ประวัติพุทธศาสนาในอินเดีย ตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ ๗ ล่วงแล้ว เป็นระยะกาลพุทธศาสนาฝ่ายมหายานรุ่งเรืองที่สุดจำเดิมแต่พระนาครชุนและพระเทวะเป็นต้นมา จนถึงพุทธ-ศตวรรษที่ ๑๗ เมื่อพุทธศาสนาเสื่อมสูญไปจากอินเดียแล้วในท่ามกลางระยะกาลดังกล่าวนี้ ในวงทัศนะฝ่ายพุทธปรัชญาเราสามารถจะแบ่งออกได้เป็น ๔ คณะด้วยกัน คือ

คณะที่ ๑ มีท่านสถิรมติเป็นหัวหน้า คณาจารย์รูปนี้เป็นชาวอินเดียภาคใต้ เมื่ออายุ ๗ ปี ได้ออกบรรพชาในสำนักพระวสุพันธุ ศึกษาพระไตรปิฎกของนิกายเถรวาท ท่านเป็นผู้ช่ำชองในอภิธรรมปิฎก งานนิพนธ์ของท่านส่วนใหญ่เป็นเรื่องแต่งฎีกา ในผลงานของท่านสุพันธุผู้เป็นพระอาจารย์ อาทิ เช่นท่านได้แต่งฎีกาของคัมภีร์อภิธรรมโกษะ ศิษย์ของท่านสถิรมติชื่อจันทรมนตรี เกิดในวรรณะกษัตริย์ในอินเดียภาคตะวันออก ท่านจันทรมนตรีได้จำพรรษาอยู่ ณ นาลันทา และได้รจนาปกรณ์อรรถาธิบายปัญจวิทยาสถานะ แต่งฎีกาคัมภีร์ทศภูมิ และฎีกาคัมภีร์อวตังสกะ ฎีกาคัมภีร์ลังกาวตาระและฎีกาคัมภีร์ปรัชญาปารมิตา กล่าวกันว่าผลงานของท่านมีอยู่ถึง ๕๐๐ปกรณ์ ทีเดียว โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ปกรณ์ ๒ เล่ม ซึ่งมีชื่อเสียงที่สุดคือ อรรถกถาแห่งคัมภีร์วินัย และคัมภีร์ตรีกายาวตราศาสตร์ นอกจากท่านจันทรมนตรีแล้ว ท่านสถิรมติยังมีศิษย์ที่มีชื่อเสียงอีกรูปหนึ่ง ซึ่งมีนามว่ารัตนเกียรติ ท่านผู้นี้ได้แต่งฎีกาคัมภีร์อภิธรรมโกษะ

คณะที่ ๒ ท่านทินนาคเป็นประธาน ประกาศเผยแผ่ลัทธิวิชญาณวาท และคัมภีร์เหตุวิทยา ท่านทินนาคเกิดในสกุลพราหมณ์ในอินเดียภาคใต้ ออกบวชในนิกายวัชชีบุตร ภายหลังได้ติดตามมาศึกษากับท่านวสุพันธุ มีความรอบรู้แตกฉานในพระไตรปิฎก ทั้งฝ่ายมหายานและเถรวาท กล่าวกันว่า ท่านสามารถจำทรงธำรงไว้ซึ่งพระสูตรประเภทต่าง ๆ ถึง ๕๐๐ สูตร ต่อมาท่านได้มาจำพรรษาอยู่ ณ นาลันทา ณ ที่นั้นท่านใช้ความรอบรู้ของท่านปราบทิฏฐิของพวกพาหิรลัทธิ และเป็นศาสตราจารย์บรรยายวิชาแก่คณะสงฆ์ในนาลันทาด้วย กล่าวกันว่าผลงานรจนาปกรณ์ของท่านมีอยู่ราว ๑๐๐ เล่ม เมื่อท่านชราแล้ว ได้ออกไปแสวงหาความวิเวกอยู่เงียบ ๆ ที่โอริสสา และได้รจนาปกรณ์ต่าง ๆ เกี่ยวกับนิกายวิชญาณวาทพร้อมทั้งตรรกวิทยาด้วย คัมภีร์ที่มีชื่อเสียง อาทิ เช่นประมาณสมุจจัย ศิษย์ของท่านทินนาคคือท่านธรรมปาละ เป็นชาวอินเดียภาคใต้เช่นเดียวกับพระอาจารย์ ท่านผู้นี้เมื่อยังอยู่ในเพศอุบาสก ก็มีความรอบรู้แตกฉานทั้งในพุทธศาสนาและพาหิรลัทธิต่าง ๆ ต่อมาก็ได้จาริกมาสู่แคว้นมคธ เพื่อเข้ามาศึกษาในสำนักของท่านทินนาค เมื่ออุปสมบทแล้วได้จำพรรษาอยู่ ณ วัดมหาโพธิสังฆาราม ท่านธรรมปาละได้ใช้เวลาส่วนใหญ่ไปในการรจนา และเทศนาสั่งสอนลัทธิธรรมฝ่ายวิชญาณวาท พร้อมทั้งแต่งฎีกาอธิบายปกรณ์ในฝ่ายศูนยวาทอีกด้วย.

