架看事情，但不需要建立另外一個框架，框住自己。若是如此，豈不可笑。