Életében – eddigi tudomásunk szerint – Balassi Bálint műveit nem jelentették meg nyomtatásban; mind világi versgyűjteménye, mind Szép magyar komédiája kéziratos másolatban maradt ránk. Ennek oka feltehetően a szerelmi téma, melyet a korabeli Magyarországon erkölcstelennek, „fajtalannak” tartottak. Csupán vallásos tárgyú versei maradtak fenn nyomtatott formában, mégpedig annak köszönhetően, hogy Balassi Bálint tanítványa, Rimay János (cáfolni kívánva a mestere alakját övező kétes hírnevet azzal, hogy igyekezett a jó hazafi és a keresztény katona erényeit kiemelni munkásságában) nyomdakész kötetet szerkesztett istenes költeményeiből. Ám a kiadás ügyét a katolikus egyház tridenti zsinata után már az is nehezíti, hogy az egyéni ájtatosság céljaira készült kötetben magyarul szerepelnek a versek. A diplomatikusan szerkesztett, szép tipográfiájú gyűjtemény végül csak Rimay halála után jelenhetett meg: először 1632-ben, Bártfán, a rejtélyes Solvirogram Pannonius kiadásában (Gyarmati Balassa Bálintnak istenes éneki címen), majd 1633-ban, Bécsben. E kötet vegyes énekrészében Balassién kívül tucatnyi egyéb 17. század eleji költő művét is tartalmazza (többek közt Rimay, Nyéki Vörös Mátyás, Szepsi Csombor Márton, Illyésházi István és Szegedi Kis István verseit), a Balassi-versek között pedig (anélkül, hogy a két szerzőt elkülönítené egymástól) több szöveget szerepeltet Rimay Jánostól. Ezért a szakirodalom ezt a bártfai kötetet (valamint az ennek nyomán készült későbbi kiadásokat) "rendezetlen"-eknek nevezi. Azonban már az 1650-es években Nagyváradon megjelent az Istenes énekek rendezett kiadása, amelyben már szétválasztották Balassi és Rimay énekeit. Ekkor kerültek be a gyűjteménybe, némi csonkítással, Balassi tavaszi-vitézi versei, valamint zarándok- és búcsúéneke is. Egészen 1808-ig, két-három éves gyakorisággal, újra meg újra kinyomtatták ezt a kicsiny kötetet.Balassi Szép magyar komédiája a 17. század első felében nyomtatásban is megjelent Debrecenben, és talán Lőcsén is. Ezek a nyomtatott könyvecskék azonban mára elvesztek, illetve csupán egyikük csekély töredéke maradt fenn. Az 1958-ban előkerült Fanchali Jób-kódexnek köszönhetően azonban mégis ismerjük a teljes szöveget.
A Balassa-kódex
Balassi költeményeinek nagyobb részét, világi verseit a ma Balassa-kódex néven ismert kéziratos könyv őrzi. Ez a költő halála után kb. ötven évvel, 1656 után keletkezett; szerzőjének (valószínűleg tudós embernek) állítása szerint Balassi kéziratának másolata, egy versesköteté, amelyet Balassi állított össze, ám amely a nyomdáig nem jutott el. A Balassa-kódex csak 1874-ben került elő a Radvánszky család zólyomradványi könyvtárából. Felfedezésről az a Thaly Kálmán számolt be a Magyar Történelmi Társulat ülésén, aki a kuruc költészeti gyűjteményébe hamisítványokat (saját maga költötte verseket) is felvett, ezért eleinte sokan kételkedtek a Balassa-kódex szövegeinek hitelességében. A Társulat elhatározta a versek kiadását, és azok 1879-ben meg is jelentek. Balassi költészete ekkor lett közismert - korábban a nagyközönség a korai kiadások alapján csak az istenes verseket és a Szép magyar komédiát ismerte; a szerelmes és vitézi versek kézirataival csak egy szűk arisztokrata kör találkozhatott.
A kódexben a versek előtt a másolótól származó bevezető szöveg áll:
„Következnek Balassi Bálintnak külömb-külömbféle szerelmes éneki, kik között egynéhány isteni dicséret és vitézségről való ének is vagyon.