ศิษย์ของท่านธรรมปาละอีกรูปหนึ่ง ชื่อธรรมเกียรติ เป็นชาวอินเดียภาคใต้เหมือนกัน ท่านผู้นี้แตกฉานในคัมภีร์ธารณีและพระไตรปิฎกของนานานิกาย พร้อมทั้งตรรกวิทยาด้วย ได้เข้าไปเล่าเรียนคัมภีร์ตรรกวิทยากับศิษย์ของท่านทินนาค ชื่อว่าอิศวรเสน ท่านแต่งคัมภีร์อธิบายวิทยาต่าง ๆ

คณะที่ ๓ คณะวินัยธร มีท่านคุณประภาเป็นประธาน ท่านผู้นี้เกิดในวรรณะพราหมณ์ชาวเมืองมถุรา เมื่อเยาว์วัยศึกษาแตกฉานในคัมภีร์พระเวท ครั้นอุปสมบทเป็นภิกษุแล้ว ศึกษาลัทธิของท่านวสุพันธุ จนรอบรู้แตกฉาน สามารถสวดสาธยายโศลกในวินัยปิฎกได้แสนโศลก ต่อมาได้กลับไปจำพรรษาอยู่ ณ อารามที่เมืองมถุราท่านผู้นี้มีวัตรปฏิบัติเคร่งครัดมาก มักจะมีภิกษุสามเถรจำนวนพัน ๆ ไปศึกษาวินัยปฏิบัติกับท่าน จนกล่าวกันว่าความเป็นอยู่ของคณะของท่าน ดุจเดียวพระอรหันต์ในครั้งพุทธกาลฉะนั้น โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ท่านได้แต่งอรรถกถาวินัยปิฎกของนิกายสรวาทติวาท

คณะที่ ๔ มีท่านวิโมกขเสนเป็นประธาน ท่านผู้นี้เผยแผ่ลัทธิศูนยวาทปรัชญาปารมิตา ท่านวิโมกขเสนเป็นชาวอินเดียภาคกลาง ออกบวชในนิกายเกากุริยะ ต่อมาได้เปลี่ยนไปบวชในนิกายมหายาน ศึกษาในสำนักของท่านวสุพันธุ และในสำนักท่านสังฆรักขิต ต่อมาได้ไปอยู่ที่เมืองพาราณสี ศึกษาคัมภีร์ปรัชญาปารมิตา ท่านได้รจนาฎีกาเกี่ยวกับคัมภีร์ปรัชญาปารมิตาไว้มาก ได้แต่งฎีกาคัมภีร์อภิสมยลังการะ นอกจากนี้ศิษยานุศิษย์ในพระวสุพันธุยังแบ่งแยกออกไปอีกมาก สำหรับอาจาริยะปรัมปราในสายตาของท่านนาคารชุน ซึ่งเป็นต้นคณาจารย์ แล้วสืบมาถึงท่านเทวะ สืบมาถึงท่านนาคมิตร สืบมาถึงท่านสังฆปาละ

ในยุคท่านสังฆรักขิตนี้ คณาจารย์ฝ่ายศูนยวาทได้แบ่งออกเป็น ๒ สาขา

สาขาที่ ๑ มีท่านพุทธปาลิตะเป็นประธาน คณาจารย์ รูปนี้เป็นชาวอินเดียภาคใต้ ได้ศึกษาปรัชญาของท่านนาคารชุน ในสำนักท่านสังฆปาละ แล้วกลับไปอยู่ในวิหารทางอินเดียภาคใต้ แต่งฎีกาผลงานของท่านนาคารชุนและท่านเทวะไว้ไม่น้อย เล่มที่มีชื่อเสียงคือ ฎีกามัธามิกศาสตร์ ศิษย์ของท่านพุทธปาลิตะชื่อกมลโพธิ ศิษย์ของท่านกมลโพธิ คือท่านจันทรเกียรติ ซึ่งเป็นคณาจารย์ที่มีชื่อเสียงโด่งดังในฝ่ายศูนยวาทนี้

สาขาที่ ๒ มีท่านภาววิเวกเป็นหัวหน้า ท่านผู้นี้เป็นชาวอินเดียภาคใต้ เกิดในวรรณะกษัตริย์ เมื่อออกบวชแล้วได้เดินทางไปศึกษาในสำนักท่านสังฆรักขิตในอินเดียภาคกลาง แล้วกลับมาเผยแผ่ลัทธิในภาคใต้ ท่านภาววิเวกได้อ่านผลงานของท่านพุทธปาลิตะแล้วไม่พอใจ จึงได้แต่งฎีกาใหม่ที่มีชื่อเสียงคือ ปรัชญาประทีปศาสตร์ ท่านผู้นี้มีภิกษุสามเณรมาขอศึกษาจำนวนหลายพัน ถ้าว่ากันโดยปริมาณแล้วก็มีกำลังเหนือกว่าฝ่ายท่านพุทธปาลิตะ

