Розділ Шари головного меню Paint.NET  містить команди, які виконуються тільки до активного шару зображення (виділеному в панелі Шари). 

Команди  меню «Шари» :

Додати новий шар - команда  створює новий прозорий шар вище поточного активного шару. .

Вилучити шар. Ця команда видаляє активний шар з зображення. Перед видаленням вас попросять підтвердити команду. Активна, якщо шарів більше одного.

Дублювати шар. Команда створює точну копію активного шару. Будуть дубльовані всі властивості шару, пов’язані з графічним контекстом (пікселями). Новий  скопійований шар буде мати таке саме ім’я, що й початковий шар.

Об’єднати з наступним шаром. Команда, що об’єднує поточний шар з тим шаром, що лежить нижче нього. Недоступна, якщо тільки один шар.

Імпортувати з файлу…Команда, що дозволяє обрати одне або більше зображень, які будуть завантажені як один або кілька нових шарів.

Віддзеркалити горизонтально і Віддзеркалити вертикально

Ці команди дозволяють перевернути активний шар по горизонталі, або по вертикалі.

Обертання і масштаб…Ця команда дозволяє повертати активний шар зображення у всіх трьох вимірах, а також масштабувати його. 

Властивості шару…Команда, що викликає діалог, який дозволяє визначити, як поточний шар буде змішуватися з шаром, розташованим під ним у списку вікна «Шари» і дозволяє змінювати властивості активного шару ( ім’я, видимість, режим змішування, рівень прозорості).