X2. Genomas (Browsers)

Generales

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/

http://genome2d.molgenrug.nl/g2d_core_select_RefSeq.php 

Comparación de genomas

https://genomevolution.org/coge/ 

Varios genomas

https://jbrowse.southgreen.fr 

Visualizador https://jbrowse.org/jb2/ 

Visualizador https://circos.ca 

Genoma Humano

NCBI

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview/map_search.cgi?taxid=9606&build=107.0

Genome Browsers, UCSC

http://genome.ucsc.edu/

Genome Browsers, ENSEMBL

http://www.ensembl.org/index.html

Otros Genomas

Maíz http://www.maizegdb.org/gene_center/gene

Mosca http://flybase.org/blast/

Nematodes http://www.wormbase.org/

Café http://coffee-genome.org

Arroz http://rice.plantbiology.msu.edu

Banano http://banana-genome-hub.southgreen.fr

Yuca https://cassavagenome.org

ENSEMBL microorganismos http://bacteria.ensembl.org/index.html

ENSEMBL hongos                   http://fungi.ensembl.org/index.html

ENSEMBL plantas                   http://plants.ensembl.org/index.html

ENSEMBL protistas                http://protists.ensembl.org/index.html

ENSEMBL insectos                 http://metazoa.ensembl.org/index.html

También hay browsers especializados de visualización de expresión

• Integración en https://bar.utoronto.ca/eplant/

• https://bar.utoronto.ca/ExpressionAngler/ 

• Arabidopsis  http://bar.utoronto.ca/efp_arabidopsis/cgi-bin/efpWeb.cgi 

A continuación esta presentación nos las facilitó el Instituto Sanger para nuestro curso