ในท่ามกลางพุทธศาสนามหายาน ฝ่ายนิกายวิชญาณวาทและฝ่ายนิกายศูนยวาทดังพรรณนามานี้ ยังมีอีกคณะหนึ่งซึ่งเป็นคณะกลางๆ ระหว่าง ๒ นิกายใหญ่นี้ กล่าวคือ ศึกษาสาระสำคัญของ ๒ นิกายใหญ่นี้พร้อม ๆ กันไป ผู้เป็นหัวหน้าในคณะกลาง ๆ ดังกล่าว มีนามว่าท่านสันติเทวะ ท่านผู้นี้เป็นราชโอรสของกษัตริย์ในตำแหน่งรัชทายาท แต่ก็เบื่อหน่ายต่อโลกียสุข ทิ้งราชสมบัติมาอยู่ที่นาลันทา บวชในสำนักท่านวิชัยเทพ

สำหรับท่านวิชัยเทพนั้นเป็นคณบดีแห่งนาลันทา สืบต่อมาจากห่านธรรมปาละ ท่านจะฝักใฝ่อยู่กับนิกายปรัชญาใดไม่ปรากฏหลักฐานประจักษ์ แต่สำหรับท่านสันติเทวะนั้นกล่าวกันว่าท่านมีอำนาจฌานสมาบัติแก่กล้า จนสามารถเข้าสมาบัติไปไต่ถามปัญหาธรรมมะ ที่ท่านข้องใจกับพระมัญชุศรีโพธิสัตว์ได้ ผลงานที่ท่านรจนาที่สำคัญเช่น โพธิจริยาวตารศาสตร์

เราจึงสามารถทำแผนที่ย่อ ๆ ดังนี้

1. นาคารชุน

๒. เทวะ

๓. นาคมิตร

๔. สังฆรักขิต

มาถึงสมัยสังฆรักขิตนี้แบ่งออกเป็น ๒ สาขา คือ

สาขาที่ ๑ มีท่านพุทธปาลิต สืบมาคือ กมลโพธิ สืบมาคือจันทรเกียรติ

สาขาที่ ๒ คือท่านภาววิเวก ที่เป็นฝ่ายศูนยวาท

ส่วนฝ่ายวิชญาณวาทนั้น ๑. ท่านไมตรีนาถะ ๒. อสังคะ ๓. วสุพันธุ

ในสมัยท่านวสุพันธุ ได้แบ่งสาขาออกมาเป็น ๓ สาขา คือ

สาขาที่ ๑ สถิรมติ สถิรมติแบ่งออกเป็น อนุสาขาอีก ๒

อนุสาขาที่ ๑ คือจันทรมนตรีสืบมาคือ รัตนเกียรติ

อนุสาขาที่ ๒ คือ ๑. ปูรณ ๒. วิชัยมิตร

สาขาที่ ๒ ท่านทินนาคแบ่งออกอีก ๒ อนุสาขา

อนุสาขาที่ ๑ ท่านธรรมปาละ สืบมา ธรรมเกียรติ

อนุสาขาที่ ๒ อิศวรเสน

สาขาที่ ๓ คุณประภา

ส่วนท่านวิโมกขเสน ท่านวิชัยเทพ และท่านสันติเทพ นั้นศึกษาระคนทั้ง ๒ นิกาย ถือว่าได้สืบนิกายทั้ง ๒ นั้น

การออกความคิดและทัศนะที่แตกต่างกัน ได้เป็นเหตุให้มีการโต้แย้งเกี่ยวกับข้อเท็จจริงด้วยกัน ในเฉพาะ นิกายศูนยวาท เริ่มด้วยสถิรมติ ซึ่งความจริงท่านผู้นี้เป็นคณาจารย์ในนิกายวิชญาณวาท แต่ว่าท่านได้แต่งฎีกาอธิบายคัมภีร์มัธยมิกศาตร์ของพระนาคารชุน

ฎีกาเล่มนี้ได้แพร่หลายมาถึงอินเดียภาคใต้ บรรดาศิษย์ของท่านภาววิเวกอ่านพบเข้าไม่พอใจ ถือว่าอธิบายผิดพลาด กล่าวกันว่าศิษย์ของท่านภาววิเวกได้เดินทางไปนาลันทา เพื่อโต้แย้งกับศิษย์ของท่านสถิรมติ และได้รับชัยชนะกลับมา

