En rouge les taxons pour lesquels l'arbre va plus loin :
Porifères - Cnidaires - Plathelminthes - Annélides - Mollusques - Arthropodes - Échinodermes - Chordés
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Porifères (= Spongiaires) - Après des années de débat, il fait maintenant consensus que les Porifères sont monophylétiques.
Cténophores - Les Cténophores, et non les Porifères, pourraient être le groupe frère de tous les autres Métazoaires. Le débat - probablement le plus chaud de toute la systématique des Métazoaires - n'est pas clos donc nous restons prudent, d'autant que les deux hypothèses sont soutenues par des approches phylogénomiques différentes. L'hypothèse des Porifères comme groupe frère de tous les autres Métazoaires semble toutefois avoir toujours un certain avantage.
Placozoaires - La grande majorité des études placent les Placozoaires en groupe frère du clade (Cnidaires, Bilatériens). Cependant de rares études très récentes montrent que les Placozoaires pourraient en fait être le groupe frère des Cnidaires. La relation (Cnidaires, Bilatériens) pourraient donc être remise en cause prochainement.
Cnidaires - Il semble de plus en plus clair que les Cnidaires seraient l'unique groupe frère des Bilatériens.
Plathelminthes - La position des Plathelminthes tend à être remise en cause par quelques études récentes, qui les placent au sein des Lophotrochozoaires.
Spiraliens - Le terme Lophotrochozoaires désigne traditionnellement le groupe formé par les Rotifères, les Plathelminthes, les Bryozoaires, les Brachiopodes, les Annélides et les Mollusques (pour ce qui est des taxons représentés sur cet arbre). Maintenant que les relations entre ces taxons se sont (partiellement) éclaircies, une tendance récente consiste à remplacer Lophotrochozoaires par Spiraliens (ou Lophotrochozoaires lato sensu), et utiliser le terme Lophotrochozoaires (ou Lophotrochozoaires stricto sensu) pour désigner uniquement le clade regroupant les animaux possédant un lophophore ou une larve de type trochophore. C’est cette tendance que nous avons choisi de suivre ; mais attention on trouve encore de tout dans la littérature, même récente. Le terme Spiraliens sera peut-être amené à être changé s’il s’avère que le clivage de l’œuf de type spiral n’est finalement pas un caractère commun à tout le clade (il y a des doutes).
Rotifères - Il semble bien établi que les anciens Rotifères sont en fait paraphylétiques, puisque les Acanthocéphales (des parasites) en font partie. Le nouveau clade formé par les anciens « rotifères » et les Acanthocéphales a été nommé Syndermates, qui sont aussi appelés Rotifères lato sensu (c'est cette seconde appellation que nous avons choisie).
Lophotrochozoaires - Les relations au sein de ce taxon sont loin de faire consensus.
Ecdysozoaires - Les relations au sein de ce taxon ne font pas consensus. En particulier, il y a débat sur la position des Tardigrades. Ceux-ci sont en général retrouvés comme groupe frère du clade (Onychophores, Arthropodes), formant le traditionnel groupe des Panarthropodes (Tardigrades + Onychophores + Arthropodes), mais une relation de groupe frère avec les Nématoïdes est régulièrement mise en avant. Par ailleurs, la plupart des études identifient un clade (Priapuliens, Kinorhynches, Loricifères), appelé Scalidophores, mais les études incluant ces trois taxons sont rares et il n'y a pas consensus. Nous restons donc prudent. Remarque : le terme Arthropodes est régulièrement employé pour désigner un clade regroupant Onychophores et Euarthropodes. Nous utilisons ici la terminologie majoritaire dans les études récentes, qui emploie le terme Arthropodes pour désigner le clade que d'autres appellent Euarthropodes.
Deutérostomiens - Deux solides articles récents ont jeté un pavé dans la mare : les Deutérostomiens, dont on ne connaît aucune synapomorphie morpho-anatomique ou embryologique, pourraient être paraphylétiques car les Protostomiens en seraient dérivés. Nous restons prudent pour le moment, mais cette hypothèse spectaculaire est à surveiller avec attention.
Xénacœlomorphes - Il fait maintenant consensus que les Acœles, les Némertodermatidés (tous deux anciennement inclus dans les Plathelminthes) et les Xénoturbellidés forment le clade des Xénacœlomorphes. Les Acœles et les Némertodermatidés sont habituellement rassemblés dans le cade des Acœlomorphes (groupe frère des Xénoturbellidés), mais une étude récente a mis en doute ce regroupement au profit d'un clade regroupant Acœles et Xénoturbellidés (les Némertodermatidés étant le groupe frère de ce clade). Par ailleurs, il y a débat sur la position des Xénacœlomorphes : groupe frère des Ambulacraires (formant les Xénambulacraires) ou groupe frère de tous les autres Bilatériens (dans cette seconde hypothèse, les Protostomiens et les Deutérostomiens seraient regroupés dans le clade des Néphrozoaires, groupe frère des Xénacœlomorphes). La première hypothèse semble prendre l'avantage.
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