Proyectos de estudiantes
Los siguientes son primers diseñados por estudiantes
PRIMERS
TP53-fwd
TGT GAA GCA GCC ATT CTT TTC
TP53-Rev
CCC ATT TAC TTT GCA CAT CTC A
BRCA1F
GTG ATG AAA ACA TTC AAG CAG AAC TAG
BRCA1R
GGG ATA CAT ACT ACT GAA TGC AAA GGA
BrcaII-Fwd
AAC AGG AGA AGG GGT GAC TG
BrcaII-Rev
GCA CAT CCT GCA CAT GTA CC
PTEN-proF
GGT GCG TCC CAC TCA CAG
PTEN-proR
ATG GGG AGA AGA CGA ATA ATC C
PTEN-exF
TTG GTG TAT GCC TTC ACA TAT CTC T
PTEN-exR
GAA CAA GAT CTG AAG CTC TAC TGG A
CHEK-Fwd
GTG CCT GGC CATGTG GTT AT
CHEK-Rev
GGT GAC AGT GCAAGA CTC CG
27f
AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG
1492r
TAC GGY TAC CTT GTT ACG ACT T
PERFIL
95°C POR 5 MINUTOS
40 CICLOS
95°C POR 30 SEG.,
55°C POR 30 SEGUNDOS,
72°C POR 1,5 MINUTOS.
72°C POR 10 MINUTOS
ITS1 (Ribosomales para Levaduras)
TCCGTAGGTGAACCTGCGG
ITS4 (Reverse)
TCCTCCGCTTATTGATATGC
40 cycles 95°C 30 s/55°C 1 min/72°C 1.5 min
HTTP://SITES.BIOLOGY.DUKE.EDU/FUNGI/MYCOLAB/PRIMERS.HTM
White, T. J., T. Bruns, S. Lee, and J. W. Taylor. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. Pp. 315-322 In: PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, eds. Innis, M. A., D. H. Gelfand, J. J. Sninsky, and T. J. White. Academic Press, Inc., New York..©W
Lista de Primers Universales usados en Macrogen
1492R TACGGYTACCTTGTTACGACTT posición 1492-1513
27F AGAGTTTGATCMTGGCTCAG posición 8-27
Aprox 1500
https://scialert.net/fulltext/?doi=pjbs.2017.306.313
ITS1 (Ribosomales para Levaduras)
TCCGTAGGTGAACCTGCGG
ITS4 (Reverse)
TCCTCCGCTTATTGATATGC
40 cycles 95°C 30 s/55°C 1 min/72°C 1.5 min
HTTPS://WWW.OMICSONLINE.ORG/A-SPECIES-SPECIFIC-PCR-BASED-ASSAY-FOR-RAPID-DETECTION-OF-MANGO-ANTHRACNOSE-PATHOGEN-COLLETOTRICHUM-GLOEOSPORIOIDES-PENZ-AND-SACC-2157-7471.1000184.PHP?AID=14947&VIEW=MOBILE
HTTP://SITES.BIOLOGY.DUKE.EDU/FUNGI/MYCOLAB/PRIMERS.HTM
White, T. J., T. Bruns, S. Lee, and J. W. Taylor. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. Pp. 315-322 In: PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, eds. Innis, M. A., D. H. Gelfand, J. J. Sninsky, and T. J. White. Academic Press, Inc., New York..©W
EN EL PRIMER SEMESTRE DEL 2015
TOMATE 845 GPPS
1F AGGCATTCTACTGGCCAACCTTGA
1R AGCTACAAGTCCCTCTGCCCCA
TABACO 1200 HMGR
2F CAACTTTCGCTTCTCCACACATACA
2R TCACACCAACTATACAAGAGCTCCA
ECOLI 2000 DXS
3F CATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGG
3R AACTGGCTGAACAGTCACTCGATACC
ECOLI 740 GST
4F TGTTCAGCAACGCACTACCATACT
4R TGCCAAACCAGAACATTACTTCAGC
LEVADURA 1131 IDI
5F ATGACTGCCGACAACAATAGTATGCCC
5R CGACCATCAGTGGGAAACATTCAAGAG
LEVADURA 1000 HGM1F2-R2
6F TGTCAGTGTTGCCATTCGTG
6R CACATGGTGCTGTTGTGCTTC
LEVADURA 1131 IDI
5F ATGACTGCCGACAACAATAGTATGCCC
5R CGACCATCAGTGGGAAACATTCAAGAG
TABACO 1000 ITS
8F TGAATTGAATTGAGCGTTGG
8R TTTGGGGGATAGAGGGACTT
LEVADURA 1500 OLE
9F CTCCTGGCTCATCGAGTCTT
9R GGTGAGCATGACTGTGAAA
EN EL PRIMER SEMESTES DEL 2013
GUSTAVO DIAZ CRUZ: PLAGA DE ARROZ
B. GLUMAE BGF 5′ ACACGGAACACCTGGGTA 3′
(ITS) BGR 5′ TCGCTCTCCCGAAGAGAT 3′