ต่อมามีทัศนะขัดแย้งเกิดขึ้นระหว่างท่านจันทรมนตรี กับท่านจันทรเกียรติ กล่าวกันว่าท่านจันทรมนตรี ได้ออกจาริกเผยแผ่ลัทธิธรรมในอินเดียภาคตะวันออก ครั้นทราบข่าวว่าท่านจันทรเกียรติได้ตำแหน่งเป็นอธิการบดีแห่งนาลันทา ท่านจันทรมนตรีจึงเดินทางมาสู่นาลันทาทันทีเพื่อท้าโต้วาที ท่านจันทรมนตรีได้ยืนหยัดมติในนิกายนิชญาณวาท ฝ่ายท่านจันทรเกียรติได้ยืนยันมติในนิกายฝ่ายศูนยวาท

กล่าวกันว่าทั้ง ๒ ฝ่ายได้มีหักล้างโต้แย้งกัน ติดต่อสืบกันเป็นเวลาถึง ๗ ปี ในระยะ ๗ ปีนี้ บรรดาบัณฑิตประชาชนที่พอใจในการศึกษาต่างเข้าสนับสนุนญัตติทั้งสองฝ่าย จนถึงกล่าวกันว่าแม้แต่เด็กเลี้ยงโคก็เข้าใจถ่องแท้ในปรัชญาของฝ่ายศูนยวาท และวิชญาณวาท อันเป็นผลพลอยได้จากการโต้แย้งหักล้างในทางทัศนะแห่งปรัชญนิกายทั้ง ๒ ซึ่งกระทำกันในตลอด ๗ ปีนั้น

ในที่สุดประชาชนก็ได้สรุปความเห็นว่า ปรัชญาของฝ่ายท่านนาคารชุนนั้น ถ้าจะเปรียบก็เหมือนหนึ่งมีทั้งโอสถ และมีทั้งยาพิษ ยากที่จะเอาชนะฝ่ายวิชญาณวาทได้ เพราะปรัชญาฝ่ายวิชญาณวาทนั้นมีแต่อมฤตโอสถอย่างเดียว แสดงว่า ฝ่ายศูนยวาทแพ้นั่นเอง

ต่อมาปรากฏว่า ท่านคุณมติซึ่งเป็นศิษย์ของท่านสริมติ ได้แต่งฎีกาคัมภีร์อภิธรรมโกษะ และแต่งฎีกาคัมภีร์มัธยมิกศาสตร์ หักล้างมติของท่านภาววิเวก จึงเกิดการโต้แย้งกันขึ้น ระหว่างศิษย์ของท่านภาววิเวกกับท่านคุณมติ ในระหว่างนี้ศิษย์ของท่านธรรมปาละ อีกรูปหนึ่งชื่อว่าเทวศรมะ ได้แต่งฎีกาคัมภีร์มัธยมิกศาสตร์หักล้างทัศนะของท่านจันทรเกียรติ แต่สนับสนุนทัศนะท่านคุณมติ เพราะฉะนั้น จากสถานการณ์ดังกล่าวมานี้เราจักได้เห็นว่า ในวงการศึกษาพุทธธรรมของอินเดียครั้งกระนั้นรุ่งเรืองเพียงใด แต่ในขณะเดียวกัน ก็เป็นผลเสีย คือก่อให้เกิดการแตกสามัคคีโต้แย้งหักล้างกันต่าง ๆ

ในการโต้แย้งหักล้างกันนั้น ส่วนมากเกี่ยวกับฎีกาจารย์ ซึ่งได้แต่งฎีกาอธิบายคัมภีร์มัธยมิกศาสตร์ของท่านนาคารชุน ต่างฝ่ายต่างเอาทัศนะในนิกายของตนเข้าไปอธิบาย และข้อที่น่าแปลกก็คือ แม้แต่ในนิกายทั้ง ๒ ภายในเอง พวกคณาจารย์ก็ยังหักล้างกันเองโดยทัศนะไม่ตรงกัน

ยกตัวอย่างเช่น หลังสมัยท่านทินนาคแล้ว คำอธิบายเกี่ยวกับลัทธิวิชญาณวาท ไม่ได้รักษาแนวเดิมของท่านวสุพันธุไว้ทั้งหมด ยกตัวอย่างเช่น ท่านวินีตเทจะ ก็มีทัศนะขัดแย้งกับท่านธรรมปาละ เราจะศึกษาได้จากผลงานของท่านผู้นี้ คือฎีกาคัมภีร์อารัมพณปริสาศาสตร์

ในฝ่ายศูนยวาท เราจะพบว่า ท่านภาววิเวกกับท่านพุทธปาลิตะขัดแย้งกันอย่างน่ากลัว ต่อมาอนุศิษย์ของท่านพุทธปาลิตะ คือท่านจันทรเกียรติ ได้แต่งปกรณ์หักล้างท่านภาววิเวก รอยร้าวแห่งความแตกสามัคคีจึงไม่มีวันประสานสนิทได้

นอกจากนี้แล้ว ลัทธิมนตรยาน ก็ได้เจริญขึ้นมาในท่ามกลางความขัดแย้งเหล่านั้น ถ้าเราดูจากทัศนะทางประวัติศาสตร์ จะพบข้อเท็จจริงว่า จำเดิมแต่สมัยท่านนาคารชุนเป็นต้นมา พระสูตรของมหายานที่แพร่หลายในสังคมนั้น มักจะมีร่องรอยแห่งลัทธิมนตรยานแฝงอยู่

