gedit довольно удобный текстовый редактор, понимающий тэги php и не только. К сожалению он не всегда понимает кодировку WINDOWS-1251, которая встречается даже на юниксовых хостингах сплошь и рядом. Решение простое:
gconf-editor /apps/gedit-2/preferences/encodings - открываем в редакторе конфигурации GNOME раздел, соответствующий настройкам gedit
Далее редактируем ключ auto_detected
Добавляем к ключу значение WINDOWS-1251. Проблема решена.