Bourgeois et paysans au xviie siècle. Recherche sur le rôle des bourgeois parisiens dans la vie agricole au sud de Paris au xviie siècle, Paris, SEVPEN, 1957.
Le Monde et son histoire, tomes 5 et 6, Paris, Bordas-Laffont, 1967.
Réforme protestante, Réforme catholique dans la province d’Avignon, xvie siècle, Paris, Cerf, 1993.
Le Catholicisme à l’épreuve dans la France du xvie siècle, Paris, Cerf, 2000 [voir le site de l’éditeur]. Ce recueil comprend une préface d’Olivier Christin et d’Alain Tallon, une « rétrospection » (p. 285-286) et la réédition des articles suivants, avec à chaque fois un post-scriptum de mise à jour : « Réforme, Réformation, Préréforme, Contre-Réforme... étude de vocabulaire chez les historiens récents de la langue française », p. 9-26 (article paru initialement en 1977) ; « Les visites pastorales françaises du xvie au xviiie siècle », p. 27-63 (1985) ; « L’abjuration de Claude d’Espence (1543) », p. 67-83 (1983) ; « Une réforme gallicane ? Le projet de concile national de 1551 », p. 85-114 (version initiale de 1981) ; « Les séminaires en France avant saint Vincent de Paul », p. 117-134 (1983) ; « L’épiscopat catholique à l’époque du concile de Trente : les réalités », p. 135-159 (1987) ; « L’influence de Charles Borromée sur l’Église de France », p. 161-183 (1988, en anglais) ; « Dans l’affrontement des réformes du xvie siècle : regards et jugements portés sur la religion populaire », p. 187-204 (1979) ; « Piété populaire et confessionnalisation », p. 205-218 (1995, en allemand) ; « Les confréries dans l’espace urbain : l’exemple de Rouen », p. 221-235 (version initiale de 1983) ; « Qu'est-ce qu’une confrérie de dévotion ? Réflexions sur les confréries rouennaises du Saint-Sacrement », p. 237-247 (1988) ; « La crise des confréries en France au xvie siècle », p. 249-268 (1989) ; « Itinéraires de processions dans la ville d’Avignon », p. 269-283 (1977).
Les Confréries dans la ville de Rouen à l’époque moderne, xvie-xviie siècles, Rouen, Société de l’histoire de Normandie, 2010.
Direction ou collaboration :
Répertoire des visites pastorales de la France. Première série, anciens diocèses (jusqu’en 1790), Paris, CNRS, 1977-1985, 4 vol. (en collaboration avec Dominique Julia) ; un volume de corrections et de compléments est paru à Paris et à Turnhout, Société d’histoire religieuse de la France et Brepols, 2006.
Histoire du christianisme, des origines à nos jours, Paris, Desclée, 1990-2001, 14 vol. (direction avec Charles et Luce Piétri, André Vauchez et Jean-Marie Mayeur et collaboration aux tomes 7 à 9).
La Religion dans la France moderne, Paris, Hachette, 1998 (en collaboration avec Anne Bonzon).