ลัทธินี้เพิ่งจะมาปรากฏตนเป็นอิสระต่างหากภายหลัง แต่คณาจารย์ในลัทธินี้ ต้องการให้ฐานะของตนโดดเด่น จึงมักจะกล่าวว่า ท่านนาคารชุนเป็นปฐมบูรพาจารย์ หรือท่านนาคารชุนเป็นผู้เริ่มเผยแผ่ลัทธิมนตรยาน อย่างไรก็คามลัทธิมนตรยาน เป็นเอกเทศภายหลังท่านนาคารชุน และท่านสุพันธุแน่นอน

โดยความแน่นอนทางประวัติศาสตร์ เราจะกล่าวได้ว่า ลัทธิมนตรยาน ได้สถาปนาเป็นสถาบันอันหนึ่งราว ๆ สมัยท่านสังฆรักขิต แคว้นอุทยานกล่าวกันว่า แม้แต่ประชาชนส่วนใหญ่ มักจะได้ฐานะเป็นวิทยาธร และเป็นผู้เจนจบในคัมภีรเวทมนตร์อาคมขลังต่าง ๆ

สิ่งที่เราไม่ควรจะมองข้ามไปคือ พุทธศาสนาฝ่ายสาวกยาน

ในระหว่างที่ฝ่ายมหายานกำลังแก่งแย่งโต้แย้งในลัทธิธรรมต่าง ๆ ดังกล่าวมานั้น อิทธิพลของพุทธศาสนาฝ่ายสาวกยานเสื่อมโทรมไปมาก นิกายมหาสังฆิกะมีอนุสาขา เช่น ปุพพาเสลิยะ อปรเสลิยะ เหมวันตะ นิกายสรวาสติวาท ก็มีสาขา เช่น กาศยปิยะ วิภัชวาท นิกายเถรวาทก็มีสาขา เช่น คณะมหาวิหาร อภัยคิรีวิหาร และสัมมิติยะนิกาย

ศูนย์กลางของมหายาน จำเดิมแต่สมัยท่านวสุพันธุเป็นต้นมา อยู่ที่นาลันทา อาจารย์ต่าง ๆ จากนาลันทาออกไปเผยแผ่สร้างเขตของตนไว้ ตามทิศทั้งสี่ กล่าวกันว่า บุรพาทิศก็มีท่านสถิรมติ ท่านทินนาศ ทางประจิมทิศ ก็ท่านคุณประภา ท่านพุทธทาส (เป็นศิษย์ของท่านอสังคะ) ทางทักษิณทิศ ก็มีท่านพุทธปาลิตะ ท่านภาววิเวก กับวิโมกขเสน ทางอุตตรทิศ มีแคว้นกาษมีระเป็นศูนย์กลาง ก็มีท่านสังฆทาส และท่านธรรมทาส (ท่านทั้งสองนี้เป็นศิษย์ท่านวสุพันธุ และท่านอสังคะ) แต่ความรุ่งเรืองดังกล่าวมานี้ เป็นอยู่ชั่วระยะกาลหนึ่งเท่านั้น

เมื่อล่วงมาถึง สมัยท่านธรรมเกียรติแล้ว ปรากฏว่าสถานการณ์ของพุทธศาสนาโทรมลง อิทธิพลของศาสนาพราหมณ์รุ่งเรืองขึ้นทางอินเดียบูรพา และอินเดียภาคใต้ ยิ่งในสมัยท่านจันทรเกียรติด้วยแล้ว พุทธศาสนามีฐานะที่คลอนแคลนยิ่งขึ้น จนถึงกับต้องเปลี่ยนแปลงระบบการสอนในนาลันทา เพื่อต่อสู้กับอิทธิพลของพวกพาหิรลัทธิ

ผู้ที่เป็นศาสตราจารย์ ประกาศพุทธมติในนาลันทานั้น ถ้าหากไม่สามารถที่จะรับรองตนเองว่า เอาชนะพวกพาหิรลัทธิได้ ทางมหาวิทยาลัยไม่ยอมให้ผู้นั้น แสดงธรรมต่อสาธารณะเป็นอันขาด แต่จะยอมให้เป็นผู้สอนแต่ภายในห้องนักศึกษาเท่านั้น

