Y2. Python Ori
1. Click en https://jupyter.org/try
Try classic Notebook
Welcome to Jupiter
Click en ícono de Jupyter
2. Subir sesión 1.
3. Click en sesión 1.
1. Ejemplo con DnaA boxes
Our plan is to begin with a bacterium in which ori is known, and then determine what makes this genomic region special in order to design a computational approach for finding ori in other bacteria. Our example is Vibrio cholerae, the pathogenic bacterium that causes cholera; here is the nucleotide sequence appearing in the ori of Vibrio cholerae:
atcaatgatcaacgtaagcttctaagcatgatcaaggtgctcacacagtttatccacaac ctgagtggatgacatcaagataggtcgttgtatctccttcctctcgtactctcatgacca cggaaagatgatcaagagaggatgatttcttggccatatcgcaatgaatacttgtgactt gtgcttccaattgacatcttcagcgccatattgcgctggccaaggtgacggagcgggatt acgaaagcatgatcatggctgttgttctgtttatcttgttttgactgagacttgttagga tagacggtttttcatcactgactagccaaagccttactctgcctgacatcgaccgtaaat tgataatgaatttacatgcttccgcgacgatttacctcttgatcatcgatccgattgaag atcttcaattgttaattctcttgcctcgactcatagccatgatgagctcttgatcatgtt tccttaaccctctattttttacggaagaatgatcaagctgctgctcttgatcatcgtttc
EJEMPLO de programación en Phyton
# Copy your PatternCount function from the previous step below this line
# Input: Strings Pattern and Text
Text="ATCAATGATCAACGTAAGCTTCTAAGCATGATCAAGGTGCTCACACAGTTTATCCACAACCTGAGTGGATGACATCAAGATAGGTCGTTGTATCTCCTTCCTCTCGTACTCTCATGACCACGGAAAGATGATCAAGAGAGGATGATTTCTTGGCCATATCGCAATGAATACTTGTGACTTGTGCTTCCAATTGACATCTTCAGCGCCATATTGCGCTGGCCAAGGTGACGGAGCGGGATTACGAAAGCATGATCATGGCTGTTGTTCTGTTTATCTTGTTTTGACTGAGACTTGTTAGGATAGACGGTTTTTCATCACTGACTAGCCAAAGCCTTACTCTGCCTGACATCGACCGTAAATTGATAATGAATTTACATGCTTCCGCGACGATTTACCTCTTGATCATCGATCCGATTGAAGATCTTCAATTGTTAATTCTCTTGCCTCGACTCATAGCCATGATGAGCTCTTGATCATGTTTCCTTAACCCTCTATTTTTTACGGAAGAATGATCAAGCTGCTGCTCTTGATCATCGTTTC"
Pattern="TGATCA"
def PatternCount(Pattern, Text):
count = 0 # output variable
for i in range(len(Text)-len(Pattern)+1):
if Text[i:i+len(Pattern)] == Pattern:
count = count+1
return count # your code here
print(PatternCount(Pattern,Text))
Córralo en https://repl.it/repls/RemarkableExpensiveClumber
2. Ejemplo con Jupyter
>Click en Jupyter.org/try
>click en jupiter with python
>click en el logo de Jupyter para acceder a los archivos
>crear una carpeta y subir los archivos llamados Sesiones
>abrir la carpeta llamada binder, subir los archivos llamados documentos necesarios
>Volver a la carpeta nueva y doble click en sesion 1.
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