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Siponcles, Échiuriens et Siboglinidés - Les études de phylogénomique ont montré que les Siponcles, les Échiuriens et les Pogonophores - trois groupes auparavant considérés comme des embranchements distincts des Annélides - sont en fait inclus dans les Annélides. Les anciens Pogonophores sont désormais inclus dans le clade des Siboglinidés.

« polychètes » - Il fait consensus que les anciens Polychètes sont paraphylétiques, car les Clitellates en sont un clade dérivé. 

Clitellates - La seule étude de phylogénomique dédiée aux Clitellates ne fait que confirmer ce que les précédentes études moléculaires (et certaines études morphologiques avant elles) avaient montré : les Oligochètes sont paraphylétiques car les Hirudinés en sont un clade dérivé. Le terme « oligochètes », désormais synonyme de Clitellates, tend à être abandonné pour ne pas créer de confusion. Le terme « achètes », synonyme d'Hirudinés, est désuet.


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