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Les études sont encore rares mais elles s'accordent sur presque tous les points. La seule contradiction est au niveau des trois clades parasites (Cestodes, Monogènes, Trématodes), dont on ne peut pas considérer que les relations soient résolues. Il n'est d'ailleurs pas exclu que les Monogènes ne soient pas monophylétiques, car les deux groupes qui les composent (Monopisthocotyles et Polyopisthocotyles) pourraient ne pas être groupes frères. Par ailleurs, il ne fait aucun doute depuis longtemps que les anciens Turbellariés (Plathelminthes libres) sont paraphylétiques, car ils incluent les Néodermates parasites. Quant aux Acœles et aux Némertodermatidés, traditionnellement considérés comme des Plathelminthes, il fait maintenant consensus qu'ils n'en sont pas et qu'ils forment, avec les Xénoturbellidés, le clade des Xénacœlomorphes (dont la position est incertaine, cf. Racine).


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