ในสมัยท่านธรรมเกียรติ คณาจารย์ฝ่ายศาสนาพราหมณ์ อาทิ เช่นสังกรสวามี ได้เดินทางไปเบงกอลท้าคณะสงฆ์โต้วาทีกัน ปรากฏว่าไม่มีพระเถราจารย์รูปใด สามารถจะหักล้างข้อท้าทายของสังกรสวามีได้ พุทธวิหารในเบงกอลจำนวน ๒๕ แห่ง ถูกไฟไหม้โดยการทำอันตรายของพวกพาหิรลัทธิ ภิกษุสงฆ์จำนวน ๕๐๐ รูป ถูกบังคับให้ทิ้งพุทธศาสนาไปเป็นฮินดู ส่วนทางอินเดียใต้นั้น กุมาริลสวามีได้ทำให้ศาสนาพราหมณ์รุ่งโรจน์ขึ้น ศิษย์ของท่านพุทธปาลิตะ และท่านภาววิเวกไม่สามารถจะเอาชนะได้ มีการโต้วาทีกันครั้งใด ก็ปรากฏว่าพ่ายแพ้พราหมณ์ เป็นเหตุให้ประชาชนหันไปนับถือศาสนาพราหมณ์มากขึ้น

นับจำเดิมแต่หลังสมัยท่านธรรมเกียรติ การศึกษาพุทธปรัชญา คงมีแต่ร่องรอยเหลือไว้อยู่ทางภาคตะวันออกและทางภาคตะวันตกเล็กน้อยเท่านั้น สถานการณ์ทางการเมืองก็เป็นยุคมืดของอินเดีย เนื่องจากทางภาคเหนือมีกองทัพของชนต่างด้าว ต่างศาสนาบุกรุกเข้ามา วัฒนธรรมอินเดียแท้รักษาไว้ได้ แต่เป็นส่วนสัดในขอบเขตอันหนึ่ง

ในราวกลางพุทธศตวรรษที่ ๑๒ พระเจ้าโคปาลได้พยายามรวบรวมอำนาจในเบงกอล และพิหารตั้งราชวงศ์ปาละขึ้น ราชวงศ์นี้เลื่อมใสในพระพุทธศาสนา มีกษัตริย์อยู่ ๑๘ รัชกาล กษัตริย์แห่งปาละ ได้พยายามคุ้มครองพุทธศาสนา สร้างวัดวาอาราม และอุปถัมภ์การศึกษาพระปริยัติธรรมให้รุ่งเรือง โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีอยู่ ๗ รัชกาลด้วยกัน เกือบจะกล่าวได้ว่า ในระยะ ๗ รัชกาลแห่งวงศ์ปาละนี้ เป็นยุคทองของพุทธศาสนาครั้งสุดท้าย

ในรัชกาลพระเจ้าธรรมปาละ กษัตริย์องค์นี้ได้สร้างมหาวิทยาลัยสงฆ์ขึ้นอีกแห่งหนึ่ง ชื่อว่าอุทันตปุรี ใกล้ ๆ กับนาลันทา และได้สร้างมหาวิทยาลัยสงฆ์แห่งที่ ๓ ชื่อวิกรมศิลา มีวัดเป็นองค์ประกอบ รวมกันถึง ๑๐๘ วัด ลักษณะของมหาวิทยาลัยสงฆ์ใหม่ ๒ แห่งนี้ ทำให้นาลันทา ซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยสงฆ์ดั้งเดิมอับแสงไป แต่อย่างไรก็ตาม อุทันปุรีกับวิกรมศิลามีการสั่งสอนเผยแผ่ลัทธิมนตรยานมาก

อันที่จริงเมื่อเราศึกษาอย่างยุติธรรมแล้ว ลัทธิมนตรยานในพุทธศาสนามีกำหนดขึ้น ก็เพื่อจะต่อต้านอิทธิพลศาสนาพราหมณ์ จึงได้พยายามผ่อนปรนให้เข้ากันได้ กับความนิยมของประชาชนส่วนใหญ่ ยอมรับเอาลัทธิอาถรรพณเวทของพราหมณ์เข้ามาดัดแปลง โดยนึกว่าการกระทำเช่นนั้นจะทำให้พุทธศาสนาชนะใจของประชาชน

ลัทธินี้มีชื่อเรียกหลายอย่าง เรียกว่าพุทธตันตระบ้าง เรียกว่าโยคตันตระบ้าง แล้วต่อมากมีอนุตรโยคตันตระ และลัทธิกาลจักระ เริ่มมีเรื่องเลอะเทอะผิดธรรมวินัยเข้ามาปะปนมากขึ้น แก้ไขละทิ้งธรรมวินัยดั้งเดิมมากขึ้น พุทธศาสนาที่แท้จริงค่อย ๆ เสื่อมไป โดยถูกอิทธิพลศาสนาพราหมณ์กลืนไปทีละเล็กละน้อย ในรูปของลัทธิมนตรยานนี้

ในสมัยกษัตริย์ปาละ ๗ รัชกาล มีคณาจารย์ในลัทธิมนตรยาน ที่ถือกันว่าเป็นผู้สำเร็จ หรือเรียกกันว่าสิทธะ มีจำนวนถึง ๘๕ ท่าน บรรดาสิทธะที่มีชื่อเสียง อาทิ เช่น ท่านภิรุปะ ท่านผู้นี้เคยดำรงตำแหน่งอธิการบดีแห่งนาลันทา เป็นศิษย์ของท่านวิชัยเทพ ต่อมาได้เดินทางไปสู่มังคละคีรีในอินเดียภาคใต้ ศึกษาลัทธิมนตรยานกับท่านนาคะโพธิ ได้บำเพ็ญตบะตามลัทธิมนตรยาน จนได้ลุฐานะเป็นสิทธะ

