Unit Kawalan Penyakit tidak berjangkit bertanggungjawab untuk aktivit berkaitan penyakti tidak berjangkit. Unit ini turut berperanan dalam meningkatkan pengetahuan dan kesedaran di kalangan anggota kesihatan dan masyarakat umum mengenai faktor-faktor risiko penyakit tidak berjangkit dan serta mempromosikan amalan gaya hidup yang sihat. Matlamat utama unit ini adalah untuk mengurangkan morbiditi dan mortaliti yang disebabkan oleh penyakit tidak berjangkit agar tidak lagi menjadi masalah kesihatan awam serta mengesan pengidap penyakit tidak berjangkit di peringkat awal. Terdapat 3 program utama di bawah unit iaitu Progam Kawalan Penyakit Gaya Hidup (LSD), Program Komuniti Sihat Pembina Negara (KOSPEN) dan Program Kesihatan Mental, Pencegahan Kecederaan dan Keganasan dan Penyalahgunaan Substans (MESVIP).