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Les études de phylogénomique sont encore rares mais confirment ce que les premières phylogénies moléculaires laissaient supposer : les anciens Ascidiacés sont paraphylétiques car les Thaliacés en sont une branche dérivée. De plus, deux des trois articles de phylogénomique publiés à ce jour indiquent que les Aplousobranches seraient inclus dans les Phlébobranches, et donc que les Phlébobranches seraient parapylétiques. Nous restons prudent sur ce second point pour le moment.


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