สิทธะรูปอื่นๆ เช่นอานันทวัชระ สิทธะเหล่านี้ได้เผยแผ่ลัทธิอนุตรโยคะ และลัทธิตันตรา กาลจักระ วิทยพันธุ มายา มหามาตา และวิชาอาคมขลังต่าง ๆ ในทางปราบภูตผีปีศาจ ในบรรดาสิทธะเหล่านั้น แม้จะหนักไปในทางเวทมนตร์อาคมขลัง และมีพิธีรีตรองแบบเดียวกับพราหมณ์ แต่ก็ยังมีบางท่าน ที่ไม่ทิ้งหลักการศึกษาด้านปริยัติ ยังคงศึกษาลัทธิปรัชญาในฝ่ายศูนยวาท อาทิ เช่นสิทธะ ชื่อมาตังคี เป็นผู้ประกาศปรัชญาศูนยวาท ให้แพร่หลาย

วัดซึ่งพระเจ้าธรรมปาละ ทรงสร้างมีด้วยกัน ๕๐ แห่ง ในจำนวน ๕๐ แห่งนั้น ๓๕ แห่งในด้านศึกษาการปริยัติศึกษานิกายศูนยวาทเป็นใหญ่ ที่มหาวิทยาลัยวิกรมศิลา มีศาสตราจารย์อยู่ประจำ ๘๐๐ รูป ส่วนใหญ่ก็สั่งสอนปรัชญานิกายศูนยวาท. และพระธรรมวินัยทั้งมหายานและเถรวาท

พระเจ้าธรรมปาละทรงเลื่อมใสท่านสิงหภัทระกับท่านญาณปาท ท่านทั้ง ๒ นี้ เป็นผู้เผยแผ่ปรัชญาปารมิตา และลัทธิมนตรยานปะปนกัน ท่านสิงหภัทระนั้นเกิดในวรรณะกษัตริย์ในราชวงศ์ปาละ ออกบวชในสมัยพระเจ้าเทวปาละ ซึ่งเป็นกษัตริย์รัชกาลที่ ๒ แห่งราชวงศ์ปาละ ได้รับการศึกษาปรัชญานิกายศูนยวาท ในสำนักท่านสันติปาละ และได้ศึกษาคัมภีร์อภิสมยลังการะในสำนักท่านวิโรจนภัทระ ท่านสิงหภัทระ ได้แต่งฎีกาอธิบายปรัชญาปารมิตามิใช่น้อย คัมภีร์ที่สำคัญคือฎีกาแห่งอัษฎปรัชญาปารมิตาและ ฎีกาอภิสมยลังการะ

อาจารย์สิทธะที่ยิ่งใหญ่แห่งวิกรมศิลาในสมัยแรก มีอยู่ ๑๒ ท่าน ได้รับฉายาว่าวินีตธรรมตันตระอาจริยะ เริ่มด้วยท่านญาณปาท ซึ่งเป็นศิษย์ของท่านสิงหภัทระ สิทธะผู้ยิ่งใหญ่เหล่านี้ ได้แต่งคัมภีร์อธิบายลัทธิมนตรยานไว้ นอกจากนี้ สิทธะที่มีชื่อเสียงอื่นๆ สมัยต่อมา อาทิเช่น ทีปังกรภัทระ ลังกาวิชัยภัทระ ท่านทั้ง ๒ รูปเป็นผู้เผยแผ่ลัทธิอนุตตรสุขจักระ ท่านมังคลธร เป็นผู้เผยแผ่ลัทธิยมอปราชิตจันทระ และท่านกรีฑาวัชระ เป็นผู้เผยแผ่ลัทธิอานันทวัชระ ท่านเหล่านั้นถือว่าเป็นผู้สืบศาสนวงศ์ อันเนื่องมาแต่ท่านญาณปาท

ผลงานสำคัญ ๆ ของคณาจารย์ ในลัทธิมนตรยานยังมีอีกมาก อาทิเช่น ท่านพุทธคุยห และพุทธสันติ ได้แต่งวัชรธาตุตันตระ และฎีกามหาไวโรจนสูตร

ต่อมาในรัชสมัยพระเจ้ามหิสปาละ อาจารย์ภิรุปะ ได้เผยแผ่ลัทธิกาลจักรตันตระ นับว่าเป็นลัทธิสุดยอดของลัทธิมนตรยาน ทำให้ลัทธิมนตรยานสมบูรณ์

