ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดระยอง มีปฏิทินการติดตาม ตรวจสอบการปฏิบัติงานตามแผนปฏิบัติการอย่างเป็นระบบ ด้วยวิธีการที่หลากหลาย มีระบบข้อมูลสารสนเทศที่เกิดจากการติดตาม           ตรวจสอบ และประเมินโดยใช้เครื่องมือและวิธีการที่หลากหลาย น่าเชื่อถือ สอดคล้องกับสภาพจริง และเป็นแบบอย่างได้  มีการประเมินและตรวจสอบระบบการประกันคุณภาพภายในตามกฎกระทรวงการประกันคุณภาพการศึกษา พ.ศ. 2561 อย่างเป็นระบบและต่อเนื่อง โดยมีผู้ทรงคุณวุฒิของสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ เข้ามามีส่วนร่วมในการตรวจสอบระบบการประกันคุณภาพภายในของสถานศึกษา พร้อมทั้งดำเนินการการปรับปรุงและพัฒนาระบบการติดตาม ตรวจสอบการปฏิบัติงานตามแผนปฏิบัติการ และการประเมิน ตรวจสอบระบบการประกันคุณภาพภายในตามกฎกระทรวง การประกันคุณภาพการศึกษา พ.ศ. 2561 อย่างต่อเนื่อง ดำเนินการจัดตั้งคณะกรรมการในการจัดทำรายงานผลการประเมินตนเองของสถานศึกษา และส่งรายงานการประเมินตนเองให้แก่หน่วยงานต้นสังกัด เผยแพร่รายงานการประเมินตนเองให้กับผู้เกี่ยวข้องและสาธารณชนด้วยวิธีการที่หลากหลาย เช่น การประชุมคณะกรรมการสถานศึกษา, การประชุมผู้ปกครอง, ระบบสนับสนุนการบริหารจัดการสถานศึกษา SMSS, เพจเฟสบุ๊ค, เว็บไซต์ศูนย์การศึกษาพิเศษ, E-book งานประกันคุณภาพของศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดระยอง เป็นต้น 

ศูนย์การศึกษาพิเศษประจำจังหวัดระยองมีระบบกลไกในการประเมินคุณภาพภายใน

การจัดทำคำสั่งแต่งตั้งบุคลากรในการดำเนินงานในแต่ละปี แต่งตั้งคณะกรรมการติดตามตรวจสอบและประเมินคุณภาพภายใน

ผู้มีส่วนเกี่ยวข้องทุกฝ่ายและผู้ทรงคุณวุฒิภายนอก เพื่อตรวจสอบการประเมินตนเองตามมาตรฐาน ตรวจสอบการปฏิบัติงานตามแผนปฏิบัติการอย่างเป็นระบบด้วยวิธีการที่หลากหลาย