虱目魚的養殖每年分兩季，首季飼養「活仔」（前一年培育之越冬魚苗），於農曆三月分放養，六、七月份即可以收成。第二季於農曆五月分放養當年四、五月份捕撈之魚苗，稱之為「新仔」，可於農曆八、九、十月份收成。

剛孵化的虱目魚幼苗吃什麼？用對飼料則育成率高，用錯飼料可能血本無歸，風險極大，所以許多養殖戶寧願購買別人育成的幼苗，也不想冒險去育苗。收購魚苗的中盤商有的以麵粉為飼料，有的以水煮雞蛋的蛋黃為飼料，有的以牡蠣的肚取下擠壓成漿為飼料，總之，包括魚苗寮在內，各家都有自己的法寶（獨門飼料），誰也不願輕易透露。

培育度冬魚苗俗稱「儲活仔菜」，每年魚苗季後段（農曆七、八月份）所捕撈的魚苗，來不及在當年養大成食用魚，於是被儲養過冬，成為明年第一季放養的種苗。儲活仔菜必須有一支「活仔窟」，標準設施包括長約三十丈、寬約一丈八、深約七尺的深溝，在其北側需豎立遮風棚，在深溝南側需有深坪（約兩尺深，方便魚苗活動與覓食，又可避免鷺科鳥類等涉禽侵入），在深溝與深坪之間必須設置一到兩處閘門，做為魚苗往返深溝與深坪的通道。如果寒流來襲，魚苗可以迅速躲進深溝，若出太陽，則魚苗可以到深坪活動。因為氣溫如果降到攝氏十度左右，幾乎沒有虱目魚可以存活，所以必須有一條深溝，其深度若達兩米，則即使氣溫降到八度，溝底的水溫仍然可以維持在攝氏十一、二度之間，倘若寒流沒有持續超過三天以上，而魚苗又夠健康的話，度過寒冬就沒有太大的問題。要幫魚苗度過寒冬，必須仰賴養殖業者的細心照料。

照料的重點包括：
1、每年清理深溝的底泥，不能淤積太多的汙泥，否則容易產生沼氣，一遇寒流來襲，魚苗躲進深溝就可能遭到沼氣毒斃。
2、預先打好深層地下水井（超過 30 米，並點火測試水中有無沼氣），當寒流持續多天，就必須抽取地下水注入深溝，以維持水溫在十五度左右，避免寒害發生。
3、飼料只能在深坪投放，不可以把飼料灑進深溝，避免深溝水質變酸惡化，讓避寒躲進深溝的魚苗有較佳水質的環境，以對抗寒流。