Ezeket pedig a maga kezével írt könyvéből írták ki szóról-szóra, vétek kevés helyen esett benne, az sem egyébtől lett pedig, hanem a Balassi írásának nehéz olvasása miatt, de afelől meglehet. Külön-külön mindenik éneket mikor, miről és kiről szerzette, megírta, a nótáját is mindenikének feljegyzette.
Aki azért gyönyörködik benne, innét igazán megtanulhatja, mint kell szeretőjét szeretni, és miképpen kell neki könyörgeni, ha kedvetlen és vad hozzá. De nem mindent hevít úgy a szerelem tüze talán, mint őtet.”
A korai Balassi-kiadások
A Balassa-kódex címoldala (jobb oldalt), valamint a kötetkompozíció Aenigma című első darabja (bal oldalt)
Többek között e pár szavas bevezetés alapján alakult ki az a hagyomány, hogy Balassi életművét tematikus csoportokra osztva tárgyalják az irodalomtörténészek: szerelmes, istenes és katonaversekről beszélnek, csak másodsorban fordítva figyelmet a versek keletkezésének időrendjére, és egyáltalán nem érintve a kötetbeli elhelyezkedésüket. Sokáig nem vették észre ugyanis a kötetkompozíciót, azt, hogy a versek sorrendje a kódexben nem tetszőleges, hanem uralkodik benne valamiféle meghatározható rend, kompozíció. De hogy mi pontosan a kompozíciós elv, és hogy milyen a kötet kompozíciója, arról máig tart az irodalomtörténészek vitája.
A 3 x 66-os és a 2 x 66-os elmélet
A kompozíció észrevétele, vagy talán inkább még csak megsejtése Gerézdi Rabán nevéhez fűződik. Ő abból a tényből indult ki, hogy (a kódex versek közötti megjegyzései alapján) a költő házassága előtt írott verseinek száma 33, és a házassága utániaké is ennyi (bár ez csak akkor igaz, ha ebből a szakaszból kivesszük az istenes énekeket és a török bejteket). Ez alapján azt feltételezte, hogy a költő talán tervezett egy harmadik 33-as egységet is, az istenes versekét, amelyet, ha elkészült volna, vagy első vagy utolsó egységként illesztett volna a kompozícióba. "Mivel a reneszánsz költők versesköteteiket többnyire valamely – misztikus-szakrális értelmű – számrendszer alapján állították össze, Balassi is egy háromszor 33 költeményből, egy verses prológussal együtt pedig kereken 100 versből álló kötet óhajtott a jelek szerint kiadni.” A kötet kompozíciós elve e szerint az elképzelés szerint tehát a lírai önéletrajz; a kötet verseinek egymás utáni olvasása szerelmi történetet rajzol elénk.
Gerézdi 3 x 33 + 1-es sejtése alapján Horváth Iván irodalomtörténész 1982-ben megpróbálta rekonstruálni ezt az eszményi versgyűjteményt. Ekkor még úgy gondolta, hogy Balassi a tervezett 33 istenes versből csak tizet írt meg, és ezért 1589-ben, amikorra a 2 x 33-mal egyébként elkészült, nem ítélte azokkal együtt közzétehetőnek. Úgy vélte továbbá, hogy ebből a tíz elkészült istenes énekből azt a kilencet, amelyek a kódexben 62-71-es sorszámmal szerepelnek, nem Balassi maga, hanem verseinek másolói illesztették bele a második 33-as sorozatba (amivel 75-re növelték a versek számát), s ugyancsak ők keverték ide a törökből fordított bejteket is. "Itt mindenesetre feltételezhetünk egy múlékony kötettervet, amelyet Balassi nyilván csakhamar feladott, hiszen már ekkoriban meg kellett, hogy írja a Valahány török bejt sorozatát, amely még a 2 x 33-as csoportba sem fért volna bele. A később elkészült Celia-gyűjtemény vagy még későbbi Cím nélküli gyűjtemény idejéből már semmi nyoma annak, hogy Balassi – kéziratban vagy nyomtatásban terjesztendő – kötetet tervezett volna összeállítani.”
