Estructura Organizacional

Es el órgano que toma las decisiones en materia programática, institucional y administrativa.  Compuesto por los miembros promotores de la IA y un representante asociado por país, este Comité se reúne en forma presencial una vez por año para deliberar sobre los rumbos del Consorcio.Comité Técnico

Este responsable por orientar las actividades técnicas de la IA en las áreas de investigación colaborativa y outreach. Está compuesto por especialistas indicados por las instituciones fundadoras y asociadas de cada país miembro.

Comité Ejecutivo del Programa de Investigación "Ecoregional"

Compuesto por un representante de cada uno de los centros del CGIAR socios de la IA y por el Coordinador del Programa, este Comité propone las actividades de investigación colaborativa regional, basadas en las cuatro áreas temáticas que fueron identificadas y validadas a través de consultas participativas en talleres sub-regionales y en un taller multi-institucional. Fue creado a fines de 2008, cuando el Programa Eco-Regional comenzó a funcionar efectivamente. 

Unidad de Gestión

Es la institución que lidera la IA, aportando su capacidad estratégica en aspectos operativos, administrativos y legales. Desde la creación del Consorcio (2004) hasta fines de 2008, la Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa, Brasil) desempeñó esta función, cediéndole el puesto al Instituto Nacional de Innovación Agraria (INIA, Perú) que tiene mandato hasta 2011.