Embedded Files
Blast ( Basic Local Alignment Search Tool )
Es una herramienta del NCBI en la que realiza una búsqueda heurística de otras secuencias dentro de las bases de datos de ADN, ARN, Proteínas.
Dentro de cada herramienta ese busca cuál base de datos utilizar
También se puede seleccionar la Especie en la que estoy interesado
Blast es una herramienta que utiliza métodos heurísticos de búsqueda de secuencias de ADN. Compara la secuencia que añadimos con cientos de secuencias que están en las bases de datos.
Existen distintos tipos de Blast, se pueden hacer de proteínas, de ADN, de traducciones de ADN contra proteínas,
Hagamos un Blast
Paso 1. Ingrese al sitio http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Paso 2. Seleccione Nucleotide Blast
Search a nucleotide database using a nucleotide query
Algorithms: blastn, megablast, discontiguous megablast
Paso 3. Ingrese la siguiente secuencia de ADN
TGTATTTTGAAAACAACAGAAAAGAAATACTTTTGTACACTCTGTTAGAAATTTTAAGTTTGGACATTTA AAAGTCCAAATTTAAAACTCAAAAAAATGGATAATAAGAGGGACCTGTTTGATTAAGGGAGAAAAAAATA GTTTGCATTTTCACCTTTTGGCTCTTTCACTGAGATGAGCCTATTTCAGATTACACTTAGGAACTTCCAT CAAGCACGGGAGAGCCTACTTTTCCTGTTTAATAATTACCAGACTACAGAGAAGGTCGGACCAGCCTTCT GATCTACAGTCGCCTGTGTACCTTTGTACTTTCTACAGTGAAAGTTGCTACAGGATCTCCCTTTCTCAAT AAATTCATCTGCGGTGGAGAAAATCAGCATGAGTACTACAGGCCAAGTAGGTGCAGTATTCTATTTCCCA GGTCATCAGATGCAAAGCAGCCATACTCTGGAAGCCTGGTGCACCATTTTCTATTGAAGAGGTAGAAGTG GCCCCACCAAAGGCAAAGGAGGTTCGCATAAAGGTAAAAAAAATTGCCTTCCATACAGGTTGTGGCCACC GGACTGTGTGGTACAGAGATGAAAGTGTTGGGGAGTAAACACTTGGACCTCTTGTATCCCACCATCTTGG GCCATGAAGGGGCTGGAATCGTTGAGAGTATTGGAGAAGGAGTAAGCACAGTGAAACCAGGTAGGAATTA ATTTTGCTCTTTTAGGTGACAAAGTTATCACACTCTTTCTGCCACAGTGTGGAGAATGTACCTCTTGCCT GAATTCTGAGGGCAATTTTTGTATACAATTCAAGTAAGTTTTTTTTTGTCTATAAAAGACAGTCAAAAAC CCAACTGATGTCTGATGGTACCAGCAGGTTTACCTGCAAGGGAAAATCAATATATCACTTTGGTAATACC AGCACCTTCTGTGAATACACAGTGATAAAGGAAATCTCAGTTGCCAAGATTGATGCAGTCGCTCCTCTAG AGAAAGTATGCCTAATTAGCTGTGGCTTTTCCACTGGGTTTGGTGCTGCAATCAATACTGCCAAGGTGAG GGGCACCTGTATGTGTTTAGGTGACTCCAGGTTCTACCTGTGCTGTGTTTGGCCTGGGAGGAGTCGGCTT GTCTGTTGTCATGGGTTGTAAAGCAGCAGGAGCAGCCAGGATCATTGGAGTGGATGTCAACAAGGAGAAA TTTAAGAAGGCACAGGAATTGGGTGCGACTGAGTGCCTCAACCCTCAGGACTTAAAGAAACCCATTCAAG AAGTTTTATTTGATATGACAGATGCTGGTATAGACTTCTGCTTTGAGGCCATTGGAAATCTGGACGTTCT GGTATGTAATCCGTCACTTCTAACAGGCAGCTGCCCTCGCCTCCTGCAATGAGAGCTATGGGGTCTGTGT GGTTGTTGGGGTGTTGCCTGCCAGTGTTCAACTCAAAATCAGTGGCCAGTTGTTCTTCTCAGGACGTTCT TTGAAGGGTTCTGTTTTTGGAGGTATGGATGAAATCTGTATTTCCAGGCTGGAAGAGCAGACAGCACATC CCTAAACTGGTTGCTGATTATATGGCAGAGAAGTTGAATCTAGATCCACTAATTACTCATACTCTGAATC TTGATAAAATCAATGAAGCAGTTGAATTAATGAAAACTGGAAAATGGTAAACTGCCCACATAAATTTTAT GTCTGTGTGTTTGAGACCAAGAGAAAGGGTGTATTGGCTTGGGAGTAGAAGAAGGGTCGTCCCTGCTGCA GAAGCTGTATACTGATAATTGAAGAGGCTTTCAGGAATTTGTAAAGCATCTCCTTCCCCTCTGCATTTTG TTTTATTTCTAGCTAATAAAATACATAATCCTGAAAGTATTTAAGTGTTCACCTACCGTTACTTTTGCCA ATTAGCATTGTATTTCCAATATGGATTTTTTTTTT
Paso 4. Modifiquemos los parámetros del Blast
Incremente el word size a 40.
Disminuya el Expect Threshold a 0.0001
El word size es el tamaño de palabra que usa como referencia blast. Blast siempre fragmenta el mensaje en pedacitos más pequeños a los que llama palabras, y se extiende la palabra letra por letra con el fin de encontrar el mensaje completo. El tamaño estándar que usa blast es de 28 letras, si lo hacemos más grande será más atinado, pero tendremos menos hits.
Es similar a lo que hace google o un buscador de palabras de word. Imagine que necesita encontrar la película de los noventas "Jurassic Park", si busca solo Jurassic tendrá muchos hipervínculos, pero quizá no sean muy acertados, pero si extiende la palabra a Jurassic Park tendrá menos hipervínculos pero más acertados.
Webinar completo de cómo usar Blast
El valor de E
CA Kerfeld, KM Scott (2011) Using BLAST to Teach ‘‘E-value-tionary’’ Concepts. PLoS Biol 9(2): e1001014. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pbio.1001014.
Page updated
Google Sites
Report abuse