ในรัชกาลที่ ๑๑ แห่งวงศ์ปาละ กล่าวกันว่า ที่วิกรมศิลามีบัณฑิตใหญ่ๆ อยู่ ๖ ท่าน ต่างแบ่งหน้าที่บรรยาย เผยแผ่ลัทธิมนตรยาน ๖ ด้านด้วยกัน อาทิเช่น ท่านนะโรปา ท่านพุทธภัทระ ท่านรัตนวัชระและญาณศิริมิตร และอิศวรวากย์ ล้วนแต่ได้รับยกย่องว่าเป็นผู้รอบรู้แตกฉานในปัญจวิทยา และลัทธิมนตรยาน

อาจารย์อีกรูปหนึ่ง ที่ได้สร้างเกียรติประวัติงดงามที่สุดในยุคสุดท้ายของพุทธศาสนาในอินเดีย ท่านผู้นี้คือท่านทีปังกรศรีญาณ หรืออีกนามหนึ่งคืออตีศะ ท่านผู้นี้ได้ฟื้นฟูพุทธศาสนาในธิเบต

ต่อมาราชวงศ์ปาละ เสื่อมลง มีวงศ์ใหม่ขึ้น คือวงศ์เสนะ วงศ์เสนะมีอายุเพียง ๘๐ ปี มีกษัตริย์ ๔ พระองค์ พุทธศาสนาลัทธิมนตรยานเสื่อมลงริบหรี่มากในสมัยนี้

แต่อย่างไรก็ตาม ในระหว่างราชวงศ์ปาละนั้น พุทธศาสนา แม้จะมีขอบเขตอยู่เพียงอินเดียภาคตะวันออก รักษาชีวิตที่ริบหรี่เอาไว้ได้ ตลอดระยะเวลาเกือบ ๕๐๐ ปี ในระหว่างนั้นได้รับการเบียดเบียนจากข้าศึกต่างด้าว ต่างศาสนา

ตอนต้นราชวงศ์ปาละ มหหมุดยกกองทัพเข้ารุกรานอินเดียทางมณฑลสินธุ ต่อมาพวกกองทัพต่างด้าวได้ยึดครองอินเดียภาคเหนือไว้หมด บรรดาพุทธศาสนิกชนได้หลบหนีภัยมาอยู่เบงกอล และทางลุ่มแม่น้ำคงคา ซึ่งได้อาศัยอิทธิพลราชวงศ์ปาละคุ้มครองอยู่ อย่างไรก็ตามกองทัพชนต่างด้าวต่างศาสนาพวกนี้ คงติดตามรุกรานเรื่อยมา ยึดได้พาราณสี มาลวะ มถุรา บังคับให้ประชาชนทิ้งศาสนาดั้งเดิมของตัว ไปเข้ารีตถือศาสนาใหม่ จนถึงปลายรัชกาลแห่งวงศ์ปาละ กับต้นราชวงศ์เสนะ พวกกองทัพชนต่างด้าวต่างศาสนาดังกล่าว ได้รุกรานเข้ามาถึงเบงกอล พุทธบริษัทถูกบังคับให้ทิ้งศาสนา วัดวาอารามถูกเผาทำลาย ที่สามารถหลบภัยไปได้ ก็หนีไปอยู่เนปาล กาษมีระ และธิเบต มหาวิทยาลัยนาลันทา อุทันตปุรี วิกรมศิลาถูกทำลายย่อยยับ พระพุทธศาสนาจึงได้สูญสิ้นไปจากอินเดีย

กษัตริย์วงศ์ปาละที่สำคัญ

๑. พระเจ้าโคปาละ เสวยราช พ.ศ. ๑๒๐๓ ถึง๑๒๔๘ เป็นปฐมวงศ์ วงศ์ปาละ ตรงกับแผ่นดินพระเจ้าถังเกาจงฮ่องเต้ของจีน.

๒. พระเจ้าเทวปาละ เสวยราชย์ ๑๒๔๙-๑๒๗๖ ในรัชสมัยนี้ ท่านสันติรักขิต และท่านคุรุปัทมสมภพเข้าสู่ธิเบต.

๔. พระเจ้าธรรมปาละ ๑๓๐๙-๑๓๗๒ ตรงกับแผ่นดินพระเจ้าถังเต็งจง ถึงถังเก้งจง เริ่มสร้างวิกรมศิลาวิหาร

๗. พระเจ้ามหิสปาละ ๑๓๙๑-๑๔๔๒ ตรงกับรัชสมัยพระเจ้าถังซวนจง และถังเจียวจง ท่านวิชัยมิตรสู่ธิเบต .

๑๓. นยปาละ ๑๕๖๒-๑๕๙๓ ตรงกับแผ่นดินพระเจ้าซ้องจินจง กับ ซ้องยิ่นจง ท่านอตีศะสู่ธิเบต.

๑๘. พระเจ้ายักษปาละ ๑๖๘๑-๑๖๘๒ ตรงกับแผ่นดินพระเจ้าซ้องเกาจง เสนาบดีชื่อราวะเสน แย่งราชสมบัติ วงศ์ปาละศูนย์.