Ennek a 3 x 33-as elméletnek egyik változata a 2 x 33-as elmélet, mely csak az elkészült verseket tartja a gyűjtemény részének. Hiszen a költő versgyűjteményét megőrző Balassa-kódex prózai megjegyzése szerint Balassi még csak 10 istenes énekkel készült el.
A 2 x 33-as és a 3 x 33-as elméletek közös vonása, hogy kiemelik a második 33-as sorozatból a kilenc istenes éneket és a kilenc bejtet, s a gyűjtemény, az ún. Maga kezével írt könyv utolsó darabjának az Ó, én édes hazám... kezdetű búcsúverset tekintik.
A 33-as számban való gondolkodás valószínűségét erősítette az a tény, hogy Balassi 33 évesen festette meg portréját, ugyanebben az évben szabadult meg pereitől, és tett fogadalmat Istennek, hogy hálából haláláig szolgálni fogja őt. A Szentháromsághoz írt három himnusza is 99 sorból áll.
A Fragmenta-elmélet
A legújabb elképzelés szerint, amely szintén Horváth Ivántól származik (az irodalomtörténész ugyanis 1997-ben megváltoztatta álláspontját a kérdésben), a Balassa-kódexben fennmaradt elrendezés nem másolóktól, hanem magától a költőtől származik, és a kompozíció teljes, lezárt. Eszerint tehát Balassi maga toldotta bele a második 33-as egységbe, illetve helyezte a kompozícióba ezen egység után istenes és egyéb verseit, mintegy annak jeléül, hogy az élet hogyan borítja fel a költő kompozíciós terveit. Ám ha összeszámoljuk, hogy a számozott, számozatlan és egyszerűen csak megemlített versekkel együtt hány énekről van szó a gyűjteményben, akkor éppen 100 verset találhatunk. A 100-as szám a teljesség, az isteni tökéletesség szimbóluma, melynek rejtett jelenléte nem a feszes 3 x 33 + 1-es emberi szerkesztésnek, hanem az isteni kegyelem adományának köszönhető.
A kéziratos másolat, melyből a verseket ismerjük, Balassi Bálint verseinek fragmentumi alakban őrizte meg a gyűjtemény címét. Ez Petrarca Daloskönyvének címére emlékeztet: Rerum vulgarium fragmenta („Olasz írások töredékei”). A versek számozása két nagyobb egységre osztja a gyűjteményt: az első részt 66 számozott és a 2 x 9 (+2 elveszett) számozatlan ének alkotja, a másodikat 10 számozott és 4 számozatlan. A gyűjtemény összesen 100 darabból áll.
A kötet elrendezése és a versek számszerű eloszlása tehát a következő:
I.1. házassága előtt szerzett versek: 33 [+2]
I.2. a „feleségétől való elválása után” kibujdosásáig szerzett versek: 33-66 [+ 2 x 9]
I.2.1. Julia-ciklus: 25
I.2.2. más: 3
I.2.3. istenes énekek: 9
I.2.4. más: 3
I.2.5. török bejtek: 9
I.2.6. más: 2
II. Celia-ciklus: 10 (+4)
A gyűjteményben meg van említve még egy el nem készült Balassi-mű is, melyet csak innét, hírből ismerünk, ezzel a Jephtés históriája néven emlegetett szöveggel együtt a versgyűjteményből 101 Balassi-műről szerzünk tudomást. A 101-es számnak is lehet jelentése, hiszen a régiek babonás vagy misztikus okokból igyekeztek kerülni a kerek számokat; a legismertebb példa erre a híres mesegyűjtemény, az 1001 éjszaka meséi, ahol szintén eggyel lépnek túl egy bűvös kerek számot.
Az első harminchárom vers közé ékelődne a két elveszett darab; a kötet végén, a tíz Célia-vers mellett foglal helyet a négy számozatlan költemény. Ez a hat szöveg egészíti ki százra a "fragmentumok" számát.