TP Supplementaire

On va prendre les données suivantes d'expression: données 1

faire les analyses statistiques qui vous semblent pertinentes !

De meme avec les données de Stage proposées par Marine Punkow: données 2 et données 3

Pour faire l'analyse de la variance, on pourra suivre la methode (exposée ici) suivante:

toto=file.choose() % pour connaitre l'emplacement du fichier de donnees (en CVS par exemple)

clones=read.csv(file=toto,head=T,sep=",") % lit les donnees

r = c(t(as.matrix(clones))) % concatène les colonnes

f = c("AntibioLevel1", "AntibioLevel2", "AntibioLevel3", "AntibioLevel4") % donnes les valeurs du facteur niveau d'antibio

k = 4 % nombre de niveaux

n = 4 % nombre d'observations par niveau

factorvector = gl(k, 1, n*k, factor(f)) % construit le vecteur de facteurs

av = aov(r ~ tm) % on effectue l'ANOVA

summary(av) % on analyse les résultats la proba P(>F) donne la p-value qui permet de decider du resultat

Pour faire le test de Kruskal-Wallis, on pourra juste faire

kw = krukal.test(r,factorvector)

kw

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