Στο γυρισμό οι Αργοναύτες πλανήθηκαν. Είχαν σκοπό να περάσουν τις Συμπληγάδες πέτρες πιστεύοντας ότι ο Αιήτης δεν θα συνέχιζε την καταδίωξή τους προς την Ελλάδα. Ωστόσο φθάνοντας στα ανοιχτά της Μαρσίλιας, ο Δίας τους έστειλε φουρτούνα. Ο Δίας οργίστηκε μαζί τους για τον θάνατο του Άψυρτου κι έπρεπε να τιμωρηθούν. Όταν σταμάτησε η φουρτούνα οι Αργοναύτες διαπίστωσαν ότι το ταξίδι του γυρισμού δεν θα ήταν καθόλου εύκολο και ότι, όπως τους είχε προειδοποιήσει ο Φινέας, δεν θα ακολουθούσαν τον ίδιο δρόμο για την επιστροφή. Η Αργώ πλέον βρισκόταν και πάλι μέσα σε ένα ποτάμι, που ονομαζόταν Ίστρος. Ο Ιάσονας και οι σύντροφοί του αποφάσισαν να ταξιδέψουν ανάποδα στη ροή του ποταμού, με αποτέλεσμα μετά από μέρες να καταφέρουν να βγουν στο Αδριατικό πέλαγος.
Εκεί αναθάρρησαν και ξεκίνησαν το ταξίδι προς το νότο σε πιο γνώριμα νερά. Σύντομα φάνηκε στον ορίζοντα το νησί των Φαιάκων, η σημερινή μας Κέρκυρα. Η θέα της ελληνικής γης σκόρπισε ενθουσιασμό στις τάξεις των Αργοναυτών. Όμως το μένος του Δία δεν είχε κοπάσει και αποφάσισε να τους ταλαιπωρήσει κι άλλο για τον θάνατο του αθώου Άψυρτου, μέχρι να εξιλεωθούν. Τους έστειλε λοιπόν τεράστια θαλασσοταραχή με πελώρια κύματα που απειλούσαν να καταπιούν την Αργώ, ενώ ο αέρας που λυσσομανούσε τους απομάκρυνε από τις ακτές. Μέσα στη φουρτούνα ακούστηκε και πάλι να μιλάει η Αργώ και να λέει «Αργοναύτες ο Δίας σας στέλνει αυτά τα δεινά επειδή είναι θυμωμένος για το θάνατο του Άψυρτου. Πρέπει να εξαγνιστείτε γι’αυτήν την ύβρη που διαπράξατε». Η μάγισσα Κίρκη, αδερφή του Αιήτη, που ζούσε σε εκείνα τα μέρη, εξάγνισε την ανιψιά της και τον Ιάσονα, αφού τους υποχρέωσε σε μια σειρά από θυσίες, προκειμένου να απαλλαγούν από το βάρος της αμαρτίας του φόνου.