ROBLES CHAVES ALEJANDRA, CAFE
3 LEFT PRIMER 181 21 60.88 52.38 7.00 2.00 CTCGAACACCAAGTCTTGCAC
RIGHT PRIMER 422 20 61.05 50.00 3.00 2.00 AGCATCACGGGCAACTAATG
PRODUCT SIZE: 242, PAIR ANY COMPL: 4.00, PAIR 3' COMPL: 2.00
KENDALL ARAYA RAMOS CITOCROMO C OXIDASA I (COI) DE TIBURONES
VF2_T1
TCA ACC AAC CAC AAA GAC ATT GGC AC
FISHR2_T1
ACT TCA GGG TGA CCG AAG AAT CAG AA
CHAVES SOLANO NEFERTITI, PRESENCIA DEL GEN COL2A1 EN UN CULTIVO IN VITRO DE CONDROCITOS DE CARTÍLAGO ARTICULAR
LEFT PRIMER 78 20 60.47 60.00 4.00 0.00 CTTAGGCCCGAGAGAGAAGG
RIGHT PRIMER 281 20 60.30 55.00 5.00 1.00 CACTCAGGGTGGCAGAGTTT
SEQUENCE SIZE: 289
INCLUDED REGION SIZE: 289
SEGUNDO JUEGO DE PRIMERS
GAAACTCTGCCACCCTGAGT
CCACCATTGATGGTTTCTCC PRODUCTO DE 664
OLMAN MADRIGAL Y MARYCRUZ ALVAREZ VEGA
>FWD (GENERAL)
ACACGGTCCAGACTCCTACG
>RVS (PSEUDOMONA)
CCGGTGCTTATTCTGTTGGT
180BP ™ 55
>RVS (SALMONELLA Y ENTEROBACTERIAS)
ACGTCAATTGCTGCGGTTAT
159BP ™ 58
>RVS (E.COLI Y SHIGELLA)
AACGTCAATGAGCAAAGGTA
160BP TM: 53
>RVS (STAPH)
ATTAGGTACCGTCAAGATGTGC
167 ™ 56
EN EL PRIMER SEMESTRE DEL 2012
PAOLA FUENTTES
>CEL-TRICOD
ACGACGCAAACTACAACTCG
>CEL-TRICOR
CAGGACGAGATGGTGTCG
FABIOLA ALFARO, ANDREA ULLOA, IVONNE CORTÉS Y STEPHANIE CHAVES
>QUIT-TRICOD
GACATCGACTGGGARTACCC
>QUIT-TRICOR
GCATCATCRGTGTTGAAGGG
KEVIN ANDRÉS MATA BRENES, ADRIANA CAMPOS BARAHONA, WENDY BRYAN QUIROS, NICOLE DUARTE BOJORGE
>UNCA-STD
GGATAAACGACACAACAGGAAGA
>UNCA-STR
GCACCATVATGCTCTTGAAC
CASTRO, C; GUTIÉRREZ, E; RODRÍGUEZ, A. Y VEGA, O.
>UNCABETA-D
ATCATGGCCACGGATATTGCCTGG
>UNCABETA-R
CAGCTGCATGGGCCAGCAGC
DANIELA NÚÑEZ LEITÓN, MARIELA RODRÍGUEZ RAMÍREZ, ESTEFANÍA VINCENTI MARTÍNEZ
>UNCARIBUL-D
ATCTGGTGGGCAATCTGAAG
>UNCARIBUL-R
TTCGCCCTGATAAGCAAAGT
WILLIAM WATSON
>HOMOS-D
GGAGGTGGTAATGTGGTTGG
>HOMS-R
AACAGGGTGGAAAGCAAAGA
EN EL PRIMER SEMESTRE DEL 2010
1. Grupo 1. Mary Cruz Álvarez Vega 200834473, Esteve Mesen Porras 200846149, Marlen Murillo Rojas 200868951, Jose Valverde Moya 200837605
Estudio del gen que codifica para una endo-ß-mananasa en la especie Vaccinum corymbosum (Arándano)
ARMD 5’ TGGCTAGAACTTGGGCTTTC 3’
ARMR 5’ GCCAGAACAAGCCACCAG 3’
2. Grupo 2. David García, Marcelo Solano y Ana Lisa Valenciano, Crisantemos
CRID 5’CACGAGAAATGGCTTGCTCT 3’
CRIR: 5’CCAATGACTTCATGTTCTTTTT 3’
3. Grupo 3. Milenna González Hernández, Kaleb Martínez Arce, Daniel Ávila Quirós, Kendall Araya Ramos, Noelia Quesada Brenes. Secuencias Ribosomales de Azotobacter.
AzoUp (AAGGTCTTCGGATTGTAAAGCA)
AzoDown (CAACCCTTTGTACCGACCAT) Producto final de 845 pb
AZOL 5’ GGTGAATACCCAAGCGTCT 3’
AZOR 5’ CTTAGAGTGCCCGACCGAAT 3’ Producto de 693 pb
4. María Gabriela Moraga, Miguel Piedra, Ridgely Vaglio y Adriana Vargas.
Secuencias Ribosomales de Higo
FICD 5’TGAATTGAATTGAGCGTTGG 3’
FICR 5’TTTGGGGGATAGAGGGACTT 3’
5. Grupo 5. Chaves, María., Cruz, Jose., Díaz, Gustavo., Ruiz, Nazareth. Gen 76G2 de Stevia rebaudiana codificante de la enzima UDP-glicosiltransferasa
ST-D 5’ CGCAATCTGTTGCTGACAGT 3’
ST-R 5’ CAACCAACCCACGAGCTATT 3’