La seguridad, tanto desde el punto de vista técnico (algoritmos de cifrado, longitud de claves, etc.) como desde el punto de vista de percepción de los usuarios, es un aspecto clave para generar en las empresas y en los consumidores la confianza necesaria para que el comercio electrónico se desarrolle

La seguridad de la red, en este caso Internet, es solo uno de los factores que intervienen en la seguridad del comercio electrónico en conjunto. La resistencia de los usuarios a, por ejemplo, enviar los datos de su tarjeta de crédito a través de Internet para efectuar un pago se menciona frecuentemente como una de las barreras iniciales para el crecimiento del comercio electrónico.

Como es bien conocido, los medios de pago tradicionales sufren numerosos problemas de seguridad: falsificación de billetes, falsificación de firmas, cheques sin fondo, etc. Por otro lado, los medios de pago electrónicos, además de estar sujetos a los mismos problemas anteriores, presentan riesgos adicionales, pues a diferencia del papel, los documentos digitales pueden ser copiados perfectamente y cuantas veces se desee, las firmas digitales pueden ser falsificadas por cualquiera que conozca la clave privada del firmante, la identidad de una persona puede ser asociada de forma inequívoca con la información relacionada en cada pago, etc.

Es por ello que es necesario establecer nuevos mecanismos de seguridad para los nuevos medios de pago electrónicos, si se quiere que tanto las entidades bancarias como los usuarios finales acepten de forma generalizada estos nuevos medios de pago.