1. Click en https://jupyter.org/try
Try classic Notebook
Welcome to Jupiter
Click en ícono de Jupyter
2. Subir sesión 1.
3. Click en sesión 1.
Our plan is to begin with a bacterium in which ori is known, and then determine what makes this genomic region special in order to design a computational approach for finding ori in other bacteria. Our example is Vibrio cholerae, the pathogenic bacterium that causes cholera; here is the nucleotide sequence appearing in the ori of Vibrio cholerae:
atcaatgatcaacgtaagcttctaagcatgatcaaggtgctcacacagtttatccacaac ctgagtggatgacatcaagataggtcgttgtatctccttcctctcgtactctcatgacca cggaaagatgatcaagagaggatgatttcttggccatatcgcaatgaatacttgtgactt gtgcttccaattgacatcttcagcgccatattgcgctggccaaggtgacggagcgggatt acgaaagcatgatcatggctgttgttctgtttatcttgttttgactgagacttgttagga tagacggtttttcatcactgactagccaaagccttactctgcctgacatcgaccgtaaat tgataatgaatttacatgcttccgcgacgatttacctcttgatcatcgatccgattgaag atcttcaattgttaattctcttgcctcgactcatagccatgatgagctcttgatcatgtt tccttaaccctctattttttacggaagaatgatcaagctgctgctcttgatcatcgtttc
EJEMPLO de programación en Phyton
# Copy your PatternCount function from the previous step below this line
# Input: Strings Pattern and Text
Text="ATCAATGATCAACGTAAGCTTCTAAGCATGATCAAGGTGCTCACACAGTTTATCCACAACCTGAGTGGATGACATCAAGATAGGTCGTTGTATCTCCTTCCTCTCGTACTCTCATGACCACGGAAAGATGATCAAGAGAGGATGATTTCTTGGCCATATCGCAATGAATACTTGTGACTTGTGCTTCCAATTGACATCTTCAGCGCCATATTGCGCTGGCCAAGGTGACGGAGCGGGATTACGAAAGCATGATCATGGCTGTTGTTCTGTTTATCTTGTTTTGACTGAGACTTGTTAGGATAGACGGTTTTTCATCACTGACTAGCCAAAGCCTTACTCTGCCTGACATCGACCGTAAATTGATAATGAATTTACATGCTTCCGCGACGATTTACCTCTTGATCATCGATCCGATTGAAGATCTTCAATTGTTAATTCTCTTGCCTCGACTCATAGCCATGATGAGCTCTTGATCATGTTTCCTTAACCCTCTATTTTTTACGGAAGAATGATCAAGCTGCTGCTCTTGATCATCGTTTC"
Pattern="TGATCA"
def PatternCount(Pattern, Text):
count = 0 # output variable
for i in range(len(Text)-len(Pattern)+1):
if Text[i:i+len(Pattern)] == Pattern:
count = count+1
return count # your code here
print(PatternCount(Pattern,Text))
Córralo en https://repl.it/repls/RemarkableExpensiveClumber
2. Ejemplo con Jupyter
>Click en Jupyter.org/try
>click en jupiter with python
>click en el logo de Jupyter para acceder a los archivos
>crear una carpeta y subir los archivos llamados Sesiones
>abrir la carpeta llamada binder, subir los archivos llamados documentos necesarios
>Volver a la carpeta nueva y doble click en sesion 1.
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